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2015 年度 実績報告書

バイオインフォマテック解析を用いた歯周疾患新規バイオマーカーの検索

研究課題

研究課題/領域番号 25293424
研究機関東京医科歯科大学

研究代表者

和泉 雄一  東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 教授 (60159803)

研究分担者 小林 宏明  東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 非常勤講師 (50396967)
竹内 康雄  東京医科歯科大学, 医歯(薬)学総合研究科, 助教 (60396968)
田中 敏博  東京医科歯科大学, 疾患バイオリソースセンター, 教授 (50292850)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード侵襲性歯周炎 / エクソーム解析
研究実績の概要

侵襲性歯周炎患者における大規模並列シークエンサーを用いて全エクソームを解析した。
被験者は東京医科歯科大学歯学部附属病院の歯周病外来に来院し、書面での同意の得られた侵襲性歯周炎2家系を対象とした。侵襲性歯周炎罹患者5名および非罹患者1名について、末梢血より抽出したゲノムDNAを用いてIon Protonによる全エクソーム解析を行った。得られた遺伝子変異に対して、下記のfilteringを実施した。(1)低depth変異の除去、(2)Insertion/deletionの除去、(3)罹患者に共通した変異以外の除去、(4)同義置換の除去、(5)公共データベース(Human Genetic Variation Browser、1000-genome database、NHLBI Exome Sequence Project)に登録され頻度1%以上のコモンバリアントの除去。絞り込まれた変異の確認をサンガーシークエンス法にて行った。
エクソームシークエンスにより、約50,000個の遺伝子変異を各サンプルにおいて同定し、filteringを通じて家系毎にそれぞれ41変異、379変異に絞り込んだ。2家系に共通して変異を認める変異候補遺伝子が存在しており、これらの変異をサンガーシークエンスにおいて確認した。

現在までの達成度 (段落)

27年度が最終年度であるため、記入しない。

今後の研究の推進方策

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額が生じた理由

27年度が最終年度であるため、記入しない。

次年度使用額の使用計画

27年度が最終年度であるため、記入しない。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (2件) (うち国際共著 2件、 査読あり 2件) 学会発表 (2件)

  • [雑誌論文] Salivary pathogen and serum antibody to assess the progression of chronic periodontitis: a 24-mo prospective multicenter cohort study2016

    • 著者名/発表者名
      T. Morozumi, et al
    • 雑誌名

      J Periodontal Res.

      巻: - ページ: -

    • DOI

      doi: 10.1111/jre.12353.

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] A genome-wide association study of periodontitis in a Japanese population.2015

    • 著者名/発表者名
      Shimizu S, Momozawa Y, Takahashi A, Nagasawa T, Ashikawa K, Terada Y, Izumi Y,Kobayashi H, Tsuji M, Kubo M, Furuichi Y.
    • 雑誌名

      J Dent Res. 2015

      巻: 94(4) ページ: 555-61

    • DOI

      doi:10.1177/0022034515570315

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] 大規模並列シークエンサーを用いた侵襲性歯周炎のゲノム解析.2015

    • 著者名/発表者名
      須藤毅顕, 岡田随象, 小林宏明, 御給美沙, 田中敏博, 和泉雄一.
    • 学会等名
      第143回日本歯科保存学会
    • 発表場所
      文教シビックホール(東京都文京区)
    • 年月日
      2015-11-13
  • [学会発表] 侵襲性歯周炎の全エクソーム解析による候補遺伝子の同定2015

    • 著者名/発表者名
      須藤毅顕, 岡田随象, 小林宏明, 御給美沙, 和泉雄一, 田中敏博.
    • 学会等名
      第60回日本人類遺伝学会
    • 発表場所
      京王プラザホテル(東京都新宿区)
    • 年月日
      2015-10-16

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公開日: 2017-01-06  

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