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2016 年度 実績報告書

欠測を伴うコホートに対するケース・コホートデザインの適用と解析方法の開発

研究課題

研究課題/領域番号 25330039
研究機関滋賀大学

研究代表者

和泉 志津恵 (大久保志津恵)  滋賀大学, データサイエンス教育研究センター, 教授 (70344413)

研究分担者 玉腰 暁子  北海道大学, 医学研究科, 教授 (90236737)
伊藤 陽一  北海道大学, 医学研究科, 准教授 (10334236)
野間 久史  統計数理研究所, データ科学研究系, 准教授 (70633486) [辞退]
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
キーワード医薬生物 / ゲノム統計解析 / ビッグデータ活用 / ゲノム疫学
研究実績の概要

近年,膨大なゲノムデータを用いて,疾病に関連する遺伝子の探索が可能になっている。ケース・コホート研究では,コホート全体ではなく一部の選択された対象者のみから高価なゲノム情報を測定することにより,研究のコスト・労力が大幅に節減できる。しかし,対象者から観測されるデータには頻繁に欠測値が含まれるため,データ解析に困難を伴う。本研究では,欠測を伴うコホートデータに対応した,ケース・コホート研究の新規な理論的枠組みの開発を行い,提案方法の特性を数値実験により検証し,汎用プリケーションを開発し,国内外の大規模なゲノム疫学研究への提案方法の応用を検討することを目的とする。
平成28年度(4年度目)は,平成25年度から平成26年度に開発した(1)新規のサンプリングデザイン,統計解析の方法,加えて標本数(サブコホートサイズ)の設計方法,(2)数値実験により検証された提案方法の特性,(3)統計解析ソフトウェアRでの汎用的なアプリケーションを用いて,平成27年度に(4)ゲノム疫学研究への応用を試み,(5)研究成果の考察を行った。乳幼児を対象とした北海道スタディやエコチル調査のように,コホート内の多数の対象者における反応変数の値が欠測となると事前に分かっている場合,幾つかのシナリオのもとで、反応変数が欠測となる影響を補正し,共変量の効果を推定する方法を用いた研究デザインを提案した。その成果を国際学会にて報告し,論文にまとめた。

  • 研究成果

    (8件)

すべて 2017 2016

すべて 雑誌論文 (5件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件) (うち国際学会 2件、 招待講演 1件)

  • [雑誌論文] A global goodness-of-fit test for linear structural mean models2017

    • 著者名/発表者名
      Taguri, M., Izumi, S.
    • 雑誌名

      Behaviormetrika

      巻: 44 ページ: 253-262

    • DOI

      10.1007/s41237-016-0003-7

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Erratum to: A global goodness-of-fit test for linear structural mean models2017

    • 著者名/発表者名
      Taguri, M., Izumi, S.
    • 雑誌名

      Behaviormetrika

      巻: 44 ページ: 263

    • DOI

      10.1007/s41237-016-0012-6

    • オープンアクセス
  • [雑誌論文] Logistic regression model for survival time analysis using time-varying coefficients2016

    • 著者名/発表者名
      Satoh, K., Tonda, T., Izumi, S.
    • 雑誌名

      American Journal of Mathematical and Management Sciences

      巻: 35 ページ: 353-360

    • DOI

      10.1080/01966324.2016.1215945

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 広島平和宣言における単語出現頻度に基づく広島の平和観の経時変化について2016

    • 著者名/発表者名
      冨田哲治,佐藤健一,和泉志津恵
    • 雑誌名

      長崎医学雑誌

      巻: 91 ページ: 176-179

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Effects of prenatal exposure to perfluoroalkyl acids on prevalence ofallergic diseases among 4-year-old children2016

    • 著者名/発表者名
      Goudarzi, H., Miyashita, C., Okada, E., Kashino, I., Kobayashi, S., Chen, C. J., Ito, S., Araki, A., Matsuura, H., Ito, Y. M., Kishi, R.
    • 雑誌名

      Environment International

      巻: 94 ページ: 124-132

    • DOI

      10.1016/j.envint.2016.05.020

    • 査読あり / 国際共著
  • [学会発表] Big Data and Health- From Data Science Viewpoint -2017

    • 著者名/発表者名
      Izumi, S.
    • 学会等名
      International Workshop on Bioethics Governance 2017
    • 発表場所
      滋賀大学大津サテライトキャンパス(Shiga, Japan)
    • 年月日
      2017-03-11 – 2017-03-11
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 生存時間データにおけるロジスティック回帰モデルを用いたオッズ比の推測2017

    • 著者名/発表者名
      佐藤健一,冨田哲治,和泉志津恵
    • 学会等名
      第27回日本疫学会学術総会
    • 発表場所
      ベルクラシック甲府(Yamanashi, Japan)
    • 年月日
      2017-01-25 – 2017-01-27
  • [学会発表] Estimating the effects of exposure in a case-cohort design of Hokkaido Cohort study when some binary outcomes of interests are known to be missing2016

    • 著者名/発表者名
      Izumi, S., Sato, T., Ito, Y.M.
    • 学会等名
      XXVIIIth International Biometric Conference (IBC2016)(国際学会)
    • 発表場所
      Victoria Convention Centre. (Victoria, Canada)
    • 年月日
      2016-07-10 – 2016-07-15
    • 国際学会

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公開日: 2018-01-16  

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