難治胃癌のトランスクリプトーム解析による治療標的分子の探索研究

2015 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 25290074
• 研究機関: 国立研究開発法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 細田 文恵 国立研究開発法人国立がん研究センター, 研究所, ユニット長 (30219191)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• キーワード: 胃癌 / トランスクリプトーム / 融合遺伝子 / 発現異常 / 分子標的治療

研究実績の概要

本研究は難治進行胃癌の大規模トランスクリプトーム解析から、胃癌の治療標的分子を探索することを目的とし、昨年度までに218症例のRNAシークエンスを実施した。214症例において1つ以上の融合遺伝子候補が検出され、RETキナーゼ融合遺伝子など治療標的分子候補となり得る3つのin-frame融合遺伝子を見出した。最終年度となる本年度は、高頻度出現を優先する条件で再抽出した「確からしい」融合遺伝子候補約400種類についてRT-PCR/直接シークエンス法による検証実験を行ない、融合遺伝子の発現と遺伝子構造を確認した。その結果、230種類の融合遺伝子の存在を確認した。本研究で採用した情報解析手法はfalse-negativeを減らすために少ないリード数の候補も拾い上げる条件に設定しており、融合遺伝子正答率が57%であった。本研究において確認された高頻度in-frame融合遺伝子として、既報のCLDN18-ARHGAP26 (7症例)、DUS4L-BCAP29 (7症例)の他、同等以上の頻度で出現する新規融合遺伝子を12個見出した。これらはリード数2の中から数多く見つかってきた。「in-frame以外」の融合遺伝子候補からはプロモーター交換と推測される5’-非翻訳領域遺伝子（または非翻訳ncRNA遺伝子）との融合遺伝子形成が相当数見つかっており、後部遺伝子の発現量を比較することによりその意義を検討中である。
検証実験の結果は、類似遺伝子配列に起因するマッピングエラーの修正やエクソン選択の多様性に起因する読み枠予測の間違いの検証など、今後の情報解析手法の改良に向けても重要な情報を提供するはずである。高頻度に検出された新規融合遺伝子や発現量の変化を来すプロモーター交換などの構造異常についてさらに詳しく機能解析を行い、胃癌の治療標的分子となる有望な融合遺伝子の同定を進める計画である。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

27年度が最終年度であるため、記入しない。

研究成果

• [雑誌論文] Genomic spectra of biliary tract cancer. (2015)
  • 著者名/発表者名: Nakamura H, Arai Y, Totoki Y, Shirota T, Elzawahry A, Kato M, Hama N, Hosoda F, Urushidate T, Ohashi S, Hiraoka N, Ojima H, Shimada K, Okusaka T, Kosuge T, Miyagawa S, Shibata T.
  • 雑誌名: Nature Genetics 巻: 47 ページ: 1003-1010
  • DOI: 10.1038/ng.3375
  • 査読あり
• [学会発表] High-throughput sequencing analysis uncovers actionable molecular alterations in cholangiocarcinoma. (2015)
  • 著者名/発表者名: Arai Y, Nakamura H, Totoki Y, Shirota T, Hama N, Ojima H, Hosoda F, Shimada K, Morizane C, Okusaka T, Shibata T.
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋市 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2015-10-09
• [学会発表] Identification of novel fusion genes in 218 gastric primary cancers by paired-end RNA sequencing. (2015)
  • 著者名/発表者名: Hosoda F, Totoki Y, Rokutan H, Hama N, Arai Y, Taniguchi H, Shibata T.
  • 学会等名: 第74回日本癌学会学術総会
  • 発表場所: 名古屋市 名古屋国際会議場
  • 年月日: 2015-10-08
• [備考] 先端医学生物学研究領域＞分子診断・個別化医療開発グループ＞がんゲノミクス研究分野
  • URL: http://www.nccri.ncc.go.jp/s009/
• [備考] プレスリリース＞胃がん、胆道がんプロジェクト日本で始動
  • URL: http://www.ncc.go.jp/jp/information/press_release_20150129.html