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2015 年度 実績報告書

データ識別子を活用した全生命科学データベースの統合化技術開発

研究課題

研究課題/領域番号 25280108
研究機関東海大学

研究代表者

今西 規  東海大学, 医学部, 教授 (80270461)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード生命情報学 / 生体分子 / 統合データベース / 論理的データ検索
研究実績の概要

代表者らが開発しているリンク自動管理システムを基盤として、以下の研究開発を行った。テーマ(1)リンク自動管理システムの拡張による「論理的統合データベース」の開発およびテーマ(2)論理ネットワーク上の芋づる式検索の開発に関しては、世界の主要な公開データベースの情報追加を実施した。特に、ヒトのゲノム多型に関しては、NCBIの作成するヒトの健康に関係するゲノム変異のデータベースClinVarを追加し、ゲノム医科学分野の研究者への利便性を高めた。これにより、ゲノム多型の公共データベースdbSNPが提供するrs番号を使った検索により、6種類のゲノム多型データベースへの一括検索が可能になった。また、代表者らは学術文献から抽出したヒトの遺伝的形質に関わるゲノム多型情報のデータベースVaDEを構築・公開しているが、ここでヒトゲノム多型データベースへのリンク作成のために利用を開始した。この成果について、第38回日本分子生物学会年会およびISMB/ECCB 2015において研究発表を行った。テーマ(3)データ取得用ウェブサービスの開発に関してはすでにRESTによるAPIを公開しており、その詳細はリンク自動管理システムのヘルプページで解説している。テーマ(4)網羅的関連発見ツール(enrichment analysisツール)の開発およびテーマ(5)類似データ自動検索ツール(prioritization analysisツール)の開発については、システムの基本設計は完了したものの、今年度発生した計算機故障への対応に追われたためにソフトウエア作成が大幅に遅れている。今後、これらのツール群の開発を進め、成果を順次公開していく計画である。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (3件)

すべて 2015 その他

すべて 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)

  • [学会発表] ヒト遺伝子多型の疾患リスク情報データベースVaDEの開発2015

    • 著者名/発表者名
      高橋定子、世良実穂、間宮健太郎、羽原拓哉、今西規
    • 学会等名
      第38回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸国際会議場(兵庫県神戸市)
    • 年月日
      2015-12-01 – 2015-12-04
  • [学会発表] VaDE: a manually-curated database of reproducible associations between various traits and human genomic polymorphisms2015

    • 著者名/発表者名
      Y. Nagai, Y. Takahashi, and T. Imanishi
    • 学会等名
      ISMB/ECCB 2015
    • 発表場所
      The Convention Center Dublin (Dublin, Ireland)
    • 年月日
      2015-07-10 – 2015-07-14
    • 国際学会
  • [備考] リンク自動管理システム

    • URL

      http://biodb.jp/

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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