• 研究課題をさがす
  • 研究者をさがす
  • KAKENの使い方
  1. 課題ページに戻る

2014 年度 実績報告書

超高速in-cell NMR動的構造解析法によるSox2の細胞内動態解明

研究課題

研究課題/領域番号 25650056
研究機関公益財団法人サントリー生命科学財団

研究代表者

菅瀬 謙治  公益財団法人サントリー生命科学財団, その他部局等, 主席研究員 (00300822)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2015-03-31
キーワードin-cell NMR / タンパク質 / 揺らぎ / 高速測定
研究実績の概要

細胞内における転写因子Sox2の揺らぎをNMRで高速に解析するために、平成26年度は、NMR測定のための試料調製法とNMRデータ解析法の開発を進めた。まず試料調製法では、測定対象のタンパク質に連結させて細胞膜を透過させるためのペプチド性タグ(細胞透過タグ)の改良を行った。元々、細胞透過が困難であるGB1タンパク質をテストサンプルとして、従来用いているTAT(C(Npys)-YGRKKRRQRRR-NH₂)に加えて、N-E5L-TAT(GLLEALAELLEYGRKKRRQRRR-C(Npys)-NH₂)とCM18-TAT(KWKLFKKIGAVLKVLTTGYGRKKRRQRRR-C(Npys)-NH₂)を試した。N-E5L-TATとCM18-TATの両者ともに細胞膜にポアを形成することが知られているペプチドである。結果として、CM18-TATが極めて効率的にGB1を細胞内に透過させることが分かった。
続いて、間引いて2次元NMR測定(非線形サンプリング法)したNMRデータを計算的に復活させるSIFT法の改良を行った。従来のSIFT法ではNMRスペクトルの虚部データにアーティファクトを発生させることが問題であった。そして、この問題のために、あまり多くデータを間引くと綺麗にNMRスペクトルが再構築されなかった。そこで、今回は虚部スペクトルが全て0になるバーチャルエコー法を導入した。バーチャルエコーとは、NMRの時間ドメインデータ(FID)を時間反転したものをFIDの先に連結したものである。ただし、虚部データは強度の正負を反転させる。このバーチャルエコー法を導入することによって従来法よりもさらに半分のデータポイント数でも綺麗にスペクトルを再構築できることがわかった。

  • 研究成果

    (1件)

すべて 2014

すべて 学会発表 (1件) (うち招待講演 1件)

  • [学会発表] Structural dynamics of Sox2 upon binding to DNA2014

    • 著者名/発表者名
      Kenji Sugase
    • 学会等名
      ICMRBS XXVI
    • 発表場所
      Texas, USA
    • 年月日
      2014-08-24 – 2014-08-29
    • 招待講演

URL: 

公開日: 2016-06-01  

サービス概要 検索マニュアル よくある質問 お知らせ 利用規程 科研費による研究の帰属

Powered by NII kakenhi