| 研究実績の概要 |
申請当初は、ヌタウナギの体細胞ゲノムと生殖細胞ゲノムの２つのゲノムについて全塩基配列を決定する予定であったが、経費不足から平成25年度「新学術領域 ゲノム支援」に申請したが不採択であった。そのため平成25年度は体細胞ゲノムの全塩基配列決定（ペアエンド、８レーンによる読み取り）のみを優先し、平成26年度は、残りの予算を使ってその解析を行う予定であった。しかし、平成26年度の「新学術領域 ゲノム支援」に採択されたため、全塩基配列決定した体細胞ゲノムのデータを「ゲノム支援」により解析を進めることが可能となり、残った全予算により、生殖細胞ゲノムの全塩基配列の決定を行った。
体細胞ゲノムは、上記（ペアエンド：270Gb）のデータに加え、ゲノム支援が出したデータ（8kb,10kb、12kb、15kb、18kb、20kbのメイトぺア配列）について、プラタナスによるアッセンブルを実施し、Scaffold(> 500bp) 96,710 本、全長 1,718,766,151 bp（最長 1,319,224 bp、N50：252,418 bp）、Contig (> 500bp) 610,382 本、全長 1,278,292,776 bp（最長 36,392 bp、N50：3,082 bp）という結果が得られた。また、生殖細胞ゲノムについてもペアエンド300Gb、メイトペアデータを取得済みで現在アセンブルを行っている。これに加え、体細胞と生殖細胞のRNA-seq解析も行っており、各細胞32Gb程度のリードデータを取得予定である。
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