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2015 年度 実績報告書

臨床癌組織の遺伝子発現解析により口腔扁平上皮癌の遠隔転移の分子機構を解明する

研究課題

研究課題/領域番号 25463108
研究機関新潟大学

研究代表者

永田 昌毅  新潟大学, 医歯学系, 准教授 (10242439)

研究分担者 星名 秀行  新潟大学, 医歯学総合病院, 講師 (30173587)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード口腔扁平上皮癌 / マイクロアレイ / 遺伝子発現解析 / 遠隔転移
研究実績の概要

【マイクロアレイ解析のデータとの集積】これまでに実施したマイクロアレイ解析の全データを集積して、最終的に遠隔転移11症例、コントロール13症例からなる基礎データを作成した。【マイクとアレイデータの解析(1):基礎的データ処理】①全データの正規化を実施した。75パーセンタイルシフトでアレイ間のゆらぎを補正した。2症例においてシグナルのレベルが低く多く外れ値を生じていることが見いだされた。②素分析:全ての症例についてfold change 2倍までの遺伝子を抽出した。それらについて遠隔転移群とコントロール群の間で比較を実施した。③クラスター解析:すべての症例を用いた解析では、分析日のグループごとにサブグループを形成する傾向がみられ、素データの正規化においてさらなる処理を行う必要が示唆された。④主成分分析の実施:第4主成分までの抽出。3症例が外れ値。確たる傾向が見いだせず、再度のデータ処理を計画した。【マイクとアレイデータの解析(2):基礎的データの再処理と分析】①外れ値を示した症例に配慮して再度正規化を行い、素データを作成し、解析をやり直した。その結果、クラスター解析および主成分分析の結果において、遠隔転移群と対照群の間に一定の傾向が強調された。このデータセットを用いて続くデーマイニングを行った。②変化が予想された遺伝子に群に対してGO(gene ontoligy)解析を実施した。その結果5つの細胞生物学的項目と2つの細胞内局在の項目が選択された。③同じく、変化が注目された遺伝子セットに対しSAM解析を実施した。

  • 研究成果

    (2件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (1件) (うち国際共著 1件、 査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (1件)

  • [雑誌論文] Diagnostic value of CDK/CDK inhibitor expression ratios as biomarkers of locoregional and hematogenous dissemination risks in oral squamous cell carcinoma.2015

    • 著者名/発表者名
      Nagata M, Kurita H, Uematsu K, Ogawa S, Takahashi K, Hoshina H, Takagi R.
    • 雑誌名

      Mol Clin Oncol.

      巻: 3 ページ: 1007-1013

    • DOI

      10.3892/mco.2015.578

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著 / 謝辞記載あり
  • [学会発表] GCPに準拠した多施設共同Randomized control trialの実際 ~臨床研究支援センターとの連携~.2016

    • 著者名/発表者名
      近藤英司, 栗田 浩, 山田慎一, 永田昌毅, 柴原孝彦
    • 学会等名
      第34回一般社団法人日本口腔腫瘍学会総会・学術大会, ワークショップ2 共同研究に向けて
    • 発表場所
      横浜市開港記念会館(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-01-21 – 2016-01-22

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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