• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2015 年度 実績報告書

芳香族系汚染物質添加環境での微生物集団応答様式の包括的研究

研究課題

研究課題/領域番号 25292206
研究機関東北大学

研究代表者

津田 雅孝  東北大学, 生命科学研究科, 教授 (90172022)

研究分担者 黒川 顕  東京工業大学, 地球生命研究所, 教授 (20343246)
永田 裕二  東北大学, 生命科学研究科, 准教授 (30237531)
大坪 嘉行  東北大学, 生命科学研究科, 助教 (40342761)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード環境汚染 / 細菌 / メタゲノム / 分解酵素遺伝子
研究実績の概要

有害化学物質汚染環境でどのような細菌集団や分解酵素遺伝子群が分解の主たる役割を如何に果たすかの包括的解明のために、本研究では単純化した人工的汚染化閉鎖環境に一定環境由来細菌集団を接種した実験系で、当該細菌集団メタゲノムの解析と、分解能を示す細菌株や分解酵素遺伝子群の取得・解析を実施している。
有害芳香族化合物汚染環境由来で初年度分離のフェナントレン(Phn)分解コンソーシアム(MixEPa4)で少数派であったPhn完全分解Mycobacterium属細菌株EPa45の分解能は、MixEPa4由来のPhn非分解Burkholderia属Bcrs1W株共存下で増強され、本増強には、Phnによる前者株生育阻害を後者株が緩和するSGI効果が関与する。本年度の更なる研究で、(1) EPa45は、本株が分解可能なナフタレンやビフェニル存在下で生育阻害を受けるが、後者株は両化合物にもSGI効果を示す、(2)本研究対象環境に由来しない別のPhn完全分解Mycobacterium属細菌株でもEPa45株と同様にPhnによる生育阻害とBcrs1W株によるSGI効果が認められる、そして、(3) Burkholderia以外の分類学的に多様な環境細菌や大腸菌がSGI効果を発揮できる、ことを示した。一方、本研究環境由来で別のPhn分解コンソーシアム(MixBP1)ではその更なる集積培養でPhn完全分解Burkholderia属株HB-1を分離し、(1)本株がMixBP1での主要Phn分解菌株であることを示し、(2)本株ゲノム配列決定で、EPa45株とは異なる分解酵素遺伝子群を推定した。ただ、HB-1株はPhnによる生育阻害を示さなかった。以上の成果により、生育速度が遅くPhn分解能が弱いMycobacteriumのような細菌株の分解能は様々な非分解細菌株共存下で増強されることが判明した。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (29件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (8件) (うち査読あり 8件、 オープンアクセス 7件、 謝辞記載あり 8件) 学会発表 (21件) (うち国際学会 1件、 招待講演 4件)

  • [雑誌論文] H-NS facilitates sequence diversification of horizontally transferred DNAs during their integration in host chromosomes2016

    • 著者名/発表者名
      Higashi K, Tobe T, Kanai A, Uyar E, Ishikawa S, Suzuki Y, Ogasawara N, Kurokawa K, Oshima T.
    • 雑誌名

      PLoS Genetics

      巻: 10 ページ: e0126967

    • DOI

      10.1371/journal.pgen.1005796

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Mycobacterium sp. strain EPa45 (NBRC 110737), isolated from a phenanthrene-degrading consortium2015

    • 著者名/発表者名
      Kato H, Ogawa N, Ohtsubo Y, Oshima K, Toyoda A, Mori H, Nagata Y, Kurokawa K, Hattori M, Fujiyama A, Tsuda M.
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 3 ページ: e00782-15

    • DOI

      10.1128/genomeA.00782-15

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] FuncTree: Functional analysis and visualization for large-scale omics data2015

    • 著者名/発表者名
      Uchiyama T, Irie M, Mori H, Kurokawa K, Yamada T.
    • 雑誌名

      PLoS ONE

      巻: 10 ページ: e0126967

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0126967

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] メタゲノム情報を基盤とした土壌細菌コミュニティの解析2015

    • 著者名/発表者名
      加藤広海、小川なつみ、津田雅孝
    • 雑誌名

      日本微生物生態学会誌

      巻: 30 ページ: 57-64

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Bacterial clade with the ribosomal RNA operon on a small plasmid rather than the chromosome2015

    • 著者名/発表者名
      Anda M, Ohtsubo Y, Okubo T, Sugawara M, Nagata Y, Tsuda M, Minamisawa K, Mitsui H.
    • 雑誌名

      Proceedings of the National Academy of Sciences USA

      巻: 112 ページ: 14343-14347

    • DOI

      10.1073/pnas.1514326112

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Properties and biotechnological applications of natural and engineered haloalkane dehalogenases2015

    • 著者名/発表者名
      Nagata Y, Ohtsubo Y, Tsuda M.
    • 雑誌名

      Applied Microbiology and Biotechnology

      巻: 99 ページ: 9865-9881

    • DOI

      10.1007/s00253-015-6954-x

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Time-series metagenomic analysis reveals robustness of soil microbiome against chemical disturbance2015

    • 著者名/発表者名
      Kato H, Mori H, Maruyama F, Toyoda A, Oshima K, Endo R, Fuchu G, Miyakoshi M, Dozono A, Ohtsubo Y, Nagata Y, Hattori M, Fujiyama A, Kurokawa K, Tsuda M.
    • 雑誌名

