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2015 年度 実績報告書

次世代シーケンス解析に基づく土壌動物の生物多様性および機能性評価システムの開発

研究課題

研究課題/領域番号 25281029
研究機関横浜国立大学

研究代表者

中森 泰三  横浜国立大学, 環境情報研究科(研究院), 准教授 (50443081)

研究分担者 齋藤 星耕  琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 研究員 (10623754)
青山 洋昭  琉球大学, 熱帯生物圏研究センター, 研究員 (20468078)
金子 信博  横浜国立大学, 環境情報研究科(研究院), 教授 (30183271)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
キーワードDNAバーコード
研究実績の概要

標本採集:これまでの採集で得られた標本の一部については国内外の分類学研究者と共同で新種発表の準備を進めた。その報告に必要な比較用の標本を国内の数地点から採集し、塩基配列と外部形態を標本間で比較した。また、裸地における標本採集方法も検討した。
DNAバーコーディング:次世代シーケンサー(NGS)を用いたハイスループットなトビムシDNAバーコンディング用データベース構築手法の検証を行った。具体的には、我々が開発した非破壊的にトビムシ一個体からDNAを抽出、増幅する手法(TE-Boil法)をNGSと組み合わせる事で、より多くの検体(100個体以上)から、形態を含む配列情報(CO1, mt16S)を一度に取得する方法の検討を実施した。
解析ツールの開発:以上の解析により得られたデータをもとにデータベースの構築を進め、これを使ってmetabarcodeデータを再計算し、同種異種の判定に用いる閾値の妥当性を検証し、データ処理パイプラインを確定した。
機能形質の評価:形態データを整理した。トビムシ個体群を継代飼育し、生活史や行動にかかわるデータの測定方法を検討した。
野外実験:上賀茂で立ち上げたグルコース添加実験で採取した土壌動物の同定を完了した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

本プロジェクトの成果がいくつか論文として発表されつつある。DNAバーコーディングについては新手法の開発により大きな進捗がみられた。反面、飼育困難あるいは成長に時間がかかる種も多く、機能形質の評価が遅れぎみである。

今後の研究の推進方策

DNAバーコードや分類学に関するデータについては蓄積されつつあるので、論文執筆をすすめる。分子系統関係の解析と機能形質データの取得を推進し、種多様性、系統的多様性、機能的多様性を統合した解析手法の開発を急ぐ。プロジェクトメンバーでのミーティングの機会を増やし、まとめ方や今後の方向性について議論する。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (2件) 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)

  • [国際共同研究] Moscow State Pedagogical University(ロシア連邦)

    • 国名
      ロシア連邦
    • 外国機関名
      Moscow State Pedagogical University
  • [国際共同研究] Biotechnology Center of Hochiminh City(ベトナム)

    • 国名
      ベトナム
    • 外国機関名
      Biotechnology Center of Hochiminh City
  • [雑誌論文] Comparison of sampling methods for Collembola on a cobble-dominated riverbank2016

    • 著者名/発表者名
      Kawaue, T., Nakamori, T., Iwasaki, Y., Potapov, M.
    • 雑誌名

      Edaphologia

      巻: 98 ページ: 21-27

    • 査読あり / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] DNA metabarcoding of springtails (Collembola)2015

    • 著者名/発表者名
      Saitoh, S. Aoyama, H., Fujii, S., Sunagawa, H., Nagahama, H., Akutsu, M., Shinzato, N., Kaneko, N., & Nakamori, T.
    • 学会等名
      6th International Barcode of Life Conference
    • 発表場所
      University of Guelph, Guelph
    • 年月日
      2015-08-18 – 2015-08-21
    • 国際学会
  • [学会発表] 沖縄のきのこから得られたトビムシ類の分類学的および生態学的特徴2015

    • 著者名/発表者名
      中森泰三,Nguyen Duc Hoang Pham,寺嶋芳江,青山洋昭,齋藤星耕,藤井佐織,金子信博
    • 学会等名
      日本土壌動物学会第38回大会
    • 発表場所
      香川
    • 年月日
      2015-05-23 – 2015-05-24
  • [学会発表] トビムシ類のDNAバーコーディングとメタバーコーディング手法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      齋藤星耕,青山洋昭,藤井佐織,砂川春樹,長濱秀樹,阿久津雅子,新里尚也,金子信博,中森泰三
    • 学会等名
      日本土壌動物学会第38回大会
    • 発表場所
      香川
    • 年月日
      2015-05-23 – 2015-05-24
  • [学会発表] カラマツ林における大型菌類と菌食トビムシ類の相互作用ネットワークの構造2015

    • 著者名/発表者名
      中森泰三,田中葵
    • 学会等名
      日本菌学会第59回大会
    • 発表場所
      那覇
    • 年月日
      2015-05-16 – 2015-05-17

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公開日: 2017-01-06   更新日: 2022-01-31  

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