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2013 年度 実績報告書

[NiFe]ヒドロゲナーゼの酸素耐性機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25291038
研究種目

基盤研究(B)

研究機関兵庫県立大学

研究代表者

樋口 芳樹  兵庫県立大学, 生命理学研究科, 教授 (90183574)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードX線結晶解析 / 酸素耐性酵素 / Ni酵素 / ヒドロゲナーゼ / 反応機構 / 燃料電池
研究概要

本研究では,酸素耐性をもつ複数の [NiFe]ヒドロゲナーゼについてその酸素耐性の構造基盤を解明することを初期目的とする.また,これらの結果を元に酸素に阻害される金属酵素に酸素耐性機能を付与する普遍的な「しくみ」を見出し,酵素やモデル化合物の改変・設計に対して有用な情報を提供することを最終目標とした.さらに標準タイプ(酸素抵抗性をもつが耐性をもたない)酵素については,細胞膜からの抽出時にプロテアーゼによる切断をせず,より細胞内で機能している状態のままでの抽出精製法の検討を行った.下記にまとめる.
1.新規酸素耐性[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線構造生物学: 好熱菌(Citrobacter sp. S-77)の培養法を検討し,酵素を高効率に発現する培養条件をほぼ確立した.また,本酸素耐性[NiFe]ヒドロゲナーゼの抽出・精製法を検討した.その結果,本酵素は通常の膜結合性の酸素耐性ヒドロゲナーゼと比較して,極めて疎水性の高いタンパク質であることがわかった.現在,疎水性クロマトグラフィー法を利用した精製条件を確立しつつある.
2.標準型[NiFe]ヒドロゲナーゼの結晶構造解析: 本酵素を界面活性剤で抽出した場合,トリプシン処理したものよりはるかに安定に酵素活性を維持できることがわかった.平成25年度はトリプシンを用いない精製法の開発および結晶化条件の検討を進めた. また,酵素のN末端が修飾されていることが明らかになり,現在,その修飾基を解析中である.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

今年度の最大の目標であった,下記の3点が達成された事による.
1.新規の酸素耐性[NiFe]-ヒドロゲナーゼを効率よく発現するCitrobacter sp. S-77の培養条件が確立されたこと.
2.Citrobacter sp. S-77の新規酸素耐性[NiFe]-ヒドロゲナーゼの精製方法に目処がついたこと.
3.硫酸還元菌由来の標準型[NiFe]-ヒドロゲナーゼのプロテアーゼによる切断抽出を経ない方法による精製法を確立できたこと

今後の研究の推進方策

平成26-27年度
1.新規酸素耐性[NiFe]ヒドロゲナーゼのX線構造生物学:Citrobacter sp. S-77の大量培養を推進し,新規酸素耐性[NiFe]-ヒドロゲナーゼの精製を行い,結晶化および放射光施設でのX線回折実験を進める.
2.硫酸還元菌由来の標準型[NiFe]ヒドロゲナーゼの結晶構造解析:N末端の修飾基を決定する.また,修飾基がついたままでの酵素試料の結晶化条件をスクリーニングする.
3.硫酸還元菌由来の[NiFeSe]ヒドロゲナーゼの結晶構造解析:本酵素の精製法の検討を続ける.

  • 研究成果

    (43件)

すべて 2014 2013

すべて 雑誌論文 (10件) (うち査読あり 8件) 学会発表 (31件) (うち招待講演 5件) 図書 (2件)

  • [雑誌論文] New Insights into the Catalytic Active Site Structure of Multicopper Oxidase2014

    • 著者名/発表者名
      H. Komori, R. Sugiyama, K. Kataoka, K. Miyazaki, Y. Higuchi and T. Sakurai
    • 雑誌名

      Acta crysallogr.

      巻: D70 ページ: 772-779

    • DOI

      10.1107/S1399004713033051

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Inhibitory Activity of Filipendula ulmaria Constituents on Recombinant Human Histidine Decarboxylase2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Nitta, H. Kikuzaki, T. Azuma, Y. Ye, M. Sakaue, Y. Higuchi, H. Komori, H. Ueno
    • 雑誌名

      Food. Chem.

      巻: 138 ページ: 1551-1556

    • DOI

      org/10.1016/j.foodchem.2012.10.074

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Photosensitivity of the Ni-A State of [NiFe] Hydrogenase from Desulfovibrio vulgaris Miyazaki F with Visible Light2013

    • 著者名/発表者名
      H. Osuka, Y. Shomura, H. Komori, N. Shibata, S. Nagao, Y. Higuchi, S. Hirota
    • 雑誌名

      Biochem. Byophys. Res. Commun.