      DNA Research

      巻: 22 ページ: 413-424

    • DOI

      10.1093/dnares/dsv023

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Complete genome sequence of a phenanthrene degrader, Burkholderia sp. HB-1 (NBRC 110738)2015

    • 著者名/発表者名
      Ohtsubo Y, Moriya A, Kato H, Ogawa N, Nagata Y, Tsuda M.
    • 雑誌名

      Genome Announcements

      巻: 3 ページ: e01283-15

    • DOI

      10.1128/genomeA.01283-15

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 土壌微生物のノトバイオロジー2016

    • 著者名/発表者名
      加藤広海、森宙史、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、黒川顕、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
    • 招待講演
  • [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムに存在する非分解菌の分解菌に対する効果2016

    • 著者名/発表者名
      小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] フェナントレン分解コンソーシアムMixEPa4における構成細菌間の相互作用2016

    • 著者名/発表者名
      守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] 土壌細菌Burkholderia multivoransにおけるFur制御下の機能未知遺伝子hemPの解析2016

    • 著者名/発表者名
      佐藤拓哉、湯原悟志、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] Burkholderia multivoransにおける鉄硫黄クラスター合成系遺伝子群の転写制御機構の解析2016

    • 著者名/発表者名
      野々山翔太、佐藤拓哉、岸田康平、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] DNA配列表示ツールSeqView2016

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] 環境試料RNAの大量シーケンシングと経時解析による有用遺伝子の大規模検索2016

    • 著者名/発表者名
      中村祐哉、森宙史、黒川顕、中島信孝
    • 学会等名
      日本農芸化学会2016年度大会
    • 発表場所
      札幌
    • 年月日
      2016-03-27 – 2016-03-30
  • [学会発表] 土壌細菌叢変動とレジームシフト2016

    • 著者名/発表者名
      大坪嘉行、加藤広海、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第89回日本細菌学会総会
    • 発表場所
      大阪
    • 年月日
      2016-03-23 – 2016-03-25
    • 招待講演
  • [学会発表] 汚染土壌細菌叢の新規環境への定着及び再汚染のメタゲノム解析2016

    • 著者名/発表者名
      加藤広海、森宙史、渡来直生、永山浩史、大坪嘉行、永田裕二、豊田敦、黒川顕、津田雅孝
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] フェナントレン分解細菌Burkholderia sp.HB-1株のゲノムと芳香属分解遺伝子の解析2016

    • 著者名/発表者名
      守屋梓、小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 遺伝学的解析を用いた芳香族化合物分解コンソーシアムにおける分解菌と非分解菌の共在機構の解明2016

    • 著者名/発表者名
      小川なつみ、加藤広海、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 微生物群集動態の原理解明に向けた再現モデルの構築2016

    • 著者名/発表者名
      渡来直生、森宙史、加藤広海、大坪嘉行、小椋義俊、永田裕二、豊田敦、藤山秋佐夫、林哲也、津田雅孝、黒川顕
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] ナフタレン分解プラスミドNAH7の接合伝達関連機能未知遺伝子群traDEFの解析2016

    • 著者名/発表者名
      岸田康平、井上慧、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 次世代シーケンサーを用いたqTnSeq法の構築2016

    • 著者名/発表者名
      阿部史歩、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 微生物統合データベー MicrobeDB.jpの検索システムの高度化と新解析パイプライン2016

    • 著者名/発表者名
      森宙史、藤澤貴智、千葉啓和、山本希、内山郁夫、菅原秀明、中村保一、黒川顕、MicrobeDB.jpプロジェクトチーム
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 大規模オミックスデータの可視化・解析ツール「FuncTree」の開発2016

    • 著者名/発表者名
      山手雄太、森宙史、黒川顕、山田拓司
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] 微生物統合データベースを高度化する微生物環境オントロジーと解析アプリケーションの開発2016

    • 著者名/発表者名
      鈴木真也、山本希、森宙史、黒川顕
    • 学会等名
      第10回日本ゲノム微生物学会年会
    • 発表場所
      東京
    • 年月日
      2016-03-04 – 2016-03-05
  • [学会発表] Haloalkane dehalogenases in bacteria2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Nagata, Ryota Moriuchi, Yoshiyuki Ohtsubo, and Masataka Tsuda
    • 学会等名
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies
    • 発表場所
      Honolulu, Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15 – 2015-12-20
    • 国際学会
  • [学会発表] 環境を汚染する難分解性農薬分解遺伝子群の水平伝播2015

    • 著者名/発表者名
      永田裕二、大坪嘉行、津田雅孝
    • 学会等名
      第30回日本微生物生態学会年次大会
    • 発表場所
      土浦
    • 年月日
      2015-10-17 – 2015-10-20
    • 招待講演
  • [学会発表] メタゲノム情報を基盤とした汚染土壌の細菌コンソーシアムの研究2015

    • 著者名/発表者名
      加藤広海、小川なつみ、大坪嘉行、永田裕二、津田雅孝
    • 学会等名
      第30回日本微生物生態学会年次大会
    • 発表場所
      土浦
    • 年月日
      2015-10-17 – 2015-10-20
  • [学会発表] リボソームRNA遺伝子の染色体外への移行2015

    • 著者名/発表者名
      按田瑞恵、大坪嘉行、大久保卓、菅原雅之、永田裕二、津田雅孝、南澤究、三井久幸
    • 学会等名
      日本遺伝学会第87回大会
    • 発表場所
      仙台
    • 年月日
      2015-09-24 – 2015-09-26
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2017-01-06  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi