| 研究課題/領域番号 |
25503001
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| 研究機関 | 九州大学 |
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研究代表者 |
三浦 史仁 九州大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (50447348)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2017-03-31
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| キーワード | アカパンカビ / DNAメチル化 / ヒストン翻訳後修飾 |
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| 研究実績の概要 |
アカパンカビにおけるDNAメチル化の存在意義を調べるため、全ゲノムバイサルファイトシークエンシング（WGBS）、クロマチン免疫沈降シークエンシング（ChIP-Seq）、およびRNAシークエンシングのデータ取得と解析を進めてきた。これまでに過去の知見同様にDNAのメチル化レベルとH3K9me3のシグナルの間に強い相関がみられることを確認しているが、加えて、RIP領域ではH3K9およびH4K16以外のアセチル化が低く抑えられていること、これらのアセチル化がcdp-2やhad-1といったHDAC複合体のコンポーネントが欠損すると亢進することなどが明らかになっている。
昨年度はデータ取得に注力したが、本年度は、これまで得られたデータ解析に集中した。解析の１例としては、WGBSの１塩基解像度のDNAメチル化情報に対し変曲点検出のアルゴリズムを適用した結果、ゲノムをおおむね妥当な形でドメインに分割することが可能であることが明らかになった。この変曲点検出アルゴリズムはヒトやマウスのメチローム解析において妥当なドメイン分割が可能であることがわかっていたが、アカパンカビのような非CpG型のメチル化データにおいても有効な手法であることが確認できたことになる。また、メチロームデータ同様にChIP-Seqのデータに対しても変曲点検出のアルゴリズム適用した結果、特にピークというよりは広い領域にわたって連続して分布するH3K9me3などのシグナルから、連続したドメインの定義に変曲点検出のアルゴリズムが有効であることが判明した。現在これらのデータを精査し、論文化に向けて検討を加えている。
なお、本研究の申請段階ではRIP領域のプロテオームの比較を野生株とDNAメチル化酵素欠損株の間で実施する予定であったが、様々な要因によりこれまでに実施に至っていないため、本研究では取りやめることにした。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
3: やや遅れている
理由
当初データ解析と論文化を平成27年度中に進める予定だったが、業務多忙につき進めることがかなわなかった。
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| 今後の研究の推進方策 |
平成27年度に進める予定だったデータ解析と論文化を進める。
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| 次年度使用額が生じた理由 |
平成27年度はそれまでに得られたデータの解析と論文化を進める予定だったが、業務多忙につき実施出来なかった。そこで、次年度に論文化等のための経費を繰越しすることにした。
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| 次年度使用額の使用計画 |
これまでに得られたデータの解析を進め、論文化する。
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