研究課題
Ｂ型慢性肝炎（発がん）モデル（Nakamoto et al.: J. Exp. Med. 1998; Cancer Res. 2004）における網羅的発現解析（ＤＮＡチップ）で、これまでに炎症性発がんに特有の遺伝子群／細胞内シグナル径路（Cluster 2：１１９個の遺伝子）が得られている。そこで、遺伝子の発現変化に影響したゲノム・エピゲノムの変異・修飾を検出してドライバー変異の候補を選択する計画を実施した。（１）発現遺伝子プロファイル解析： 経時的な発現解析において、Cluster 2の発現レベルが炎症反応には依存せず、前がん状態やがん組織において顕著に低下することが分かった。（２）宿主ゲノム塩基配列解析（プロモータ領域を含むリシーケンシング）： Cluster 2遺伝子について、がん組織において、１％以上の頻度でアミノ酸配列の非同義変異が特異的に認められる遺伝子が２４個認められた。（３）宿主エピゲノム解析： 遺伝子の発現低下の機序として、塩基配列の変化に加えて、エピゲノム（メチル化）による修飾が加わっている可能性がある。（２）の塩基配列解析と同様に、メチル化されたDNAを濃縮して、メチル化の程度が変化したゲノム領域（DMRs：Differentially Methylated Regions）を検出した。発症前の肝組織のデータを対照として、経時的組織における変化をゲノムマップ上に配列すると、メチル化の亢進した領域がCluster 2のうち７遺伝子周辺のCpGアイランドに認められることが分かった。（４）変異ゲノムの機能解析： （２）（３）で認められたゲノム・エピゲノム変化について遺伝子オントロジー（GO）について検討したところ、oxidation reduction / mitochondrion / oxidoreductase activityに関連していた。
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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