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・アセチル基転移酵素を利用したヒストン修飾制御：GAL4の配列依存的DNA結合ドメインとヒストンアセチル基転移酵素（HAT）の融合蛋白質の遺伝子（activator遺伝子）とルシフェラーゼ遺伝子（reporter遺伝子）の両プラスミドを共導入すると、ルシフェラーゼ遺伝子の発現が上昇するが、その効果がヒストン脱アセチル化酵素阻害薬によりマスクされることを確認した。さらに、ルシフェラーゼ遺伝子周辺に結合しているヒストンのアセチル化状態を調べ、共導入した場合にアセチル化が亢進していることを確認した。従って、予想通りの分子機構により外来遺伝子の発現を促進することが可能である。一方、activator遺伝子とreporter遺伝子の両者を搭載したプラスミドを作製し、さらなる活性化を図ったが、予想に反して発現上昇効果は微弱であった。この原因は、GAL4-HAT遺伝子の発現が弱いためと推測された。
・CpG-free骨格プラスミドによる発現持続：CpG-freeプラスミドの持続化は、CpG-free骨格自体が持続化因子である可能性を念頭に、同骨格を有する様々なプラスミドを構築した。この仮説によるとプロモーター非依存的に持続性が得られるはずであったが、必ずしもこの仮説を支持する結果が得られなかった。
・配列変換システムの開発：標的部位以外の第二のミスマッチが存在すると、予想外にも、tailed duplexによる配列変換効率が上昇する傾向が観察された。そこで、様々な種類の第二のミスマッチを導入して影響を調べた。その結果、tailed duplexに1塩基挿入がある場合が、他の場合（1塩基欠失や1塩基置換がある場合）よりも配列変換効率を上昇させることを明らかにした。しかし、第二のミスマッチの位置に関しては、有力な情報は得られなかった。また、標的DNAの切断がtailed duplexによる配列変換に与える影響を調べたところ、標的DNAを切断すると配列変換効率が約1桁向上することを明らかにした。
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