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2015 年度 実績報告書

非平衡非定常現象への統計科学の展開と生体分子の機能発現機構に対するその応用

研究課題

研究課題/領域番号 25610105
研究機関奈良女子大学

研究代表者

戸田 幹人  奈良女子大学, 自然科学系, 准教授 (70197896)

研究分担者 高見 利也  大分大学, 工学部, 教授 (10270472)
福水 健次  統計数理研究所, 数理・推論研究系, 教授 (60311362)
藤崎 弘士  日本医科大学, 医学部, 准教授 (60573243)
研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード時系列解析 / ウェーブレット変換 / 主成分解析 / 正準相関解析 / 生体分子 / 情報縮約 / 集団運動
研究実績の概要

生体分子を代表例とする大自由度力学系に対して、重要な集団自由度を抽出する解析手法を開拓した。非定常な時系列から、時々刻々変化する振動モードを抽出するウェーブレット変換と、情報縮約に用いられる主成分解析・正準相関解析を組み合わせ、変動する集団運動を解析する。これらの手法を、化学反応のミニマルモデル、振動エネルギー移動をモデル化するフェルミ・パスタ・ウラム結合振動子系、生体分子の分子動力学データに応用した。化学反応のミニマルモデルとフェルミ・パスタ・ウラム振動子系では、振動子間のエネルギー移動を解析する手法により、非定常なエネルギー移動の変化点を特定できる可能性を明かにした。より本格的な反応過程への応用は今後の課題である。生体分子の分子動力学データに対しては、個々のアミノ酸残基の振動運動の相関を解析することにより、タンパク質において複数の2次構造が関与する集団運動の存在を示した。この集団運動はアロステリック効果とも関係する可能性があり、生体分子の機能発現など、生命現象において重要な過程を明かにする方向を示している。ここまでは振動運動を中心とする解析であるが、振動運動のみならず、減衰運動や増大する過程に対しても、これらの手法を拡張する手法の開拓が望まれる。これらは今後の課題である。

  • 研究成果

    (17件)

すべて 2016 2015

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 謝辞記載あり 5件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (12件) (うち国際学会 4件、 招待講演 6件)

  • [雑誌論文] Mechanism and Experimental Observability of Global Switching Between Reactive and Nonreactive Coordinates at High Total Energies2015

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, M.Toda, H.Kono, M.Takahashi, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Physical Review Letters

      巻: 093003 ページ: 093003,5 pages

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1103/PhysRevLett.115.093003

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Breakdown Mechanisms of Normally Hyperbolic Invariant Manifolds in terms of unstable periodic orbits and homoclinic/heteroclinic orbits in Hamiltonian Systems2015

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Nonlinearity

      巻: 28 ページ: 2677-2698

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1088/0951-7715/28/8/2677

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A coarse graining method to extract cooperative modes of water molecules2015

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Advances in Science, Technology and Environmentology

      巻: 11 ページ: 7-11

    • DOI

      no DOI

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Understandings of Chemical Reaction Dynamics in terms of Dynamical System Theory2015

    • 著者名/発表者名
      H. Teramoto, M.Toda, T.Komatsuzaki
    • 雑誌名

      AIP Conf. Proc.

      巻: 1702 ページ: 090042 ,4 pages

    • DOI

      http://dx.doi.org/10.1063/1.4938850

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] A network structure of emotional interactions in an electronic bulletin board2015

    • 著者名/発表者名
      H.Adachi, M.Toda
    • 雑誌名

      Proceeding of Social Modeling and Simulations + Econophysics Colloquium

      巻: no volume ページ: 311-322

    • DOI

      10.1007/978-3-319-20591-5_28

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 結合振動子系における多様な動的現象の解析32016

    • 著者名/発表者名
      森田紗代、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2016-03-20
  • [学会発表] Fermi-Pasta-Ulam結合振動子系における動的緩和現象の解析42016

    • 著者名/発表者名
      神戸舞、冨士香奈、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会年会
    • 発表場所
      東北学院大学
    • 年月日
      2016-03-20
  • [学会発表] Dynamical Reaction Theory Beyond Conventional Statistical Reaction Theory2015

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      Workshop on "Theory of Gas Phase Scattering and Reactivity for Astrophysics"
    • 発表場所
      Max-Planck Institute for Extraterrestrial Physics, Munchen, Germany
    • 年月日
      2015-11-27
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 大自由度力学系の特徴集出2015

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人
    • 学会等名
      ワークショップ「大自由度分子系における化学反応機序の理解と制御」
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2015-11-01
    • 招待講演
  • [学会発表] 大自由度力学系の集団運動2015

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人
    • 学会等名
      研究会「非線形現象の捉え方」
    • 発表場所
      福岡工業大学セミナーハウス
    • 年月日
      2015-10-10
    • 招待講演
  • [学会発表] Fermi-Pasta-Ulam結合振動子系における動的緩和現象の解析32015

    • 著者名/発表者名
      神戸舞、冨士香奈、戸田幹人
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      関西大学
    • 年月日
      2015-09-17
  • [学会発表] 特異点論を用いた非断熱交差の安定性と分岐の解析2015

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      日本物理学会秋季大会
    • 発表場所
      関西大学
    • 年月日
      2015-09-16
  • [学会発表] Geometry and Dynamics in systems of more than 2 dof2015

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      Workshop on "Geometry of Chemical Reaction Dynamics in Gas and Condensed Phases"
    • 発表場所
      Telluride Science Research Center
    • 年月日
      2015-08-05
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Dynamical reaction theory from micro to macro through mesoscopic levels2015

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      R. Stephen Berry Tribute Symposium
    • 発表場所
      Telluride Science Research Center
    • 年月日
      2015-06-25
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Time-frequency approach to molecular dynamics simulation of proteins2015

    • 著者名/発表者名
      Mikito Toda
    • 学会等名
      Workshop on "The Complexity of Dynamics and Kinetics from Single Molecules to Cells"
    • 発表場所
      Telluride Science Research Center
    • 年月日
      2015-06-18
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A Global Dynamical Switching of a Reaction Coordinate and its Experimental Observability2015

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      第31回化学反応討論会
    • 発表場所
      北海道大学
    • 年月日
      2015-06-03
  • [学会発表] 非線形動力学に依拠した情報発掘法の開拓と生体分子への応用2015

    • 著者名/発表者名
      戸田幹人
    • 学会等名
      第5回物質・デバイス領域共同研究拠点報告会
    • 発表場所
      九州大学
    • 年月日
      2015-04-20

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公開日: 2017-01-06  

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