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2013 年度 実施状況報告書

ノード内並列に適した量子モンテカルロ電子状態計算の新しい配位更新法の開発と検証

研究課題

研究課題/領域番号 25600156
研究種目

挑戦的萌芽研究

研究機関北陸先端科学技術大学院大学

研究代表者

前園 涼  北陸先端科学技術大学院大学, 情報科学研究科, 准教授 (40354146)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
キーワード並列計算 / 電子状態計算 / 高速化 / GPU / モンテカルロ
研究概要

当該モンテカルロ法では、N個の粒子位置がステップ更新の対象となるが、全ての粒子位置を斉次に更新する必要は必ずしも無く、一つ一つを逐次的に更新する方法が一般的に広く採用されている実装である。逐次更新では、着目粒子以外の粒子位置について現段/前段の位置のいずれを採用するかに自由度があり、前段位置を採用することで新たな並列多重度を生み出せる(研究代表者による考案と実証)。平成25年度においては、既にGPUに移植済の逐次更新/倍精度演算コードを基として、「逐次更新/倍精度演算」から「逐次更新/単精度演算」、更に「準斉次更新/単精度演算」と実装開発を進めた。この過程で、「項目1)単精度化による誤差がシミュレーションに要求される化学的精度の範囲に収まるか?」、「項目2)準斉次更新により統計誤差の範囲内で結果が一致するか?」について検証を行った。ノード内のGPU演算コアには、更にブロックやスレッドといった階層性が存在するので、(電子数N) ×(軌道数L)のノード内並列を、ブロックとスレッドに如何に配分するか(スレッディングモデルの設定)について、可能ないくつかの組み合わせが考えられる。そこで、「項目3)加速化因子のスレッディングモデルへの依存性検証」を行い、異なるいくつかのスレッディングモデルに関してコードのチューニングを行った。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

平成25年度においてコード実装を集中的に行い、コード全般の構造を見直す事で達成目標は全て完遂する事が出来た。この過程においては、本研究での遂行対象に据えたモンテカルロステップ更新部分のみならず、これに続くエネルギー算定部分にまで、当該並列算法の適用を進め、同程度の高速化を達成することが出来た。エネルギー算定部分はステップ更新部分と並立する律速部分であり、実用上の高速化を確保するには、この部分にも並行して新算法を実装することが必要となる。エネルギー算定部分には、ステップ更新部分で開発した根本的な構造改変に加えて、軌道値の評価のみならず、軌道の勾配値や二階微分値の評価が必要となるとなるため、その実装はより煩雑となるが、初年度中の研究内容として、無事、この事項を完遂した。さらに当初の研究計画範囲を更に超えて、「データ構造を改変して、CPU-GPU間で、より高速なデータ転送を実現すること」、及び、「CPU逐次演算向けに逐次的に並んでいたエネルギー各項評価の順番を並列処理向けに組み直したこと」の二点について大きな進展を得て、コード全体の実用性向上に向けて、より高い達成度を実現した。

今後の研究の推進方策

平成26年度においては、「項目4)より少ない電子数をもつ系での加速化測定から、本算法の、適用対象系システムサイズ依存性を検証する」、「項目5)データ転送時間やメモリレイテンシの測定し、理論性能に対し十分な程度を達成しているかを考察する」の各項目を明らかにする、更に、「項目6)リードオンリーメモリの利用有無に関する性能向上が可能かを検証する」といった研究事項を遂行し、これら結果を物理系欧文誌の原著論文にとりまとめる。並行して、北陸先端大保有のGPU搭載の大規模クラスタ計算機や、京スパコンでのノード内資源などを利用し、更に大規模なノード間並列と、メニーコアのノード内並列がよく共存し、ノード間並列度数に応じて性能がリニアに向上するかどうかを検証する。GPUによる加速をインパクトとして主張する場合、マルチコアCPUへの優越性を勘案すると、10倍以上の加速が達成されないと原著論文への成果採録は難しい。GPGPUによる加速達成は一般には容易ではなく、数倍の加速に打ち止まってしまう可能性もある。この場合には、GPUによる加速には拘らず、統計誤差範囲内での一致のみに検証事項を傾注して、準斉次更新法の検証という観点で一旦、成果を原著論文に取りまとめる。GPU上で開発した算法実装をマルチコア/メニーコアプロセッサに移植して、この方向での研究展開に主軸を移す。

次年度の研究費の使用計画

平成25年度の消耗品費残額と、その繰越しについては、当初、執行を予定していた計算機クラスタ購入式数が予定より少なく済んだ事に起因している。これは、別途、学内措置の予算による計算機購入で、これを本研究にも併用する事が可能となったためである。
繰り越し分については、今年度の消耗品費に充当し、繰り越し分も含めた計算資源の増強規模を見据え、計画的に執行する予定である。

  • 研究成果

    (15件)

すべて 2014 2013 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (9件) (うち招待講演 6件) 備考 (1件)

  • [雑誌論文] Anomalous non-additive dispersion interactions in systems of three one-dimensional wires2014

    • 著者名/発表者名
      A.J. Misquitta, R. Maezono, N.D. Drummond, A.J. Stone and R.J. Needs
    • 雑誌名

      Phys. Rev. B

      巻: 89 ページ: 045140(1-10)

    • DOI

      10.1103/PhysRevB.89.045140

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] ソフト紹介;XCrySDen2014

    • 著者名/発表者名
      前園 涼
    • 雑誌名

      トラ技Jr.

