エピジェネティックな機構による遺伝子発現制御を植物の分子育種の方策として利用することを念頭におき、モデル系として用いることが可能な研究材料を用いてエピジェネティックな変化の様相を理解するための研究を行ってきた。ペチュニアにおいて、花弁の着色等に寄与する植物色素であるアントシアニンの生合成系の主要な酵素の一つである、カルコン合成酵素をコードするCHS-A遺伝子のcDNAを強い転写活性を持つプロモーターに連結して導入した場合、この遺伝子のRNA分解によるコサプレッションが誘導され、花弁の着色がなくなる現象が知られる。研究代表者はこのようなコサプレッションを起こした系統において、導入した遺伝子のエピジェネティックな変化を介して花弁が部分的に着色する現象を見出し、その機構の解析を進めてきた。エピジェネティックな変化が起きた背景として、CHS-A遺伝子のRNA分解に伴って生じる低分子RNAが、塩基配列特異的なDNAのメチル化を誘導することが想定された。さらに何らかの機構により、このメチル化が遺伝子の転写制御を行う領域へ広がったことが示唆された。本研究では、この可能性を検討するため、低分子RNAの産生状態に関してエピジェネティックな変化を起こしている植物体と対照の植物体の間で比較解析を行った。その結果、エピジェネティックな変化が誘導された植物において、産生された低分子RNAの総量が変化したのに加え、産生する領域が変化し、とりわけ遺伝子の上流側へ広がった傾向が見られた。
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