ヒト純化細胞を用いた肝多段階発がん過程におけるエピゲノムプロファイル解析

2014 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 25460487
• 研究機関: 独立行政法人国立がん研究センター
• 研究代表者: 新井 恵吏 独立行政法人国立がん研究センター, 研究所, 主任研究員 (40446547)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2016-03-31
• キーワード: DNAメチル化 / 肝細胞がん / ウイルス性肝炎

研究実績の概要

純化肝細胞の収集は引き続き行いつつ、既収集凍結組織検体を解析に加える方針とした。大腸がん肝転移症例等の正常肝組織36検体、肝細胞がん症例の非がん肝組織36検体、肝細胞がん組織24検体について、Infinium HumanMethylation450 BeadChip解析を行った。非がん肝組織において正常肝組織に比してすでに生じ、その異常が肝細胞がんに継承されるDNAメチル化の変化を示すCpG部位を21,106CpG検出した。肝細胞がん症例にはHBV陽性症例・HCV陽性症例の双方を含むように選択し、各肝炎ウイルス毎に肝発がんに寄与する可能性のあるDNAメチル化の変化を検出した。HCV陽性症例はHBV陽性症例に比してDNAメチル化異常の頻度が高く、HCV陽性症例ではDNAメチル化亢進の頻度が高いことがわかった。HBV特異的プロファイルは極めて少なく、一方でHCV特異的プロファイルはゲノム全体に高頻度で認められた。凍結組織と純化細胞による結果を比較すると、HBV陽性例の純化細胞において全体的なDNAメチル化減弱とCpGアイランドのDNAメチル化亢進のパターンが顕在化した点が異なっていたが、ゲノム全体を俯瞰したDNAメチル化パターンにおいては純化細胞と凍結組織に大きな差異はなかった。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

純化肝細胞の解析予定数の減少を、既収集組織検体による解析を加えることで補っている。検体数を増やすことで統計解析における正確性を担保すると共に、純化細胞と血管・胆管・炎症細胞等を含む組織検体とのDNAメチル化プロファイルを比較することが可能になり、今後自他ともに増えていくとみられる、既収集組織バイオバンク試料を用いた観察研究の可能性について検討できると考えている。

今後の研究の推進方策

純化肝細胞のInfinium解析データのバイオインフォマティクス解析を行う。また、組織検体の検体数を増やし、Infiniumアレイ施行とデータ解析を行う。発がんに寄与する可能性のあるDNAメチル化プロファイル解析を進めると共に、純化細胞による結果と組織検体による結果を比較し、組織検体に混入していると思われる非肝細胞の結果に対する影響について検討する。

