| 研究課題/領域番号 |
25462068
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| 研究機関 | 順天堂大学 |
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研究代表者 |
奥澤 淳司 順天堂大学, 医学部, 准教授 (00348913)
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| 研究分担者 |
小見山 博光 順天堂大学, 医学部, 講師 (30348982)
河合 純 独立行政法人理化学研究所, その他部局等, その他 (30391923)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2016-03-31
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| キーワード | 大腸がん / 肝転移 / リンパ節転移 / CAGE法 / 次世代シークエンサー / 腫瘍マーカー |
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| 研究概要 |
本研究では，次世代シークエンサー（NGS）を用いて大腸癌リンパ節転移，肝転移に関与する遺伝子を突き止め，既存の診断法，治療法よりも精度の高い医療，臨床応用を確立することを目的とする．本研究の分担者らによって，近年，遺伝子の転写開始点を網羅的に解析するCAGE法（cap analysis of gene expression法）が開発された．そしてこの極めて定量性の高いCAGE法により，ヒトの18万を超える転写開始点と，それに由来する転写産物の発現量の網羅的解析が行われた（FANTOM5プロジェクト）．
本研究課題では，CAGE法を用いて，リンパ節転移，肝転移を伴う大腸がん症例を対象に，がん組織のmRNA発現の網羅的解析に取り組んでいる．これまでに，肝転移群特異的マーカー，リンパ節転移特異的マーカーの候補となる多数の遺伝子を特定している．これらの中には，FANTOM5で新たに報告された機能未解明の新規遺伝子も多数含んでいる．今後より詳細な解析を進め，診断マーカーや治療，創薬の可能性を探索していく．
本研究の結果，大腸癌患者の術前内視鏡検査において，早期にリンパ節転移，肝転移を検出するシステムを確立することが可能になれば，これまでにない治療効果が期待できる．そして，術前の化学療法の適応にも大きな影響を及ぼすことが予想され，さらに，既存のstage分類に関しても，生検の遺伝子検査を含め，新たな診断法，分類，指標を作り直すことが可能となり，現在の臨床医療に対してすぐにフィードバックできる貴重な研究である．
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
本研究は，次世代シークエンサー（NGS）を用いて大腸癌リンパ節転移，肝転移に関与する遺伝子を突き止め，既存の診断法，治療法よりも精度の高い医療，臨床応用を確立することを目的としている．
今年度は，リンパ節転移を伴う大腸がん組織検体よりRNAを抽出して，CAGE法によるライブラリ調製，NGS解析に取り組んだ．対照群には転移を伴わない症例の検体を用い，得られた転写開始点毎の遺伝子発現データについて，多変量解析，MA-plot等による評価，有意差検定を実施した．その結果，肝転移群特異的マーカー，リンパ節転移特異的マーカーの候補となる多数の遺伝子を特定した．これらの中には，FANTOM5で新たに報告された機能未解明の新規遺伝子も多数含んでいる．
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| 今後の研究の推進方策 |
今年度以降は,肝転移症例についても同様に解析を行っていく．また，情報学的解析に重点を置き，次世代シークエンサーにて得られて遺伝子発現データの網羅的解析を中心に研究を進めていく．これには，MA-plotによる候補遺伝子の同定だけでなく，GO解析，パスウェイ解析など，大腸がんのリンパ節転移，肝転移に関与するシグナルカスケードの評価を多角的に取り組む．また，CAGE解析の症例数を増やしていくと共に，臨床情報のフォローアップ，多群比較により，逐次解析精度の向上を図る．
得られた候補遺伝子について，個別に分子生物学的解析や組織学的解析を実施して，その有効性を検証していく．
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| 次年度の研究費の使用計画 |
本年度購入予定であった次世代シークエンサー用の解析サーバー及び，パソコンは次年度に持ち越すこととなったため．また，試薬の購入も欠品などが有り，一部次年度に購入することとなった．
大腸がん組織検体からのRNA抽出，CAGE法，次世代シークエンサー試薬など，分子生物学的解析に必要な各種試薬を購入する必要がある．候補遺伝子については，さらに個別に検証を進める必要があり，PCR，qPCR，免疫染色などに必要な試薬も計上している．また，次世代シークエンサーにより得られたDNA配列の情報学的解析を遂行するための解析サーバが必要となる．国内外の学会の研究発表および参加費用として，本研究費を使用する予定である．
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