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2013 年度 実施状況報告書

p53標的大型介在性非コードRNAの同定と機能解析による消化器発癌機構の解明

研究課題

研究課題/領域番号 25460929
研究種目

基盤研究(C)

研究機関札幌医科大学

研究代表者

井戸川 雅史  札幌医科大学, 医学部, 講師 (00404749)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワードp53 / lincRNA / 癌 / ChIP-seq / lncRNA / non-coding RNA
研究概要

p53は,細胞がDNA障害などのストレスを受けた際に細胞死を誘導する最も重要な癌抑制遺伝子のひとつであり,消化器癌でも高頻度に変異が認められる.そこで,ゲノム網羅的p53結合配列のコンピュータ解析と,次世代シーケンサーによるクロマチン免疫沈降産物解析(ChIP-seq)を組み合わせることで,p53の直接的な転写標的の同定を試みた.
まず,p53結合モチーフRRRCWWGYYY+spacer+RRRCWWGYYYを用いたp53結合配列予測アルゴリズムによりin silicoでヒトゲノムの全塩基配列を検索したところ,636,233のp53結合配列候補が同定された.次に,p53が欠失している癌細胞に対してアデノウイルスを用いてp53を導入しChIP-seqを行ったところ,36,089,861のリード配列が得られた.この配列をBowtieソフトウェアを用いてヒトゲノムと照合したところ,48.9%が適切にマッピングされた.マッピングされた配列を元にMACSソフトウェアを用いてリードの積層によるピークを検出したところ,8630領域が認められた.このうちin silicoで同定されたp53結合配列候補を含むものは1447(16.8%)であった.この中には,既知のp53標的遺伝子であるp21やMDM2が含まれていたことから,解析手法に問題はないと考えられた.
In silico p53結合配列解析とChIP-seqで同定された領域について,近傍に存在する長鎖遺伝子介在性非コードRNA(large intergenic non-coding RNA, lincRNA)をその遺伝子座情報を用いて検索したところ,約150のlincRNAが存在することが明らかとなった.今後,これらのlincRNAについて発現および機能解析を進めていく予定である.

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

大きな問題なくほぼ申請時の計画の通りp53の標的候補lincRNAが抽出されており,今後の研究も支障なく遂行できると考えられるため.

今後の研究の推進方策

lincRNAは通常のコード遺伝子と異なり発現量が少ないため,その点に留意して実験手法を工夫しつつ研究を進めていきたい.

次年度の研究費の使用計画

研究の進展状況により,使用額が予定額を下回ったため.
少額のため次年度の研究に組み入れて使用する.

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2013

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (3件)

  • [雑誌論文] AKR1B10, a transcriptional target of p53, is downregulated in colorectal cancers associated with poor prognosis.2013

    • 著者名/発表者名
      Ohashi T, Idogawa M, Sasaki Y, Suzuki H, Tokino T.
    • 雑誌名

      Molecular Cancer Research

      巻: 11 ページ: 1554-1563

    • DOI

      10.1158/1541-7786.MCR-13-0330-T

    • 査読あり
  • [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型遺伝子介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      井戸川 雅史
    • 学会等名
      第36回日本分子生物学会年会
    • 発表場所
      神戸
    • 年月日
      20131203-20131203
  • [学会発表] ゲノム網羅的p53結合領域解析によるp53ファミリーの転写標的となる大型介在性非コードRNA(lincRNA)の同定と機能解析2013

    • 著者名/発表者名
      井戸川 雅史
    • 学会等名
      第72回日本癌学会学術総会
    • 発表場所
      横浜
    • 年月日
      20131004-20131004
  • [学会発表] Identification of novel p53 family target genes by ChIP-Seq and mRNA expression analysis combined with genome-wide p53-binding motif analysis in silico.2013

    • 著者名/発表者名
      Masashi Idogawa
    • 学会等名
      6th p63/p73 International Workshop.
    • 発表場所
      Chiba
    • 年月日
      20130916-20130917

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公開日: 2015-05-28  

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