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抗原抗体などのタンパク質-タンパク質複合体の構造や親和性を高速かつ高精度で予測する計算方法を開発した。本法は、ラフ・ドッキングによるデコイ生成と、分子動力学シミュレーションにより得られる結合自由エネルギーを評価関数としたデコイのランキングから成る。PPARγに本法を適用したところ、リガンドはR288を経由して解離することが明らかになった。ヘマグルチニン-抗体や、アデノシン受容体-抗体をGB/SAスコアでランキングしたところ、天然構造に近いデコイが上位に入り、非常に良好な結果が得られた。ヘマグルチニン-抗体の結合自由エネルギーはGB/SA法に比べて実験値を良く再現することが確認できた。
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