次年度使用額が生じた理由

10円未満の微小な残金であり、これのみでは研究に有用な使途がないため。

次年度使用額の使用計画

次年度交付額と合わせて、物品費等として使用する。

研究成果

• [雑誌論文] Epigenetic clustering of gastric carcinomas based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome. (2015)
  • 著者名/発表者名: Yamanoi K, Arai E, Tian Y, Takahashi Y, Miyata S, Sasaki H, Chiwaki F, Ichikawa H, Sakamoto H, Kushima R, Katai H, Yoshida T, Sakamoto M, Kanai Y.
  • 雑誌名: Carcinogenesis 巻: 36 ページ: 509-520
  • DOI: 10.1093/carcin/bgv013.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Tumour multifocality and grade predict intravesical recurrence after nephroureterectomy in patients with upper urinary tract urothelial carcinoma without a history of bladder cancer. (2015)
  • 著者名/発表者名: Narukawa T, Hara T, Arai E, Komiyama M, Kawahara T, Kanai Y, Fujimoto H.
  • 雑誌名: Jpn J Clin Oncol 巻: 45 ページ: 488-93
  • DOI: 10.1093/jjco/hyv019
  • 査読あり
• [雑誌論文] Silencing of microRNA-122 is an early event during hepatocarcinogenesis from non-alcoholic steatohepatitis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Takaki Y, Saito Y, Takasugi A, Toshimitsu K, Yamada S, Muramatsu T, Kimura M, Sugiyama K, Suzuki H, Arai E, Ojima H, Kanai Y, Saito H.
  • 雑誌名: Cancer Sci 巻: 105 ページ: 1254-60
  • DOI: 10.1111/cas.12498
  • 査読あり
• [雑誌論文] Epigenetic clustering of lung adenocarcinomas based on DNA methylation profiles in adjacent lung tissue: Its correlation with smoking history and chronic obstructive pulmonary disease. (2014)
  • 著者名/発表者名: Sato T, Arai E, Kohno T, Takahashi Y, Miyata S, Tsuta K, Watanabe S, Soejima K, Betsuyaku T, Kanai Y.
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: 135 ページ: 319-34
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Multilayer-omics analysis of renal cell carcinoma, including the whole exome, methylome and transcriptome. (2014)
  • 著者名/発表者名: Arai E, Sakamoto H, Ichikawa H, Totsuka H, Chiku S, Gotoh M, Mori T, Nakatani T, Ohnami S, Nakagawa T, Fujimoto H, Wang L, Aburatani H, Yoshida T and Kanai Y.
  • 雑誌名: Int J Cancer 巻: 135 ページ: 1330-42
  • DOI: 10.1002/ijc.28768
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Multilayer-omics analyses of human cancers: exploration of biomarkers and drug targets based on the activities of the International Human Epigenome Consortium. (2014)
  • 著者名/発表者名: Kanai Y, Arai E.
  • 雑誌名: Front Genet 巻: 5 ページ: 24
  • DOI: 10.3389/fgene.2014.00024
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] Comprehensive exploration of novel chimeric transcripts in clear cell renal cell carcinomas using whole transcriptome analysis. (2014)
  • 著者名/発表者名: Gotoh M, Ichikawa H, Arai E, Chiku S, Sakamoto H, Fujimoto H, Hiramoto M, Nammo T, Yasuda K, Yoshida T and Kanai Y.
  • 雑誌名: Genes Chromosomes Cancer 巻: 53 ページ: 1018-32
  • DOI: 10.1002/gcc.22211
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Prognostication of patients with clear cell renal cell carcinomas based on quantification of DNA methylation levels of CpG island methylator phenotype marker genes. (2014)
  • 著者名/発表者名: Tian Y, Arai E, Gotoh M, Komiyama M, Fujimoto H and Kanai Y.
  • 雑誌名: BMC Cancer 巻: 14 ページ: 772
  • DOI: 10.1186/1471-2407-14-772
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [雑誌論文] 多層的オミックス解析に基づく診断薬・治療薬シーズ同定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 金井弥栄，新井恵吏
  • 雑誌名: 病理と臨床 巻: 32 ページ: 830-8
• [雑誌論文] 国際ヒトエピゲノムコンソーシアム (IHEC)の展開. (2014)
  • 著者名/発表者名: 金井弥栄，新井恵吏
  • 雑誌名: 実験医学 巻: 32 ページ: 3030-6
• [学会発表] 逆行分析前方シミュレーションモデルを用いた腎細胞がんのバイオマーカーならびに治療標的分子の同定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 新井恵吏、高橋順子、坂本裕美、尾野雅哉、宮田彩香、藤元博行、山田哲司、吉田輝彦、金井弥栄
  • 学会等名: 日本癌学会第73回学術総会
  • 発表場所: 横浜市
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] 腎細胞がんに発現する新規融合遺伝子の同定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 後藤政広、市川仁、新井恵吏、知久季倫、坂本裕美、藤元博行、平本正樹、南茂隆生、安田和基、吉田輝彦、金井弥栄
  • 学会等名: 日本癌学会第73回学術総会
  • 発表場所: 横浜市
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] 非小細胞肺がんにおけるPTPRHのDNA低メチル化と予後への関与 (2014)
  • 著者名/発表者名: 佐藤崇、副島研三、新井恵吏、浜本純子、安田浩之、荒井大輔、石岡宏太、扇野圭子、楢木克彦、河野隆志、渡辺俊一、金井弥栄、別役智子
  • 学会等名: 日本癌学会第73回学術総会
  • 発表場所: 横浜市
  • 年月日: 2014-09-25 – 2014-09-27
• [学会発表] CpGアイランドメチル化形質陽性腎淡明細胞がんの多層的オミックス解析 (2014)
  • 著者名/発表者名: 新井恵吏、坂本裕美、尾野雅哉、高橋順子、宮田彩香、藤元博行、後藤政広、山田哲司、金井弥栄
  • 学会等名: 第103回日本病理学会総会
  • 発表場所: 広島市
  • 年月日: 2014-04-24 – 2014-04-26
• [学会発表] CpGアイランドメチル化形質陽性腎細胞がんのDNAメチル化診断法の開発 (2014)
  • 著者名/発表者名: 田迎、新井恵吏、後藤政広、藤元博行、金井弥栄
  • 学会等名: 第103回日本病理学会総会
  • 発表場所: 広島市
  • 年月日: 2014-04-24 – 2014-04-26
• [学会発表] 腎細胞がんに発現する新規融合遺伝子の同定 (2014)
  • 著者名/発表者名: 後藤政広、市川仁、新井恵吏、知久季倫、坂本裕美、藤元博行、安田和基、吉田輝彦、金井弥栄
  • 学会等名: 第103回日本病理学会総会
  • 発表場所: 広島市
  • 年月日: 2014-04-24 – 2014-04-26
• [学会発表] 胃がん症例の非がん胃粘膜におけるＤＮＡメチル化プロファイルが、がんの悪性度・症例の予後と相関する (2014)
  • 著者名/発表者名: 山ノ井一裕、新井恵吏、高橋順子、宮田彩香、九嶋亮治、片井均、坂元亨宇、金井弥栄
  • 学会等名: 第103回日本病理学会総会
  • 発表場所: 広島市
  • 年月日: 2014-04-24 – 2014-04-26
• [学会発表] Multilayer omics analyses in CpG island methylator phenotype clear cell renal cell carcinomas (2014)
  • 著者名/発表者名: Arai E, Sakamoto H, Ono M, Takahashi Y, Miyata S, Fujimoto H, Gotoh M, Yamada T, Kanai Y.
  • 学会等名: American Association of Cancer Research 105th Annual Meeting 2014
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2014-04-05 – 2014-04-09
• [学会発表] Epigenetic clustering of gastric carcinoma based on DNA methylation profiles at the precancerous stage: its correlation with tumor aggressiveness and patient outcome (2014)
  • 著者名/発表者名: Yamanoi K, Arai E, Takahashi Y, Miyata S, Kushima R, Katai H, Sakamoto M, Kanai Y.
  • 学会等名: American Association of Cancer Research 105th Annual Meeting 2014
  • 発表場所: San Diego, CA, USA
  • 年月日: 2014-04-05 – 2014-04-09
• [備考] 国立がん研究センター研究所 分子病理分野 研究内容
  • URL: http://www.ncc.go.jp/jp/nccri/divisions/01path/01path01.html