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2014 年度 実績報告書

プロテオミクスと遺伝学の融合によるゲノム恒常性維持マシナリーの解明

研究課題

研究課題/領域番号 25281021
研究機関首都大学東京

研究代表者

廣田 耕志  首都大学東京, 理工学研究科, 教授 (00342840)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード染色体 / ゲノム / 複製 / 質量分析
研究実績の概要

本研究では、ゲノム安定性の維持に重要な働きをする複製停止トレランス機構の解明を目指し以下の研究を行っている。(1) 損傷部位での複製停止からの回復に関わる、損傷乗り越え経路における各種のポリメラーゼのネットワークの解明、(2) i-POND法による複製停止時にフォークに集合する蛋白質の解明、(3)質量分析手法と遺伝学研究を合わせた方法による複製停止領域でのポリメラーゼネットワークの解析、(4)DNA損傷に応答するユビキチン化ネットワークの解明。
昨年度は、初年度に最適化したアッセイ手法を用い研究を行い、次の成果に繋がった。(1) 複製ポリメラーゼδの3番目のサブユニットp66はポリメラーゼζのサブユニットとしても機能し、損傷乗り越えの促進に寄与することが知られているが、p66がポリメラーゼζとは独立して損傷乗り越えに寄与することを発見した(Hirota et al Nucleic acids Res 2015)。(2)E3ユビキチンリガーゼ酵素RNF8やRNF4によるゲノムメンテナンスの新規分子機構を発見した(Kobayashi et al Oncogene 2015, Hirota et al Genes to Cells 2014)。さらに、ポリメラーゼネットワークの研究から複製ポリメラーゼ自身が損傷乗り越えに関わるデータや、複製末端に取り込んだチェーンタミネーターやリボ核酸の除去を行うことでゲノムメンテナンスに寄与することを突き止めており、論文発表のための準備を行っている。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

1: 当初の計画以上に進展している

理由

当初予定していた計画よりも多くの研究データを得ることができ、大きく研究が進展した。特にポリメラーゼネットワークの研究では、複製ポリメラーゼは損傷部位で停止するというドグマを打ち破る発見をしており(未発表)、学術的影響の大きな成果に繋がった。さらに、複製ポリメラーゼの校正エキソヌクレアーゼ活性による、複製末端の損傷除去機構を発見できた(未発表)。ポリメラネットワークとして、新規にポリメラーゼζとηの経路とリダンダントに複製ポリメラーゼδがゲノムメンテナンスに寄与することを見出している(未発表)。

今後の研究の推進方策

H27年度は複製ポリメラーゼδ及びεによるゲノムメンテナンス機構として、(1)δによる損傷乗り越えの分子機構解明、(2)ポリメラーゼεの校正エキソヌクレアーゼ活性による複製末端の損傷除去の分子機構、の2点を重点的に解析する。昨年までに確立したi-POND法を用いて、以下の研究を行う。(1) ポリメラーゼζ及びηのない時にフォーク停止領域に蓄積するタンパク質をプロテオーム解析することで、ζ及びηと競合して損傷乗り越えし、これらの経路と相補的経路にあるタンパク質経路を包括的に調べる。(2) PCNAのユビキチン化できない変異体PCNA-K64R細胞で(1)と同様のi-POND解析することで、ユビキチン化経路に依存して停止フォークに動員されるものとユビキチン化非依存の動員タンパク質をカテゴライズする。このような解析により、複製フォーク停止トレランスにおけるポリメラーゼネットワークとユビキチン化経路を解明する。

次年度使用額が生じた理由

26年度予定していた試薬の購入が延期になったため。

次年度使用額の使用計画

延期になった試薬の購入を行う予定である。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (8件) (うち国際共著 1件、 査読あり 8件、 謝辞記載あり 5件、 オープンアクセス 5件) 学会発表 (9件)

  • [雑誌論文] Rad18 and Rnf8 facilitate homologous recombination by two distinct mechanisms, promoting Rad51 focus formation and suppressing the toxic effect of nonhomologous end joining.2015

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi S, Kasaishi Y, Nakada S, Takagi T, Era S, Motegi A, Chiu R.K, Takeda S, Hirota K.
    • 雑誌名

      Oncogene

      巻: 34 ページ: 4403-4411

    • DOI

      10.1031/onc.2014371

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Development of a targeted flip-in system in avian DT40 cells.2015

    • 著者名/発表者名
      Kobayashi, K., Fujii, T., Asada, R., Ooka, M., Hirota, K.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 10(3) ページ: e0122006

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0122006.

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] The POLD3 subunit of DNA polymerase delta can promote translesion synthesis independently of DNA polymerase zeta.2015

    • 著者名/発表者名
      Hirota, K., Yoshikiyo, K., Guilbaud, G., Tsurimoto, T., Murai, J., Tsuda, M., Phillips, L.G., Narita, T., Nishihara, K., Kobayashi, K.,Yamada, K.,Nakamura, J., Pommier, Y., Lehmann, A., Sale, J., Takeda, S.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: 43(3) ページ: 1671-83

    • DOI

      10.1093/nar/gkv023

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Antagonistic Controls of Chromatin and mRNA Start Site Selection by Tup Family Corepressors and the CCAAT-Binding Factor.2015

    • 著者名/発表者名
      Asada, R., Takemata, N., Hoffman, C.S., Ohta, K., Hirota, K.
    • 雑誌名

      Mol Cell Biol

      巻: 35(5) ページ: 847-855

    • DOI

      10.1128/MCB.00924-14

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] SUMO-targeted ubiquitin ligase RNF4 plays a critical role in preventing chromosome loss.2014

    • 著者名/発表者名
      Hirota, K., Tsuda, M., Murai, J., Takagi, T., Keka, I.S., Narita, T., Fujita, M., Sasanuma, H., Kobayashi, J., Takeda, S.
    • 雑誌名

      Genes Cells

      巻: 19(10) ページ: 743-754

    • DOI

      10.1111/gtc.12173.

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] RNA cytidine acetyltransferase of small-subunit ribosomal RNA: identification of acetylation sites and the responsible acetyltransferase in fission yeast, Schizosaccharomyces pombe.2014

    • 著者名/発表者名
      Taoka, M., Ishikawa, D., Nobe, Y., Ishikawa, H., Yamauchi, Y., Terukina, G., Nakayama, H., Hirota, K., Takahashi, N., Isobe, T.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9(11) ページ: e112156

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0112156

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Evolution of pre-existing versus acquired resistance to platinum drugs and PARP inhibitors in BRCA-associated cancers.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamamoto, K.N., Hirota, K., Takeda, S., Haeno, H.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9(8) ページ: e105724

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0105724.

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] RNase MRP cleaves pre-tRNASer-Met in the tRNA maturation pathway.2014

    • 著者名/発表者名
      Saito, Y., Takeda, J., Adachi, K., Nobe, Y., Kobayashi, J., Hirota, K., Oliveira, D.V., Taoka, M., Isobe, T.
    • 雑誌名

      PLoS One

      巻: 9(11) ページ: e112488

    • DOI

      10.137/journal.pone.0112488

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] 複製ポリメラーゼδPOLD3/p66サブユニットはポリメラーゼζ経路と独立に損傷乗り越えに寄与する2014

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志、村井純子、Guillaume Guilbaud、津田雅貴、成田岳雄、西原佳那、笹沼博之、釣本俊樹、Julian Sale、武田俊一
    • 学会等名
      染色体ワークショップ
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2014-12-15
  • [学会発表] 分裂酵母fbp1におけるクロマチン構造・ゲノム高次構造変化による遺伝子発現制御機構の解明2014

    • 著者名/発表者名
      浅田隆大、竹俣直道、Charles Hoffman、太田邦史、廣田耕志
    • 学会等名
      染色体ワークショップ
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2014-12-15
  • [学会発表] RNF4は染色体ロスを防止する2014

    • 著者名/発表者名
      高木季代、津田雅貴、村井純子、武田俊一、廣田耕志
    • 学会等名
      染色体ワークショップ
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2014-12-15
  • [学会発表] 損傷乗り越えniokeruPrimPolと損傷乗り越えポリメラーぜPolζ/ηの関係2014

    • 著者名/発表者名
      小林香、武田俊一、廣田耕志
    • 学会等名
      染色体ワークショップ
    • 発表場所
      広島
    • 年月日
      2014-12-15
  • [学会発表] SUMOターゲットユビキチンリガーゼ(STUbL)、RNF111は複製ストレストレランスに重要な役割を果たす2014

    • 著者名/発表者名
      川澄遼太郎、廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-27
  • [学会発表] 損傷乗り越えPrimPolと損傷乗り越えポリメラーぜPolζ/ηの関係2014

    • 著者名/発表者名
      小林香、廣田耕志、武田俊一
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-27
  • [学会発表] SUMO化タンパク質を認識するRING型ユビキチンリガーゼRNF4による、スピンドルアセンブリチェックポイント(SAC)の活性維持と染色体ロスの防止2014

    • 著者名/発表者名
      廣田耕志、高木季代、津田雅貴、村井純子、Keka Islam、成田岳雄、藤田真梨、笹沼博之、小林純也、武田俊一
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-26
  • [学会発表] Tup family corepressor とCCAATーbinding factorによるクロマチン構造変化の拮抗的な制御がmRNA転写開始点を決定する2014

    • 著者名/発表者名
      浅田隆大、竹俣直道、太田邦史、廣田耕志
    • 学会等名
      分子生物学会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      2014-11-26
  • [学会発表] 分裂酵母fbp1におけるクロマチン構造変化を利用した遺伝子発現制御機構の解明2014

    • 著者名/発表者名
      浅田隆大、廣田耕志
    • 学会等名
      酵母遺伝学フォーラム
    • 発表場所
      東京大学
    • 年月日
      2014-09-01

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公開日: 2016-06-01  

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