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27年度までに採取した乳酸菌のうち、ブタと野生ニホンイノシシ由来のビフィズス菌ゲノムの詳細解析を実施した。Bifidonbacterium thermoacidophilumが、両亜種に共通して検出されるビフィズス菌であった。アセンブルおよびアノーテーション後の比較ゲノム解析の結果、養豚場のブタ由来のビフィズス菌についてのみ、薬剤耐性遺伝子の存在が示唆された。テトラサイクリン耐性遺伝子のtetWとリンコマイシン耐性の薬剤排出ポンプ遺伝子が、措定されたが、ディスクディフージョン法で検討した結果、テトラサイクリンに対してのみ耐性を示した。tetW周辺の構造を解析した結果、tetW上流には、水平移動を可能にするトランスポザーセの存在が検出された。水平移動によって、分断された遺伝子が、耐性遺伝子を持たない、野生イノシシ由来株と無薬飼育をしている大学農場飼育ブタ由来株との比較の結果、アラビノース輸送タンパク質をコードする遺伝子であることが判明した。この他、家畜化することに対応して、野生イノシシ由来のビフィズス菌のゲノムから、キシラナーゼやキチナーゼ遺伝子が欠損した可能性資された。
この他、これまで不十分であった粗放な飼養形態におけるブタ由来乳酸菌を分離するため、ウガンダ共和国のアフリカ種ブタを中心に採材を行って、乳酸菌を確保することに成功した。
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