• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2014 年度 実施状況報告書

分子個性を彫り出すシステム生物学の探求

研究課題

研究課題/領域番号 25650044
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード分子個性 / 反応ネットワーク / 自由エネルギー地形 / 一分子計測
研究実績の概要

蛍光共鳴エネルギー移動一分子計測では,分子が発する蛍光強度を通して分子の動きの経時変化を観察する。しかしながら,一つの分子が発する蛍光は微弱であり,かつ数百回程度の有限回数しか観測することができないため,有限のサンプル数及び計測そのものに由来する測定誤差を有している。そのため,現在,これらの誤差を正しく評価し背後に存在する分子の情報の詳細を正しく抽出する解析手法が必要とされている。我々は、有限個のサンプルから多数の“観察データ”を疑似的に発生させるブートストラップ法と呼ばれる統計手法を用いて,実験誤差存在下におけるデータの不確実さを定量化し,データの各切片を個々の分子状態に分類し,その分類の確実さを同時に同定するソフトクラスタリングと呼ばれる情報科学的手法を導入した新しい解析方法を開発した。
この新しい手法を中枢神経系における情報の伝達を仲介するタンパク質として知られるAMPA 受容体の蛍光共鳴エネルギー移動一分子計測における時系列データに適用した。基質が結合するAMPA受容体のドメインが“閉じた構造”で安定であるほど,情報伝達を媒介するカルシウムイオンが細胞膜を横切って移動すると考えられていたが,安定性だけでなく,受容体と基質が結合している際にいくつの異なる分子状態を有しているか,また,それらの分子状態の間の行き来のしやすさがイオンの膜透過活性に大きく影響していることを明らかにすることに成功した。

現在までの達成度 (区分)
現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

実データに基づいて計測誤差および有限個のデータ点から生じる数揺らぎの誤差を考慮にいれたデータ駆動型数理モデリングに関しては十分な成果を得るに至り、今後、分子個性から細胞個性へも展開できる目処が立ったことは大きい。一方、分子個性を論じるうえで必要となる構造間遷移に要する時間スケールの定量化に関しては、論文化が若干遅れている。

今後の研究の推進方策

今年度、開発した蛍光共鳴エネルギー移動1分子計測の光子列のデータに内在する実験誤差や有限個のデータ点から生じる数揺らぎの誤差を考慮にいれたネットワーク構築のアルゴリズムを1細胞ラマンスペクトルの動態解析に展開し、細胞個性を分子レベルで定量化する新しいデータ駆動型数理モデリングを開発する。

次年度使用額が生じた理由

当初、会議費として残額相当を計上していたが、会議が次年度に持ち越されたため。

次年度使用額の使用計画

会議費を予定している。

  • 研究成果

    (33件)

すべて 2015 2014 その他

すべて 雑誌論文 (5件) (うち査読あり 5件、 オープンアクセス 2件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (24件) (うち招待講演 9件) 備考 (4件)

  • [雑誌論文] Error-based Extraction of States and Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2015

    • 著者名/発表者名
      J. N. Taylor, C.-B. Li, D. Cooper, C. F. Landes, T. Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 5 ページ: 9174, 1-9

    • DOI

      10.1038/srep09174

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] トップダウンとボトムアップの橋渡し2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎民樹
    • 雑誌名

      生体の科学

      巻: 65 ページ: 444-445

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Diversity in ATP concentrations in a single bacterial cell population revealed by quantitative single-cell imaging2014

    • 著者名/発表者名
      Hideyuki Yaginuma, Shinnosuke Kawai, Kazuhito V. Tabata, Keisuke Tomiyama, Akira Kakizuka, Tamiki Komatsuzaki, Hiroyuki Noji, Hiromi Imamura
    • 雑誌名

      Scientific Reports

      巻: 4 ページ: 6522, 1-7

    • DOI

      10.1038/srep06522

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] Handling Noisy Data from Single Molecule Experiments2014

