• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2016 年度 実績報告書

速度データの相関解析に基づく非二状態蛋白質のフォールディング機構研究

研究課題

研究課題/領域番号 25440075
研究機関東京大学

研究代表者

桑島 邦博  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 名誉教授 (70091444)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2017-03-31
キーワードフォールディング / 速度論
研究実績の概要

本研究では、Φ値解析などによってフォールディング開始部位が明らかにされている二状態蛋白質と非二状態蛋白質を対象として、フォールディング速度データと立体構造との間の相関解析を行い、非二状態蛋白質のフォールデイング分子機構の解明に寄与することを目的とする。28年度の研究実績を以下に示す。

(1) 蛋白質フォールディングの速度論データの収集:昨年度に引き続き,PubMedなどを利用した学術論文調査を行い,単一ドメイン球状蛋白質のフォールディング速度定数(kf)とフォールディングタイプ(二状態または非二状態)に関するデータを収集した。現在,データのエントリー数は,二状態蛋白質78個,非二状態蛋白質55個の計133個であるが,現在登録途上のものが6件ほどあるので,最終的にはエントリー数が140程度になる予定である。これは,現在まで知られている,蛋白質フォールディングのデータベースの中で,最大で最新のものとなる。このデータベース公開の準備のため,共同研究者である,韓国高等科学院Jooyounh Lee教授の研究室ホームページにデータベースをアップロード中である(URL: http://lee.kias.re.kr/~protein/wiki/doku.php?id=pkhd:view)。

(2) 蛋白質フォールディング速度データベースの温度補正に関する準備研究:平成28年度より,基盤研究(C)「速度データと天然構造の相関解析による蛋白質フォールディングの遷移状態の研究」を実施しており,その準備研究として,本研究で作成したデータベース中の,各蛋白質のフォールディング実験における測定温度の調査を行った。

備考

本研究で作成したデータベースを上記webページに公開予定である。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2017 2016 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 3件、 招待講演 3件) 備考 (1件)

  • [国際共同研究] 韓国高等科学院(韓国)

    • 国名
      韓国
    • 外国機関名
      韓国高等科学院
  • [学会発表] Folding mechanism of Borrelia burgdorferi Osp A, a dumbbell-shaped two-domain protein2017

    • 著者名/発表者名
      Makabe, K. & Kuwajima, K.
    • 学会等名
      The 3rd Korean-Polish Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 発表場所
      Jeongsun-kun (Korea)
    • 年月日
      2017-02-05 – 2017-02-09
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • 学会等名
      第54回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      つくば国際会議場(茨城県つくば市)
    • 年月日
      2016-11-25 – 2016-11-27
  • [学会発表] The problem of protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • 学会等名
      The 16th KIAS Conference on Protein Structure
    • 発表場所
      Seoul (Korea)
    • 年月日
      2016-09-22 – 2016-09-24
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Relationship between the folding rate and structure-based parameters of globular proteins2016

    • 著者名/発表者名
      Manavalan, B., Kuwajima, K. & Lee, J.
    • 学会等名
      第16回日本蛋白質科学会年会
    • 発表場所
      福岡国際会議場(福岡県福岡市)
    • 年月日
      2016-06-07 – 2016-06-09
  • [学会発表] The problem of protein folding2016

    • 著者名/発表者名
      Kuwajima, K., Manavalan, B. & Lee, J.
    • 学会等名
      The 2nd Polish-Korean Conference on Protein Folding: Theoretical and Experimental Approaches
    • 発表場所
      Gdansk (Poland)
    • 年月日
      2016-05-28 – 2016-06-01
    • 国際学会 / 招待講演
  • [備考] Protein Folding Database

    • URL

      http://lee.kias.re.kr/~protein/wiki/doku.php?id=pkhd:view

URL: 

公開日: 2018-01-16   更新日: 2022-02-16  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi