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2014 年度 実施状況報告書

病原性細菌特異的ファージの宿主認識と収縮性ファージ尾繊維構成蛋白質の構造生物学

研究課題

研究課題/領域番号 25440066
研究機関東京工業大学

研究代表者

金丸 周司  東京工業大学, 生命理工学研究科, 助教 (50376951)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
キーワードファージ / 尾繊維 / 宿主認識 / 構造解析 / 大腸菌
研究実績の概要

1.ファージ尾繊維に共通の構造モチーフと配列の相関の検討…T4ファージgp34C末端ドメインの結晶構造解析より配列からは不明であったT4ファージ尾繊維蛋白質に共通の構造モチーフの存在が判明した。そこで、BLASTサーチを用いて、配列検索を行ったところ、ファージ尾繊維には同様のモチーフが検出されることが示された。
2.PP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶化…gp37C*-gp38複合体が3:1の各量論をもつ(gp37C*)3-(gp38)1であることが分かり、単一な蛋白質として精製できることが分かった。そこで、複合体の結晶化スクリーニングも行い、結晶を得ることができた。しかし、構造解析に適した結晶は得られていない。
3.T4ファージgp34N末端ドメインの発現系の構築…gp34C末端ドメインの結晶構造解析より明らかになった構造モチーフの一つがT4ファージgp34N末端付近に存在することが分かった。そこで、構造モチーフ部分の配列をもとに構造予測を用いてT4ファージフォールドンドメインとの融合蛋白質として、T4ファージgp34N末端ドメインの発現系を構築した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

4: 遅れている

理由

予定していた、PP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶構造解析が進んでいないこと。また、gp34N末端ドメインの発現系も可溶性の蛋白質が得られていないこと。

今後の研究の推進方策

引き続きPP01ファージ(gp37C*)3-(gp38)1複合体の結晶構造解析を行う。回折実験より、分解能が悪いので結晶化条件をさらに検討する。また、gp34N末端ドメインの発現系については、融合蛋白質の融合部位などを再検討し可溶性蛋白質の精製を目指す。

次年度使用額が生じた理由

研究室の規模が当初より縮小されたため、必要経費が極端に減少した。
また、次年度に1単位相当の研究スペースを確保する必要がある可能性が考えられたので、その分を次年度に利用するため、次年度使用額を留保した。

次年度使用額の使用計画

必要に応じて、研究スペースを確保するとともに、研究補助により縮小した研究室規模を補填し研究遂行を円滑に行う。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2015 2014

すべて 雑誌論文 (4件) (うち査読あり 4件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] NADH oxidase and alkyl hydroperoxide reductase subunit C (peroxiredoxin) from Amphibacillus xylanus form an oligomeric assembly.2015

    • 著者名/発表者名
      Arai T, Kimata S, Mochizuki D, Hara K, Zako T, Odaka M, Yohda M, Arisaka F, Kanamaru S, Matsumoto T, Yajima S, Sato J, Kawasaki S, Niimura Y.
    • 雑誌名

      FEBS Open Bio.

      巻: 7 ページ: 124-131

    • DOI

      10.1016/j.fob.2015.01.005

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Crystallization of the carboxy-terminal region of the bacteriophage T4 proximal long tail fibre protein gp342014

    • 著者名/発表者名
      Granell, M., Namura, M., Alvira, S., Garcia-Doval, C., Singh, A. K., Gutsche, I., van Raaij, M. J. & Kanamaru, S.
    • 雑誌名

      Acta Crystallogr F Struct Biol Commun

      巻: 70 ページ: 970-975

    • DOI

      10.1107/S2053230X14010449

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Intermolecular interactions and conformation of antibody dimers present2014

    • 著者名/発表者名
      Iwura, T., Fukuda, J., Yamazaki, K., Kanamaru, S. & Arisaka, F.
    • 雑誌名

      J Biochem

      巻: 155 ページ: 63-71

    • DOI

      10.1093/jb/mvt095

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Structure and properties of the C-terminal beta-helical domain of VgrG protein from Escherichia coli O1572014

    • 著者名/発表者名
      Uchida, K., Leiman, P. G., Arisaka, F. & Kanamaru, S.
    • 雑誌名

      J Biochem

      巻: 155 ページ: 173-182

    • DOI

      10.1093/jb/mvt109

    • 査読あり
  • [学会発表] Structure and function of receptor binding proteins of T4-type phages and T2-type phages2014

    • 著者名/発表者名
      金丸 周司, 籾山 貴大, 西條 要, 有坂 文雄
    • 学会等名
      第52回生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター
    • 年月日
      2014-09-25 – 2014-09-27
  • [学会発表] T偶数系ファージの尾繊維の構造と機能2014

    • 著者名/発表者名
      金丸 周司,名村 実公賢,西條 要,内田 一也,有坂 文雄
    • 学会等名
      ファージ研究会
    • 発表場所
      三重大学
    • 年月日
      2014-09-04 – 2014-09-05
  • [学会発表] T2類縁ファージの宿主認識蛋白質複合体の発現精製と性状解析2014

    • 著者名/発表者名
      金丸 周司、西條 要、有坂 文雄
    • 学会等名
      第14回蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      ワークピア横浜
    • 年月日
      2014-06-25 – 2014-06-27

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公開日: 2016-05-27  

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