      巻: 1月・2月号 ページ: 20

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Excitons and biexcitons in symmetric electron-hole bilayers2013

    • 著者名/発表者名
      R. Maezono, Pablo Lopez Rios, T. Ogawa, and R.J. Needs
    • 雑誌名

      Phys. Rev. Lett.

      巻: 110 ページ: 216407:1-5

    • DOI

      10.1103/PhysRevLett.110.216407

    • 査読あり
  • [雑誌論文] The Importance of Electron Correlation on Stacking Interaction of Adenine-Thymine Base-Pair Step in B-DNA: A Quantum Monte Carlo Study2013

    • 著者名/発表者名
      K. Hongo, N.T. Cuong, and R. Maezono
    • 雑誌名

      J. Chem. Theory Comput.

      巻: 34 ページ: 1081-1086

    • DOI

      10.1021/ct301065f

    • 査読あり
  • [雑誌論文] GPGPU for orbital function evaluation with a new updating scheme2013

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Uejima and R. Maezono
    • 雑誌名

      J. Comput. Chem.

      巻: 34 ページ: 83-94

    • DOI

      10.1002/jcc.23106

    • 査読あり
  • [学会発表] Electronic structure calculations using Massive Parallel Monte Carlo simulation

    • 著者名/発表者名
      Ryo MAEZONO
    • 学会等名
      Malaysia-Japan Workshop on Advanced Technology for Information and Knowledge
    • 発表場所
      Japan Advanced Institute of Science and Technology(石川県能美市)
    • 招待講演
  • [学会発表] 電子正孔系に対する密度行列・対分布関数を用いた相図同定

    • 著者名/発表者名
      前園涼
    • 学会等名
      文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成25年度第1回研究会
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス武田先端知ビル(東京都文京区)
    • 招待講演
  • [学会発表] Studies of electron-Hole systems using DMC

    • 著者名/発表者名
      Ryo MAEZONO
    • 学会等名
      Quantum Monte Carlo in the Apuan Alps VIII
    • 発表場所
      The Towler Institute (Vallico Sotto, Tuscany, Italy)
    • 招待講演
  • [学会発表] 量子モンテカルロ法電子状態計算を用いた密度行列・対分布関数算定による励起子相、励起子分子相の同定

    • 著者名/発表者名
      前園涼、小川哲生、パブロ・ロペス・リオス、リチャード・ニーズ
    • 学会等名
      日本物理学会2013年秋季大会
    • 発表場所
      徳島大学(徳島県徳島市)
  • [学会発表] 量子モンテカルロ法電子状態計算における超並列計算

    • 著者名/発表者名
      前園涼
    • 学会等名
      HPCワークショップ金沢2013
    • 発表場所
      ホテル日航金沢(石川県金沢市)
    • 招待講演
  • [学会発表] Ohmic contacts on diamond semiconductor devices

    • 著者名/発表者名
      Tack A. Uyeda, Ryo Maezono, Isaac Motochi, George O. Amolo, and Nicholas W. Makau
    • 学会等名
      XVIIIth International Workshop on Quantum System in Chemistry, Physics and Biology
    • 発表場所
      (Paraty (Rio de Janeiro), Brazil)
  • [学会発表] ダイアモンド半導体のオーム性接合電極形成に関する計算科学的研究

    • 著者名/発表者名
      前園涼
    • 学会等名
      徳山科学技術振興財団H24年度研究成果報告会
    • 発表場所
      (株)トクヤマつくば研究所(茨城県つくば市)
    • 招待講演
  • [学会発表] 固体系量子モンテカルロ電子状態計算のAPUを用いた高速化

    • 著者名/発表者名
      今村光良、前園涼
    • 学会等名
      2014年ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム
    • 発表場所
      一橋大学一橋講堂(東京都千代田区)
  • [学会発表] 金属ナノワイヤ間の分散力相互作用における特異な非加算性寄与の解明

    • 著者名/発表者名
      前園涼
    • 学会等名
      文部科学省科学研究費新学術領域「コンピューティクスによる物質デザイン:複合相関と非平衡ダイナミクス」平成25度第2回研究会
    • 発表場所
      東京大学本郷キャンパス(東京都文京区)
    • 招待講演
  • [備考] 北陸先端科学技術大学院大学情報科学研究科前園グループホームページ

    • URL

      http://www.jaist.ac.jp/is/labs/maezono-lab/wiki/index.php

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公開日: 2015-05-28  

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