| 研究課題/領域番号 |
25292130
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| 研究機関 | 国立研究開発法人水産総合研究センター |
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研究代表者 |
長井 敏 国立研究開発法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, グループ長 (80371962)
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| 研究分担者 |
安池 元重 国立研究開発法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (20604820)
中村 洋路 国立研究開発法人水産総合研究センター, 中央水産研究所, 研究員 (90463182)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | メタゲノム解析 / DDCA / 海洋プランクトン / 海洋細菌 / 18S-rRNA / ユニバーサルプライマー |
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| 研究実績の概要 |
昨年度、メタゲノム解析用次世代シーケンスデータをDDCAを用いて解析するため、出現種の集計表の作成、円グラフ作成昨日の付加、フリーソフト「R」のパッケージを利用し、類似度指数を用いて、NMDS（Non-metric multidimensional scaling）解析の出力、類似度指数を持ちいたクラスタリングデンドログラムの出力、ヒートマップ・クラスタリングの出力を行うためのグラフィカルインターフェースの作成を行った。今年度は、この使用具合について確認し、不具合がある場合や使用し難い部分は修正を行った。
複数の海域から採集した環境DNAサンプルについて、18S-rRNA遺伝子のユニバーサルプライマーにより取得した次世代シーケンスデータを用いて、DDCAを動かし、種同定を行った。次世代シーケンスデータが多く（＞5万配列）、かつ使用するプローブ数が多い場合（>2万個）は、解析に長時間を要することが判明した。より効率的にDDCAを用いてメタゲノム解析を行うためには、プローブ数を減らす方が良いとの判断から、昨年度までの研究で作成した18S-rRNA遺伝子検出用のプローブについて、有害赤潮・有毒プランクトンのみを含むプローブと動物プランクトンのみを含むプローブに分けて解析することにした。現在、次世代シーケンス数およびプローブ数と解析に必要な時間の関係について、データを取りまとめている。研究成果報告書には、その成果を含めて報告する予定である。
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| 現在までの達成度 (段落) |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 今後の研究の推進方策 |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| 次年度使用額の使用計画 |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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