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      SEIBUTSU BUTSURI

      巻: 54 ページ: 257-258

    • DOI

      10.2142/biophys.54.257

    • 査読あり
  • [雑誌論文] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2014

    • 著者名/発表者名
      B. Shuang, D. Cooper, J. N. Taylor, L. Kisley, J. Chen, W. Wang, C.-B. Li, T. Komatsuzaki, C. F. Landes
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      巻: 5 ページ: 3157-3161

    • DOI

      10.1021/jz501435p

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [学会発表] Energy landscapes derived from single molecule spectroscopy and complex networks2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Architecture, dynamics, and functionality of molecular biosystems
    • 発表場所
      The Institute for Molecular Science(愛知県岡崎市)
    • 年月日
      2015-03-31 – 2015-03-31
    • 招待講演
  • [学会発表] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      B. Shuang, D. Cooper, J. N. Taylor, L. Kisley, J. Chen, W. Wang, C.-B. Li, T. Komatsuzaki, and C. F. Landes
    • 学会等名
      2015 Oil & Gas High Performance Computing Workshop
    • 発表場所
      Houston, USA
    • 年月日
      2015-03-05 – 2015-03-05
  • [学会発表] Fast Step Transition and State Identification (STaSI) for Discrete Single-Molecule Data Analysis2015

    • 著者名/発表者名
      Bo Shuang, David Cooper, J. Nick Taylor, Lydia Kisley, Jixin Chen, Wenxiao Wang, Chun Biu Li, Tamiki Komatsuzaki, Chrisy Landes
    • 学会等名
      The 2015 Quantitative BioImaging Conference
    • 発表場所
      Paris, France
    • 年月日
      2015-01-07 – 2015-01-07
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 8th biennial workshop on Single Molecule Biophysics (SMB)
    • 発表場所
      Aspen, USA
    • 年月日
      2015-01-04 – 2015-01-04
  • [学会発表] An extraction of embedded timescale hierarchies buried in complex reaction network2014

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 15th Ries-Hokudai International Symposium 響[hibiki]
    • 発表場所
      CHATERAISE Gateaux Kingdom SAPPORO(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-12-16 – 2014-12-16
  • [学会発表] A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      XIXth International Workshop on Quantum Systems in Chemistry, Physics and Biology
    • 発表場所
      New Taipei City, Taiwan
    • 年月日
      2014-11-16 – 2014-11-16
    • 招待講演
  • [学会発表] Data Driven Approach to Dynamics of Protein Motor2014

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      New Challenges in Complex Systems Science
    • 発表場所
      Nishiwaseda Campus, Waseda University(東京都新宿区)
    • 年月日
      2014-10-25 – 2014-10-25
  • [学会発表] Challenges in Understanding Complex Systems at the Single Molecule Level2014

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      New Challenges in Complex Systems Science
    • 発表場所
      Nishiwaseda Campus, Waseda University(東京都新宿区)
    • 年月日
      2014-10-25 – 2014-10-25
    • 招待講演
  • [学会発表] 複雑分子系の構造異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      研究会「理論と実験」2014
    • 発表場所
      広島大学理学部(広島県東広島市)
    • 年月日
      2014-10-10 – 2014-10-10
  • [学会発表] 分子個性と少数性2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      第52回日本生物物理学会年会
    • 発表場所
      札幌コンベンションセンター(北海道札幌市)
    • 年月日
      2014-09-26 – 2014-09-26
  • [学会発表] 複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
    • 学会等名
      第8回分子科学討論会
    • 発表場所
      広島大学東広島キャンパス(広島県東広島市)
    • 年月日
      2014-09-21 – 2014-09-21
  • [学会発表] 少数性の生物学において顕在化する分子個性2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本物理学会2014年秋季大会
    • 発表場所
      中部大学春日井キャンパス(愛知県春日井市)
    • 年月日
      2014-09-09 – 2014-09-09
    • 招待講演
  • [学会発表] Energy landscapes learned from time series and networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Energy Landscapes : From Single Molecules to Soft Matter
    • 発表場所
      Durham, UK
    • 年月日
      2014-08-20 – 2014-08-20
    • 招待講演
  • [学会発表] 複雑分子系における構造異性化反応ネットワークの理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第54回 分子科学若手の会 夏の学校
    • 発表場所
      いこいの村能登半島(石川県羽咋郡志賀町)
    • 年月日
      2014-08-18 – 2014-08-18
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2014

