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新規DNAメチル基転移酵素Dnmt3aとマウスES細胞内で相互作用する因子について探索したところ、転写伸長に関わるRpb1とSpt6を同定した。今年度は、マウスES細胞内において、転写が活性化している遺伝子のgene body領域にDnmt3aが局在しているかどうかの検討をおこなった。まず、既報のRNA-seqデータ（GSM1177739）とメチロームデータ（GSM1027571）を用いて、候補遺伝子の抽出をおこなった。遺伝子全長が1kb以上のもので、マウスES細胞における発現が最も高い遺伝子(Top 200)について、gene bodyのメチル化状態を解析した。その結果、転写開始点付近が低く、転写終結点に近づくにつれて、メチル化されている傾向が見られた。この遺伝子群の中からAtp5b遺伝子に注目して、gene bodyにおけるDnmt3aの局在をクロマチン免疫沈降法で解析した。その結果、Dnmt3aの結合量は、Atp5b遺伝子の転写開始点が低く、転写終結点に近づくにつれて高くなる傾向が見られた。また、同時に転写伸長のマークであるヒストンH3K36me3の局在について解析したところ、Dnmt3aと同様な傾向が得られた。このことは、転写伸長とDnmt3aの局在がカップルしている可能性を示唆している。
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