      巻: 430 ページ: 284-288

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2012.10.136

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Studies on Hydrogenase2013

    • 著者名/発表者名
      T. Yagi and Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Proc. Jpn. Acad., Ser.

      巻: B 89 ページ: 16-33

    • DOI

      10.2183/pjab.89.16

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystal Structure of the CueO Mutants at Glu506, the Key Amino Acid Located in the Proton Transfer Pathway for Dioxygen Reduction2013

    • 著者名/発表者名
      H. Komori, T. Kajikawa, K. Kataoka, Y. Higuchi and T. Sakurai
    • 雑誌名

      Biochem. Biophys. Res. Commun.

      巻: 438 ページ: 686-690

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2013.07.121

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization and X-ray diffraction analysis of nylon hydrolase (NylC) from Arthrobacter sp. KI72.2013

    • 著者名/発表者名
      K. Nagai, K. Yasuhira, Y. Tanaka, D. Kato, M. Takeo, Y. Higuchi, S. Negoro and N. Shibata
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr.

      巻: F, 69 ページ: 1151-1154

    • DOI

      10.1107/S1744309113024263

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structural aspects of [NiFe]-hydrogenases.2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Shomura, Y. Higuchi
    • 雑誌名

      Rev.Inorg.Chem.

      巻: 33 ページ: 173-192

    • DOI

      10.1515/revic-2013-0005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Formation of Oligomeric Cytochrome c during Folding by Intermolecular Hydrophobic Interaction between N- and C-Terminal α-Helices2013

    • 著者名/発表者名
      P. P. Parui, M. S. Deshpande, S. Nagao, H. Kamikubo., H. Komori, Y. Higuchi, M. Kataoka and S. Hirota
    • 雑誌名

      Biochemistry

      巻: 52 ページ: 8732-8744

    • DOI

      10.1021/bi400986g

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 膜結合型ヒドロゲナーゼの酸素耐性機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      庄村康人,樋口芳樹
    • 雑誌名

      生物物理

      巻: 53-2 ページ: 82-85

  • [雑誌論文] 立体構造を基盤としたナイロン加水分解酵素の開発と耐熱化機構2013

    • 著者名/発表者名
      根来誠司,永井圭介,大島祥平,飯田一希,加藤太一郎,武尾正弘,持地広造, 柴田直樹,樋口芳樹
    • 雑誌名

      酵素工学ニュース

      巻: 69 ページ: 12-18

  • [学会発表] 超好熱菌由来シトクロムcのドメインスワッピング2014

    • 著者名/発表者名
      山中優,長尾聡,小森博文,樋口芳樹,廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス(愛知)
    • 年月日
      20140330-20140330
  • [学会発表] 大腸菌膜との相互作用によるシトクロムcの多量化2014

    • 著者名/発表者名
      林有吾,長尾聡,山中優,小森博文,樋口芳樹,廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス(愛知)
    • 年月日
      20140330-20140330
  • [学会発表] H. thermoluteolus TH-1由来NAD+還元ヒドロゲナーゼの分光学研究2014

    • 著者名/発表者名
      太虎林,竹田翠,庄村康人,西川幸志,鈴木雅之,樋口芳樹,廣田俊
    • 学会等名
      日本化学会第94春季年会
    • 発表場所
      名古屋大学東山キャンパス(愛知)
    • 年月日
      20140329-20140329
  • [学会発表] 逆行性輸送因子による積荷認識の構造的基盤2014

    • 著者名/発表者名
      寺脇慎一,大塚寛貴,樋口芳樹,若松馨
    • 学会等名
      第29回PFシンポジウム
    • 発表場所
      つくば国際会議場エポカル(茨城)
    • 年月日
      20140316-20140316
  • [学会発表] 結晶構造解析による水素分解酵素の反応機構解明に向けた試み2014

    • 著者名/発表者名
      庄村康人,西川幸志, 井上誠也,玉田太郎,樋口 芳樹
    • 学会等名
      蛋白質研究所セミナー
    • 発表場所
      大阪大学蛋白質研究所(大阪)
    • 年月日
      20140207-20140208
    • 招待講演
  • [学会発表] [NiFe]ヒドロゲナーゼのX線結晶構造解析2014

    • 著者名/発表者名
      庄村康人
    • 学会等名
      第27回日本放射光学会年会放射光科学合同シンポジウム
    • 発表場所
      広島国際会議場(広島)
    • 年月日
      20140111-20140113
    • 招待講演
  • [学会発表] Crystallization of single crystals of Multi-Copper Oxidases for neutron diffraction experiment2014