    • 著者名/発表者名
      J.N. Taylor, Chun Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Macromolecular dynamics: structure, function and diseases
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-07-03 – 2014-07-03
  • [学会発表] Extracting Cooperative modes between a biological molecule and water molecules2014

    • 著者名/発表者名
      Hiroshi Teramoto, Mikito Toda, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      International Workshop "Over the Barriers of Transition Paths: Dynamical Processes in Proteins and Complex Molecular Systems"
    • 発表場所
      Tokyo Institute of Technology(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2014-06-28 – 2014-06-28
    • 招待講演
  • [学会発表] Energy Landscapes Constructed From Single-molecule Time Series And Reaction Networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Macromolecular dynamics: structure, function and diseases
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-27 – 2014-06-27
    • 招待講演
  • [学会発表] Theories Should Meet Experiments: What Can We Extract From Time Series Data?2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Beijing Computational Science Research Center (CSRC) Seminar
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-23 – 2014-06-23
    • 招待講演
  • [学会発表] Error-based Extraction of Effective Free Energy Landscapes from Experimental Single-Molecule Time-Series2014

    • 著者名/発表者名
      J.N. Taylor, Chun Biu Li, and Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      ICBP 8th IUPAP international conference on biological physics
    • 発表場所
      Beijing, China
    • 年月日
      2014-06-21 – 2014-06-21
  • [学会発表] 複雑分子系における構造異性化反応ネットワークの理解に向けて2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕、前田 理、寺本 央、Chun-Biu Li、堀山 貴史、武次 徹也、小松崎 民樹
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学(東山キャンパス)ES総合館(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2014-05-23 – 2014-05-23
  • [学会発表] 生体分子と水の過渡的な集団運動の抽出2014

    • 著者名/発表者名
      寺本央、戸田幹人、小松崎民樹
    • 学会等名
      第17回理論化学討論会
    • 発表場所
      名古屋大学(東山キャンパス)ES総合館(愛知県名古屋市)
    • 年月日
      2014-05-22 – 2014-05-22
  • [学会発表] Energy Landscapes Constructed From Single-Molecule Time Series and Reaction Networks2014

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 2014 Les Houches - TSRC Protein Dynamics Workshop
    • 発表場所
      Les Houches, France
    • 年月日
      2014-05-21 – 2014-05-21
    • 招待講演
  • [学会発表] ノイジーなFRETデータから多重経路を考慮に入れた自由エネルギー地形を抽出する2014

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      理研シンポジウム:細胞システムの動態と論理Ⅵ
    • 発表場所
      理化学研究所和光本所(埼玉県和光市)
    • 年月日
      2014-04-04 – 2014-04-04
  • [学会発表] タンパク質の時系列から得られたMarkov連鎖の解析に向けて:グラフの分割とクラスタリングで定義する複雑な化学反応における状態とその時間階層構造2014

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 寺本 央, Chun-Biu Li, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      理研シンポジウム:細胞システムの動態と論理Ⅵ
    • 発表場所
      理化学研究所和光本所(埼玉県和光市)
    • 年月日
      2014-04-04 – 2014-04-04
  • [備考] 北海道大学電子科学研究所分子生命数理研究分野HP

    • URL

      http://mlns.es.hokudai.ac.jp/

  • [備考] プレス発表 ノイズを含むデータから分子の状態とそれらのネットワーク。。。

    • URL

      http://www.hokudai.ac.jp/pr/150318_es_pr.pdf

  • [備考] ノイズを含むデータから分子の状態とそれらのネットワーク。。。

    • URL

      http://www.es.hokudai.ac.jp/result/2015-03-18-mlns/

  • [備考] Novel method developed to extract ...

    • URL

      http://www.oia.hokudai.ac.jp/blog/2015/03/23/novel-method-developed-to-extract-molecular-states-and-their-network-from-noisy-single-molecule-time-series-data/

URL: 

公開日: 2016-05-27  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi