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2015 年度 研究成果報告書

大規模DNA情報を活用した正確かつ迅速な種多様性評価技術の開発

研究課題

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研究課題/領域番号 25289172
研究種目

基盤研究(B)

配分区分一部基金
応募区分一般
研究分野 土木環境システム
研究機関愛媛大学

研究代表者

渡辺 幸三  愛媛大学, 理工学研究科, 准教授 (80634435)

研究分担者 大村 達夫  東北大学, 未来科学技術共同研究センター, 教授 (30111248)
加藤 幹男  大阪府立大学, 高等教育推進機構, 教授 (30204499)
三宅 洋  愛媛大学, 理工学研究科, 准教授 (90345801)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードDNA種分類 / 次世代シークエンシング / 底生動物 / 河川 / 種多様性 / 系統発生
研究成果の概要

愛媛県重信川の10地点に生息する河川底生動物群集を対象に,大量のDNA塩基配列を一度に解読する次世代シークエンシング解析を活用し,迅速に種数を評価した.従来の顕微鏡を使った形態同定の結果,採取された8,921個体から64分類群が発見された.それに対して,ミトコンドリアDNAのCOI領域(658塩基長)を対象とした次世代シークエンシング解析で得られた165,508配列の内,DNAバーコーディングにより39,337配列から成る128種が同定された.また,各分類群における個体数とDNA配列数に正の相関が見られた.またDNA種分類法(PTPモデル)を適用した結果,298種の存在が推定された.

自由記述の分野

応用生態工学

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公開日: 2017-05-10   更新日: 2017-05-22  

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