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2014 年度 実績報告書

RNA配列に潜む翻訳制御情報の抽出

研究課題

研究課題/領域番号 25540129
研究機関東北大学

研究代表者

山下 理宇  東北大学, 東北メディカル・メガバンク機構, 准教授 (10401259)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
キーワード翻訳調節 / non-coding RNA / short peptide / データベース
研究実績の概要

平成26年度は、潜在的に翻訳されるRNAが生物学的な意味を持つのかを考察した。non-coding と考えられていたlnc-RNAの一つは、over-expressionさせると細胞周期の亢進が観察された。これを細胞レベルで観察した結果、short peptideの発現が確認された。これに加え、マウス以外の生物種でも保存されているかどうかESTに対してtblastxを行って確認したところ、マカクなどの霊長類だけではなく、ウシ、ラット、あるいはゼブラフィッシュといった脊椎動物での存在が認められ、種を超えてで保存しており潜在的に生物学的な意味を持つ可能性が示唆された。一方、潜在的に翻訳されるRNAすなわちribosome分画に多く存在するRNAについて、情報抽出を試みた結果、たとえばヒストン等が多く存在する傾向にあることがわかった。しかしながら、これはヒストンが優先的に翻訳されるというよりも、ヒストンRNAにはポリAがないことから、cDNA合成の際のポリA選択のバイアスによる可能性が指摘された。また、これらのデータのうち潜在的なORF配列をデータベース化し、ダウンロードで利用できるようにした。さらに、転写開始点データベースDBTSSには、polysome-seqのデータを取り入れ、polysomeでの存在を確認できるだけでなく、SNP、転写開始点情報、ヒストンメチルか情報との対応も容易に観察できるようになっている。また、本件に関して現在論文投稿中であり、reviseの段階である。

  • 研究成果

    (5件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (3件) (うち査読あり 3件、 オープンアクセス 3件) 学会発表 (1件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] DBTSS as an integrative platform for transcriptome, epigenome and genome sequence variation data2014

    • 著者名/発表者名
      Suzuki A, Wakaguri H, Yamashita R, Kawano S, Tsuchihara K, Sugano S, Suzuki Y, Nakai K.
    • 雑誌名

      Nucleic Acids Res

      巻: DB ページ: 1-5

    • DOI

      10.1093/nar/gku1080

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] The Babesia bovis gene and promoter model: an update from full-length EST analysis.2014

    • 著者名/発表者名
      Yamagishi J, Wakaguri H, Yokoyama N, Yamashita R, Suzuki Y, Xuan X, Igarashi I
    • 雑誌名

      BMC Genomics

      巻: 15 ページ: 678-687

    • DOI

      10.1186/1471-2164-15-678

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] BioHackathon series in 2011 and 2012: penetration of ontology and linked data in life science domains.2014

    • 著者名/発表者名
      Katayama T et al.
    • 雑誌名

      J Biomed Semantics.

      巻: 5 ページ: 5

    • DOI

      10.1186/2041-1480-5-5

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [学会発表] transcriptional research to translational research2015

    • 著者名/発表者名
      Riu Yamashita et al
    • 学会等名
      第一回translational research meeting
    • 発表場所
      東京都港区 東京大学医科学研究所
    • 年月日
      2015-03-13 – 2015-03-13
  • [備考]

    • URL

      http://dbtss.hgc.jp

URL: 

公開日: 2016-06-01  

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