• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2015 年度 実績報告書

分子個性を彫り出すシステム生物学の探求

研究課題

研究課題/領域番号 25650044
研究機関北海道大学

研究代表者

小松崎 民樹  北海道大学, 電子科学研究所, 教授 (30270549)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード反応ネットワーク / 経路の多重性 / ノイズ除去 / 遷移状態
研究実績の概要

ATPase(以下F1)はアデノシン三リン酸(ATP)加水分解に駆動されて回転する分子モーターであり,分子構造変化と複数の中間反応を巧妙に組み合わせることで,効率よく化学エネルギーを回転の力学エネルギーに変換することができる分子機械として知られている。その際に, F1に結合したATP(以下、結合ATP)の加水分解については,反応生成物の結合解離過程と比べて回転に必要なトルク発生への寄与が少なく、放出エネルギーも全体から見て僅かであり、結合ATPの加水分解がF1の反応サイクルのなかでの役割、寄与度については,よくわかっていなかった。本研究では、恣意性をできるだけ挟まない形で、F1の回転時系列データから回転停止時間とその間の回転角度揺らぎの統計を解析するため、ノイズの性質をできるだけ仮定しない変化点解析とファジークラスタリングを組み合わせた手法を開発した。その手法とマイクロ秒時間分解能でのF1一分子の回転観察を組み合わせて、回転時系列データの回転停止プロセスのキネティックスを詳細に調べた。その結果、結合ATP加水分解反応は、トルクやエネルギー発生量が少ないにもかかわらず、回転角度が20度ほど変化させることで、リン酸解離反応の反応障壁を大きく減少させていること、すなわち、リン酸解離反応にかけられていた「ロック」を「解除」して(ATP加水分解→リン酸解離といった)正しい反応順序を維持するための「鍵」としての役割を担っていることを明らかにすることに成功した。
このほか、反応ネットワークにおいて、あるノードとあるノードを繋ぐ経路の多重性を考慮に入れつつ、ネットワークを縦断する任意の分断面のなかから、往来する時間スケールがもっとも遅い分断面をネットワークの遷移状態として定義し、既存の遷移状態理論を複数の素反応から構成される、より複雑なネットワーク系へ拡張することに成功した。

  • 研究成果

    (28件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 雑誌論文 (4件) (うち国際共著 1件、 査読あり 4件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 2件) 学会発表 (22件) (うち国際学会 8件、 招待講演 8件) 備考 (2件)

  • [雑誌論文] Extracting subcellular fibrillar alignment with error estimation: Application to microtubules2016

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tsugawa, Nathan Hervieux, Olivier Hamant, Arezki Boudaoud, Richard S. Smith, Chun-Biu Li and Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Biophys. J

      巻: 印刷中 ページ: 印刷中

    • 査読あり / 国際共著
  • [雑誌論文] ATP hydrolysis assists phosphate release and promotes reaction ordering in F1-ATPase2015

    • 著者名/発表者名
      C.B. Li, H. Ueno, R. Watanabe, H. Noji, T. Komatsuzaki
    • 雑誌名

      Nature Communications

      巻: 6 ページ: 1-9

    • DOI

      10.1038/ncomms10223

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Deciphering Time Scale Hierarchy in Reaction Networks2015

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry B

      巻: 120 ページ: 1961-1971

    • DOI

      10.1021/acs.jpcb.5b09941

    • 査読あり / 謝辞記載あり
  • [雑誌論文] Kinetic Analysis for the Multistep Profiles of Organic Reactions: Significance of the Conformational Entropy on the Rate Constants of the Claisen Rearrangement2015

    • 著者名/発表者名
      Yosuke Sumiya, Yutaka Nagahata, Tamiki Komatsuzaki, Tetsuya Taketsugu, Satoshi Maeda
    • 雑誌名

      The Journal of Physical Chemistry A

      巻: 119 ページ: 11641-11649

    • DOI

      10.1021/acs.jpca.5b09447

    • 査読あり
  • [学会発表] Molecular Data Science Perspectives for Individuality Covering from Molecules to Cells2016

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      統合生命医科学研究センター疾患生物学セミナー
    • 発表場所
      理化学研究所横浜キャンパス(神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2016-03-18 – 2016-03-18
    • 招待講演
  • [学会発表] Toward deciphering cell individuality in systems biology2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Symposium #137 Life at Small Copy Numbers (The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies)
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-19 – 2015-12-20
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Energy landscapes and conformation network learned from single molecule time series2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Symposium #121 Deciphering molecular complexity from protein functions to cellular network (The 2015 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies)
    • 発表場所
      Hawaii, USA
    • 年月日
      2015-12-15 – 2015-12-16
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Kinetics of Multiple conductance levels of Mechanosensitive Ion Channel2015

    • 著者名/発表者名
      Genming Wang, Chun-Biu Li, Hitoshi Tatsumi, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 16th RIES-Hokudai International Symposium
    • 発表場所
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo, Sapporo, Hokkaido
    • 年月日
      2015-11-10 – 2015-11-11
    • 国際学会
  • [学会発表] The Onset of Non-equilibrium Effects at High Temperature in the Reaction Kinetics of F1-ATPase2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The 16th RIES-Hokudai International Symposium
    • 発表場所
      Chateraise Gateaux Kingdom Sapporo, Sapporo, Hokkaido
    • 年月日
      2015-11-10 – 2015-11-11
    • 国際学会
  • [学会発表] マルコフ連鎖の時間階層的クラスタリング2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2015年度 秋のワークショップ」
    • 発表場所
      丸駒温泉(北海道千歳市)
    • 年月日
      2015-11-08 – 2015-11-10
  • [学会発表] Single Molecule Biophysics: How can One Dig the Underlying Network from Noisy and Short Time Series?2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      International Conference on “Challenges in Data Science: a Complex Systems Perspective
    • 発表場所
      Torino, Italy
    • 年月日
      2015-10-14 – 2015-10-17
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] 1分子時系列データから解読するエネルギー地形とネットワーク2015