    • 著者名/発表者名
      M. Akter, H. Komori, N. Shibata, T. Sakurai, K. Kataoka, Y. Higuchi
    • 学会等名
      第1回ピコバイロジー研究所国際シンポジウム
    • 発表場所
      理研XFEL大会議室(兵庫)
    • 年月日
      20140107-20140108
  • [学会発表] Crystallization of [NiFe]-hydrogenase maturation protein complex HypA-HypB2014

    • 著者名/発表者名
      Y. Okawa, Y. Higuchi, and Y. Shomura
    • 学会等名
      第1回ピコバイロジー研究所国際シンポジウム
    • 発表場所
      理研XFEL大会議室(兵庫)
    • 年月日
      20140107-20140108
  • [学会発表] Purification and Crystallization of NAD+-reducing [NiFe]-hydrogenase2014

    • 著者名/発表者名
      H. Nakagawa, M. Taketa, M. Habukawa, K. Kihira, N. Shibata, H. Nishihara, K.-S. Yoon, S. Ogo, Ma. Ishii, Y. Igarashi, Y. Shomura and Y. Higuchi
    • 学会等名
      第1回ピコバイロジー研究所国際シンポジウム
    • 発表場所
      理研XFEL大会議室(兵庫)
    • 年月日
      20140107-20140108
  • [学会発表] Crystallization of extracellular domains of protocadherin, a neural cell adhesion protein2014

    • 著者名/発表者名
      S. Yoshida, T. Hirabayashi, T. Yagi, Y. Shomura and Y. Higuchi
    • 学会等名
      第1回ピコバイロジー研究所国際シンポジウム
    • 発表場所
      理研XFEL大会議室(兵庫)
    • 年月日
      20140107-20140108
  • [学会発表] Polymerization and Oligomerization of Cytochrome c and Myoglobin by Domain Swapping2013

    • 著者名/発表者名
      S. Hirota, S. Nagao, Y. Hayashi, Z. Wang, A. D. Nugraheni and Y. Higuchi
    • 学会等名
      12th International Symposium on Applied Bioinorganic Chemistry
    • 発表場所
      Guangzhou (China)
    • 年月日
      20131203-20131206
    • 招待講演
  • [学会発表] X-ray Structural Study of O2-tolerant [NiFe] hydrogenase2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Higuchi, K.-S. Yoon, H. Nishihara and Y. Shomura
    • 学会等名
      International Conference on Bio/Mimetic Solar Energy Conversion (iSEC)2013
    • 発表場所
      大阪市立大学(大阪)
    • 年月日
      20131123-20131123
    • 招待講演
  • [学会発表] Formation of Domain-Swapped Oligomeric Cytochrome c from Its Molten Globule State2013

    • 著者名/発表者名
      M. S. Deshpande, P. P. Parui, M. Yamanaka, S. Nagao, H. Kamikubo, M. Kataoka, H. Komori, Y. Higuchi and S. Hirota
    • 学会等名
      第51回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      国立京都国際会館(京都)
    • 年月日
      20131028-20131028
  • [学会発表] Preparation of single crystals of multi-copper oxidases suitable for neutron diffraction2013

    • 著者名/発表者名
      M. Akter,H. Komori,N. Shibata,Y. Shomura,T. Sakurai,K. Kataoka,Y. Higuchi
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] [NiFe]-ヒドロゲナーゼ成熟化タンパク質HypAの結晶化2013

    • 著者名/発表者名
      大川雄嗣,樋口芳樹,庄村康人
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] 細胞接着分子プロトカドヘリン細胞外領域の結晶化2013

    • 著者名/発表者名
      吉田早希,平林敬浩,八木健,庄村康人,樋口 芳樹
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] NAD+還元型ヒドロゲナーゼの結晶学的研究2013

    • 著者名/発表者名
      中川英恵,竹田翠,土生川真央,木平清人,柴田直樹
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会年会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] 水銀化合物非存在下での野生型 Axin DIX-ドメイン2013

    • 著者名/発表者名
      勝谷拓也,柴田直樹,寺脇慎一,山本英樹,菊池章,樋口芳樹
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131013
  • [学会発表] ヒスタミン合成酵素の構造解析2013

    • 著者名/発表者名
      小森博文,新田陽子,植野洋志,樋口芳樹
    • 学会等名
      平成25年度日本結晶学会
    • 発表場所
      熊本大学(熊本)
    • 年月日
      20131012-20131012
  • [学会発表] 超好熱菌由来シトクロムcの多量化と二量体構造2013

    • 著者名/発表者名
      山中優,長尾聡,羽田正雄,小森博文,樋口芳樹,廣田俊
    • 学会等名
      第7回バイオ関連シンポジウム(日本化学会)
    • 発表場所
      名古屋大学豊田講堂(愛知)
    • 年月日
      20130927-20130927
  • [学会発表] 糖質加水分解酵素ファミリー45に属する担子菌由来エンドグルカナーゼの構造・機 能解析2013

    • 著者名/発表者名
      中村彰彦,石田卓也,伊中浩治,樋口芳樹,伏信進矢,五十嵐圭日子,鮫島正浩
    • 学会等名
      日本応用糖質科学会平成25年度大会(第62回)
    • 発表場所
      鹿児島大学(鹿児島)
    • 年月日
      20130925-20130927
  • [学会発表] シトクロムc3ネットワークの電気特性2013

    • 著者名/発表者名
      山口晴正,角田早,蔡徳七,平野義明,鈴木雅之,樋口芳樹,松本卓也
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都)
    • 年月日
      20130924-20130927
  • [学会発表] AFMによるシトクロムc3分子の電気伝導測定2013

    • 著者名/発表者名
      角田早,山口晴正,蔡徳七,平野義明,鈴木雅之,樋口芳樹,松本卓也
    • 学会等名
      第7回分子科学討論会
    • 発表場所
      京都テルサ(京都)
    • 年月日
      20130924-20130927
  • [学会発表] 水素-化学エネルギー変換・ヒドロゲナーゼの構造化学2013

    • 著者名/発表者名
      中川英恵,竹田翠,庄村康人,樋口芳樹
    • 学会等名
      兵庫県立大学シンポジウム
    • 発表場所
      神戸市産業振興センター(兵庫)
    • 年月日
      20130924-20130924
  • [学会発表] 水素分解酵素の成熟化機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      大川雄嗣,樋口芳樹,庄村康人
    • 学会等名
      兵庫県立大学シンポジウム
    • 発表場所
      神戸市産業振興センター(兵庫)
    • 年月日
      20130924-20130924
  • [学会発表] AFM によるシトクロムc3分子の電気伝導測定2013

    • 著者名/発表者名
      角田早,山口晴正,蔡徳七,平野義明,鈴木雅之,樋口芳樹,松本卓也
    • 学会等名
      第 74 回応用物理学会
    • 発表場所
      同志社大学(京都)
    • 年月日
      20130916-20130916
  • [学会発表] シトクロムc3ネットワークの電気特性2013

    • 著者名/発表者名
      山口晴正,角田早,蔡徳七,平野義明,鈴木雅之,樋口芳樹,松本卓也
    • 学会等名
      第 74 回応用物理学会
    • 発表場所
      同志社大学(京都)
    • 年月日
      20130916-20130916
  • [学会発表] αフルオロメチルヒスチジンによるヒスタミン合成酵素の阻害機構の解明2013

    • 著者名/発表者名
      小森博文,新田陽子,植野洋志,樋口芳樹
    • 学会等名
      第86回日本生化学大会
    • 発表場所
      パシフィコ横浜(神奈川)
    • 年月日
      20130912-20130912
  • [学会発表] Structure of the native Axin-DIX domain crystallized without mercury compound.2013

    • 著者名/発表者名
      N. Shibata, T. Katsutani, S. Terawaki, H. Yamamoto, A. Kikuchi and Y.Higuchi
    • 学会等名
      7th International Conference on Structural Genomics 2013
    • 発表場所
      京王プラザホテル札幌(北海道)
    • 年月日
      20130729-20130801
  • [学会発表] Domain Swapping of the Heme and N-Terminal α-Helix in Hydrogenobacter thermophilus Cytochrome-c552 Dimer2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Hayashi, S. Nagao, H. Osuka, H. Komori, Y. Higuchi, and S. Hirota
    • 学会等名
      The 27th Annual Symposium of The Protein Society
    • 発表場所
      Boston(USA)
    • 年月日
      20130720-20130722
  • [学会発表] Reaction Mechanism of S-Carbamoylation of HypE by HypF in the Maturation of [NiFe]-hydrogenase2013

    • 著者名/発表者名
      Y. Higuchi and Y. Shomura
    • 学会等名
      10th International Hydrogenase Conference
    • 発表場所
      Szeged (Hungry)
    • 年月日
      20130709-20130709
    • 招待講演
  • [図書] CSJカレントレビュー15,次世代のバイオ水素エネルギー開発2014

    • 著者名/発表者名
      庄村康人,樋口芳樹
    • 総ページ数
      174(80-85)
    • 出版者
      化学同人
  • [図書] 光合成のエネルギー利用と環境応用2014

    • 著者名/発表者名
      樋口芳樹
    • 総ページ数
      308(33-42)
    • 出版者
      CMC出版

URL: 

公開日: 2015-05-28  

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