| 研究課題/領域番号 |
25640067
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 研究機関 | 高知大学 |
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研究代表者 |
清澤 秀孔 高知大学, 医学部, 准教授 (30295422)
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| 研究分担者 |
近藤 伸二 大学共同利用機関法人情報・システム研究機構(新領域融合研究センター及びライフサイ, 大学共同利用機関等の部局等, 准教授 (30415161)
加藤 英政 埼玉医科大学, 医学部, 講師 (50292123)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | 薬剤耐性 / 非コードRNA / アンチセンスRNA / エピジェネティクス / トランスクリプトーム / RNA-seq |
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| 研究概要 |
ヒト肺腺がん由来細胞株PC9細胞にて抗がん剤gefitinibを用いて薬剤耐性株を作製した。先行論文を参考にして8-12uMの濃度が我々の条件下では最適であった。すなわち薬剤投与後、7-10日程度でほとんどの細胞が死滅し、生き残った細胞（DTP細胞）が薬剤下でほぼ分裂を停止した状態で存在し、約1ヶ月後にもとのPC9細胞に近い分裂能を有する状態（DTEP細胞）となった。
これらオリジナルのPC9細胞、DTP細胞、DTEP細胞からtotal RNAを単離し、次世代シーケンサーによりRNA-seqを行った。配列決定の際、内在性のアンチセンスRNAを効率的に解析するため、鎖特異的な配列決定を行った。また、ポリA鎖の無いRNAもしくは非常に長鎖のRNAも解析の対象とするため、ポリAセレクションを行ったRNAと共に、total RNAの両方のRNA-seqを行った。
mRNAに対してtotal RNAの発現が有意に高い遺伝子座や内在性のアンチセンスRNA転写に注目しつつ、現在、上記3種類の細胞のトランスクリプトーム解析を行っている。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
順調にDTP細胞、DTEP細胞を作製することができ、RNA-seqが完了している。
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| 今後の研究の推進方策 |
3種類の細胞のトランスクリプトームの違いを解析し、アンチセンスRNAや非コードRNAによりエピジェネティックな制御の関与が予想される領域を特定する。そのようなRNAが存在すれば、ノックダウン、強制発現などにより機能解析を行う。
同時にDTP細胞やDTEP細胞を特徴付ける新規マーカーなどの探索を行う。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
次世代シーケンサーによるRNA-seqの部分がゲノム支援に採択されたため。
条件を変えた次世代シーケンシングもしくは更なる機能解析へ使用する。
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