| 研究課題/領域番号 |
25440188
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| 研究種目 |
基盤研究(C)
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| 研究機関 | 富山県立大学 |
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研究代表者 |
西田 洋巳 富山県立大学, 工学部, 教授 (60301115)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | ２塩基配列出現頻度 / アスペルギルス / 菌類 / ヌクレオソーム / 塩基組成 / エキソン / イントロン |
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| 研究概要 |
糸状子嚢菌類アスペルギルス・フミガタス、アスペルギルス・ニドランス、アスペルギルス・オリゼの遺伝子中各エキソンおよびイントロンにおける２塩基配列出現頻度およびヌクレオソーム密度を算出し、比較した。その結果、エキソン領域ではグアニンおよびシトシンで構成される２塩基配列の出現頻度がイントロン領域よりも高く、ヌクレオソーム密度も高くなっていることを示した。また、アスペルギルスの３種における２塩基配列出現頻度プロファイルに基づく系統樹を作成したところ、エキソン領域とイントロン領域では明確に分かれ、それぞれの領域における２塩基配列出現の偏りが３種において共通であることを示した。他方、エキソン領域およびイントロン領域における３種の系統関係は異なっており、種特異性があると考えられた。この種特異的な２塩基配列出現頻度により種特異的なヌクレオソームのポジショニングが行われている可能性があり、今後の研究テーマの一つであると考えている。また、アスペルギルスよりもゲノムGC含量が低い出芽酵母サッカロミケス・セレビシエにおいて、エキソン領域のGC含量およびヌクレオソーム密度がイントロン領域のそれらに比べ高い傾向にあることを確認した。よって、ゲノムGC含量の高低にかかわらず、GC含量およびヌクレオソーム密度の偏りが菌類遺伝子のエキソン領域とイントロン領域にあると考えられる。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
申請書における計画通り、ゲノムシグニチャ（２塩基配列出現頻度）を各エキソンおよびイントロンにおいて抽出する方法を確立し、アスペルギルス属菌種３種に対して適用した。また、計画では担子菌類ミキシアなどについても適用することを予定していたが、それはできていない。
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| 今後の研究の推進方策 |
アスペルギルスだけではなく、ほかの菌類についても比較する。また、サイトエラについてはゲノム塩基配列およびヌクレオソームマップ情報解析を行う。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
２５年度はコンピュータ解析が中心となり、実験への支出がなかったため。
実験を行うため、それにかかわる機器や消耗品の購入を行う。
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