| 研究課題/領域番号 |
25291087
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| 研究種目 |
基盤研究(B)
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| 研究機関 | 神戸大学 |
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研究代表者 |
川井 浩史 神戸大学, 学内共同利用施設等, 教授 (30161269)
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| 研究分担者 |
山岸 隆博 神戸大学, 学内共同利用施設等, 助教 (30379333)
羽生田 岳昭 神戸大学, 学内共同利用施設等, 助教 (40379334)
本村 泰三 北海道大学, 学内共同利用施設等, 教授 (30183974)
長里 千香子 北海道大学, 学内共同利用施設等, 准教授 (00374710)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | コンブ目 / 分子系統 / 網羅的cDNA塩基配列解析 / 生物地理 / 藻場構成種 |
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| 研究概要 |
世界各地の沿岸域で「海の森」とも呼べる藻場生態系を構成している大形褐藻類のうちコンブ目を対象に科レベルの系統関係を明らかにし，さまざまな重要な形質がいつ，どのようにして獲得されたかについて考察することを目的とする。具体的には，多遺伝子解析による属・科レベルの詳細な系統関係の解析，代表的な科についての網羅的cDNA塩基配列情報の取得，大型化・深所適応の鍵となるいくつかの重要形態形質について微細構造とそれらに関係する遺伝子群の解析を行う。平成25年度は対象とする種について培養下で配偶体を大量培養し，全RNAを抽出し，次世代シークエンサーによる網羅的cDNA塩基配列解析を行う。全ての属を対象に葉緑体コードのatpB, psaA, psaB, psbA, psbC, rbcL, ミトコンドリアコードのcox1,cox3などの塩基配列解析を実施する。
本年度は，多遺伝子解析については，20属約40種について，培養藻体または自然藻体からDNAを抽出し，上述の遺伝子について塩基配列の解析を行った。また，スジメ科の属レベルの系統解析において重要なアナメ属，キクイシコンブ属の種について，稀少種であるオオノアナメの藻体を入手し，解析に加えることができた。また，南半球への分布拡大の解析に必須な，Ecklonia maximaについて試料を得た。大形コンブ類（スジメ目，コンブ目，チガイソ目，レッソニア目）の姉妹群に相当するアウレオファイクス属の網羅的cDNA解析を目指して，大量培養を試みたが，培養下では胞子体が成長せずに枯死することと，エアレーション下でも配偶体の成長が遅いため，解析に十分な量のRNAを得られなかった。このため，静置培養で配偶体の培養を継続している。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
網羅的cDNA解析に用いる培養藻体の成長が遅く，H25年度中には充分な量のRNAが抽出できなかった。このため，培養を継続しており，RNAの調整が済み次第解析を実施する予定である。
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| 今後の研究の推進方策 |
cDNA解析については，微量のRNAからcDNA解析が行える解析手法について検討する。また分子系統解析については，より効率的なDNA抽出の方法を検討するため，これまでのいったんDNA抽出キットにより全DNAを抽出・精製してからPCR，塩基配列解析を行う方法に加えて，微量な藻体からDNAを抽出し直ちにPCRを行う方法も検討する。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
網羅的cDNA解析に用いる経費を計上していたが，これらの実験に用いる種の培養株の成長が遅く，解析に充分な量のRNAを抽出することができなかった。このため，この部分の実験を平成26年度に持ち越すこととして，その分の経費を繰り越した。
RNA抽出のための藻体の培養を継続しており，これらを用いて今年度網羅的cDNA塩基配列解析を実施する予定である。繰り越した経費はこれらの実験に使用する。
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