2016 年度研究成果報告書

高次構造を考慮した超高速RNA構造アラインメント

研究課題

研究課題/領域番号	25330348
研究種目	基盤研究(C)
配分区分	基金
応募区分	一般
研究分野	生命・健康・医療情報学
研究機関	慶應義塾大学
研究代表者	佐藤健吾慶應義塾大学, 理工学部(矢上), 講師 (20365472)
研究期間 (年度)	2013-04-01 – 2017-03-31
キーワード	RNA二次構造 / 構造アラインメント / 期待精度最大化 / 双対分解 / 整数計画法
研究成果の概要	RNA構造アラインメントは古くから研究されているにも関わらず，未だに計算量が大きいという問題がある．このため，長鎖非コードRNAやRNAウィルスのような比較的長いRNA配列に関しては，「配列を比べる」という基本的な解析すら厳密手法では満足に行えない状況である．本研究では，期待精度最大化と双対分解に基づく革新的なアルゴリズムにより，シュードノットなどの複雑な高次構造を考慮したRNA構造アラインメントを高速かつ高精度に計算する手法を開発した．
自由記述の分野	バイオインフォマティクス