| 研究課題/領域番号 |
25289172
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| 研究機関 | 愛媛大学 |
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研究代表者 |
渡辺 幸三 愛媛大学, 理工学研究科, 准教授 (80634435)
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| 研究分担者 |
大村 達夫 東北大学, 未来科学技術共同研究センター, 教授 (30111248)
加藤 幹男 大阪府立大学, 高等教育推進機構, 教授 (30204499)
三宅 洋 愛媛大学, 理工学研究科, 准教授 (90345801)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | 系統進化 / 生態学 / 遺伝子 / 進化 / 生物多様性 |
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| 研究実績の概要 |
課題１「フィールド調査および従来法（形態種同定）による種多様性の評価」では，重信川流域（愛媛県）において，種多様性評価に用いる底生動物群集の定量的に採取した。本研究で評価するDNA種数との比較のため，すべての底生動物サンプルは，顕微鏡観察に基づく従来法により，形態種（リンネ種）の数を評価した。形態同定の結果，重信川流域では8,921個体から64分類群（1綱，4目，2科，4亜科，16属，37種）が発見された。環境調査は窒素・リンなどの水質，水温，餌資源，流速，水深等の底生動物の生息に関係する環境項目全般を調査した。
課題２「DNA型コピー数平準化法の開発」では，PCR産物を熱変性して一本鎖に乖離させた後，徐冷して一部を再会合させるDNA型コピー数の平準化に必要な温度・時間条件の最適条件（79℃，3時間）の発見に成功した。また，ポリアクリルアミドゲルを使った電気泳動により，再会合後にヘテロ二重鎖とホモ二重鎖を，両者の分子立体構造の違いを利用して分画できることもわかった．
課題３「次世代シークエンスによる大規模DNAデータベースの構築」では，課題1で採取した群集サンプルを使って，流域の種数を評価した。NGS解析で得られた165,508配列（平均塩基長＝約330塩基）の内，BLASTによるDNAバーコーディングで同定されたのは39,337配列で128種が特定された．最も多く検出された科は43種（23,137配列）のユスリカ科だった．形態同定された34分類群（1綱，3目，30科）の内，DNAバーコーディングで同定されたのは17分類群だった．各分類群における個体数とDNA配列数に正の相関が見られた．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
課題１，２，３をほぼ当初の計画通り進捗させることができたので，順調に進展していると評価できる．
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| 今後の研究の推進方策 |
最終年度となるH２７年度では，これまで取り組んできた課題１，２，３の研究成果を集約させて，課題４を完了させる．
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| 次年度使用額が生じた理由 |
今年度から予定にしていた一部の次世代DNAシークエンシング解析等の分子生物学的実験を次年度にまとめて集中して行う実験計画に変更したため。
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| 次年度使用額の使用計画 |
分子生物学的実験の消耗品や委託解析費として主に使用する計画である。
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