    • 著者名/発表者名
      小松崎 民樹
    • 学会等名
      「データ駆動科学の新展開」ミニ研究会
    • 発表場所
      北海道大学 百年記念会館(北海道札幌市)
    • 年月日
      2015-09-24 – 2015-09-24
    • 招待講演
  • [学会発表] 非平衡効果が引き起こすF1分子モーターの非アレニウス型温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      田宮 裕治, Chun-Biu Li, 渡邉 力也, 野地 博行, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京工業大学大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2015-09-16 – 2015-09-19
  • [学会発表] 複雑分子系の異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      第9回分子科学討論会
    • 発表場所
      東京工業大学 大岡山キャンパス(東京都目黒区)
    • 年月日
      2015-09-16 – 2015-09-19
  • [学会発表] 複合化学反応系の分子シミュレーション-第一原理シミュレーションから分子技術へ-2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      化学反応経路探索のニューフロンティア
    • 発表場所
      大井町駅前品川区立総合区民会館きゅりあん(東京都大井町)
    • 年月日
      2015-09-15 – 2015-09-15
  • [学会発表] 複雑反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読2015

    • 著者名/発表者名
      Yutaka Nagahata, Satoshi Maeda, Hiroshi Teramoto, Chun-Biu Li, Takashi Horiyama, Tetsuya Taketsugu, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] 植物の中の局所微小管と細胞成長の関係について2015

    • 著者名/発表者名
      Satoru Tsugawa, Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] 非平衡効果が引き起こすF1分子モーターの非アレニウス型温度依存性2015

    • 著者名/発表者名
      Yuji Tamiya, Chun-Biu Li, Rikiya Watanabe, Hiroyuki Noji, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] Single Molecule Time Series Analysis of F1-ATPase to Unravel the Role of Bound-ATP Hydrolysis2015

    • 著者名/発表者名
      Chun-Biu Li, Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      第53回日本生物物理学会
    • 発表場所
      金沢大学角間キャンパス自然科学本館(石川県金沢市)
    • 年月日
      2015-09-13 – 2015-09-15
  • [学会発表] 複雑な異性化反応ネットワークに埋め込まれた時間階層構造の解読法の開発2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 堀山 貴史, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部 2015年 夏季研究発表会
    • 発表場所
      北海道教育大学函館校(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-07-18 – 2015-07-18
  • [学会発表] Sumi-Marcus 型ポテンシャルモデルを用いた F1分子モーターの反応速度定数の解析2015

    • 著者名/発表者名
      田宮 裕治, Chun-Biu Li, 渡邉 力也, 野地 博行, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      日本化学会北海道支部 2015年 夏季研究発表会
    • 発表場所
      北海道教育大学函館校(北海道函館市)
    • 年月日
      2015-07-18 – 2015-07-18
  • [学会発表] 一細胞計測で見えてきたバクテリア細胞内ATP濃度の多様性2015

    • 著者名/発表者名
      柳沼 秀幸, 河合 信之輔, 田端 和仁, 冨山 佳祐, 垣塚 彰, 小松崎 民樹, 岡田 康志, 野地 博行, 今村 博臣
    • 学会等名
      第67回日本細胞生物学会大会
    • 発表場所
      タワーホール船堀(東京都江東区)
    • 年月日
      2015-06-30 – 2015-07-02
  • [学会発表] How can we define a transition state over a network?2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      R. Stephen Berry Tribune Symposium
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-23 – 2015-06-26
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] A kinetic disconnectivity graph to decode timescale hierarchy buried in reaction networks2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      Chemistry & Dynamics in Complex Environments
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-23 – 2015-06-26
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] Energy Landscapes learned from Single-Molecule Time-Series: Dimensionality and Disconnectivity Graph2015

    • 著者名/発表者名
      Tamiki Komatsuzaki
    • 学会等名
      The Complexity of Dynamics Kinetics from Single Molecules to Cells
    • 発表場所
      Telluride, CO, U.S.
    • 年月日
      2015-06-14 – 2015-06-18
    • 国際学会 / 招待講演
  • [学会発表] マルコフ連鎖の時間階層的クラスタリング2015

    • 著者名/発表者名
      永幡 裕, 前田 理, 寺本 央, Chun-Biu Li, 武次 徹也, 小松崎 民樹
    • 学会等名
      ERATO湊離散構造処理系プロジェクト 「2015年度 初夏のワークショップ」
    • 発表場所
      北海道大学情報科学研究科 ERATO 会議室(北海道札幌市)
    • 年月日
      2015-06-11 – 2015-06-12
  • [備考] 回転分子モーターF1-ATPase の化学ー力学エネルギー変換におけるATP加水分解反応の役割解明!

    • URL

      http://www.es.hokudai.ac.jp/result/2015-12-18-mlns/

  • [備考] Single Molecule Chemo-mechanics ...

    • URL

      http://www.oia.hokudai.ac.jp/blog/31871/

URL: 

公開日: 2017-01-06  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi