研究課題
RNA構造アラインメントは古くから研究されているにも関わらず，未だに計算量が大きいという問題がある．このため，長鎖非コードRNAやRNAウィルスのような比較的長いRNA配列に関しては，「配列を比べる」という基本的な解析すら厳密手法では満足に行えない状況である．本研究では，期待精度最大化と双対分解に基づく革新的なアルゴリズムにより，シュードノットおよび非正規塩基対からなる拡張二次構造やRNA-RNA相互作用による複合二次構造などの複雑な高次構造を考慮したRNA構造アラインメントを高速かつ高精度に計算する手法を開発することを目的とする．これにより，機能性RNAの機能・構造解析の精度や効率を向上させることができると期待される．本年度は，局所RNA構造アラインメントをマルチプルアラインメントに拡張するための定式化を行い，さらにそれに基づく実装を行った．既存手法との比較実験を行い，精度の面で優れていることを示した．昨年度に行った仮実装と比較して高速化を達成したものの，実用化に向けてはさらなる高速化が必要である．RNA-RNA相互作用予測法RactIPのアルゴリズムを改良し，より網羅的なデータセットに対する実験において高精度化を実現した．RNA-タンパク質間の塩基・残基レベルの相互作用予測法のアルゴリズムを改良し，大量の訓練データを用意できる弱ラベル付きデータを用いた機械学習を実現するための定式化を行い，プロトタイプの実装を行った．
3: やや遅れている
現在，仮実装と動作確認実験が完了した段階である．今後さらに公開へ向けての高速化と大規模実験を行わなけらばならない状況であり，追加の実装および実験を行う必要がある．
局所RNA構造アラインメントの実現に向け精度向上の過程にあり，その結果を踏まえて次年度において論文投稿および学会発表を行う予定である．
現在，仮実装と動作確認が完了した段階であり，今後さらに公開へ向けて高速化と大規模実験を行わなければならない状況である．
次年度において論文投稿および学会発表を行う予定である．
すべて 2016 2015
すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 オープンアクセス 4件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (4件) (うち国際学会 1件)
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