Photo-crosslinkを用いたPPARδ転写共役因子複合体の解析

2014 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 25670035
• 研究機関: 東京大学
• 研究代表者: 田中 十志也 東京大学, 先端科学技術研究センター, 特任准教授 (20396930)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 核内受容体 / プロテオミクス / クロスリンク / PPARδ

研究実績の概要

過剰発現タンパク質を用いた転写因子複合体解析では、生理条件下における共役因子の同定や、転写共役因子複合体の変遷を同定することは困難である。したがって、複合体形成による転写因子の機能および転写活性化機構を明らかにするためには、生理的条件下にて経時的に転写共役因子複合体を捕捉する技術が必要となる。本研究では、PPARδをモデル転写因子とし光反応性のdiazirine環を有するL-photo-LeucineとL-photo-Methionineとを含む培地中にてTHP-1細胞を培養しマクロファージへ分化させた後、リガンド処理しUV (365 nm) 照射することでPPARδタンパク複合体をphoto-crosslinkさせショットガンプロテオミクスにて同定する方法を検討した。
培地への光反応性アミノ酸の添加では細胞毒性が認められたことから、ホルムアルデヒドにてクロスリンクを行いPPARδ複合体解析を行った。ホルムアルデヒドを用いたクロスリンクでは、PPARδの同定率が低下し非特異的なタンパク結合の増加も認められることから、シグナル/ノイズ比を改善するためにサンプル調製方法、クロスリンク条件、洗浄条件について引き続き検討を行っている。
PPARδのマクロファージ特異的な共役因子としてSATB1を同定し、SATB1のshRNAによるノックダウンによってPPARδアゴニストによるマクロファージ特異的な標的遺伝子の誘導が減弱することを見いだした。この結果を踏まえ、PPARδのゲノム上の結合部位にSATB1が共局在していることをクロマチン免疫沈降シークエンス（ChIP-seq）にて証明するために免疫沈降可能な抗体作成を継続して行っている。
以上の結果より、クロスリンクを用いたショットガンプロテオミクスにより生理的な相互作用タンパクの同定が可能であることが示唆された。

研究成果

• [雑誌論文] The FBXL10/KDM2B scaffolding protein associates with novel polycomb repressive complex-1 to regulate adipogenesis. (2015)
  • 著者名/発表者名: Inagaki T, Iwasaki S, Matsumura Y, Kawamura T, Tanaka T, Abe Y, Yamasaki A, Tsurutani Y, Yoshida A, Chikaoka Y, Nakamura K, Magoori K, Nakaki R, Osborne TF, Fukami K, Aburatani H, Kodama T, Sakai J.
  • 雑誌名: J Biol Chem 巻: 290 ページ: 4163-4177
  • DOI: 10.1074/jbc.M114.626929.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Transcriptome Analysis of K-877 (a Novel Selective PPARα Modulator (2015)
  • 著者名/発表者名: S Raza-Iqbal, T Tanaka, M Anai, T Inagaki, Y Matsumura, K Ikeda, A Taguchi, FJ. Gonzalez, J Sakai, Kodama
  • 雑誌名: J Atheroscler Thromb 巻: 22 ページ: In press
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] JMJD1A is a signal-sensing scaffold that regulates acute chromatin dynamics via SWI/SNF association for thermogenesis (2015)
  • 著者名/発表者名: Y Abe, R Rozqie, Y Matsumura, T Kawamura, R Nakaki, Y Tsurutani, K Tanimura-Inagaki, A Shiono, K Magoori, K Nakamura, S Ogi, S Kajimura, H Kimura, T Tanaka, K Fukami, T Osborne, T Kodama, H Aburatani, T Inagaki, J Sakai
  • 雑誌名: Nature Commun 巻: 6 ページ: In press
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Cross-enhancement of ANGPTL4 transcription by HIF1 alpha and PPAR beta/delta is the result of the conformational proximity of two response elements. (2014)
  • 著者名/発表者名: T Inoue, T Kohro, T Tanaka, Y Kanki, G Li, H Poh, I Mimura, M Kobayashi, A Taguchi, T Maejima, J Suehiro, A Sugiyama, K Kaneki, H Aruga, S Dong, JF Stevens, S Yamamoto, S Tsutsumi, T Fujita, X Ruan, H Aburatani, M Nangaku, Y Ruan, T Kodama and Y Wada.
  • 雑誌名: Genome Biol 巻: 15 ページ: R63
  • DOI: 10.1186/gb-2014-15-4-r63.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Direct Evidence for Pitavastatin Induced Chromatin Structure Change in the KLF4 Gene in Endothelial Cells. (2014)
  • 著者名/発表者名: T Maejima et al.
  • 雑誌名: PLoS ONE 巻: 9 ページ: e96005
  • DOI: 10.1371/journal.pone.0096005.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] PPARβ/δ activation of CD300a controls intestinal immunity. (2014)
  • 著者名/発表者名: T Tanaka, S Tahara-Hanaoka, T Nabekura, K Ikeda, S Jiang, S Tsutsumi, T Inagaki, K Magoori, T Higurashi, H Takahashi, K Tachibana, Y Tsurutani, S Raza, M Anai, T Minami, Y Wada, KYokote, T Doi, T Hamakubo, J Auwerx, FJ. Gonzalez, A Nakajima, H Aburatani, M Naito, A Shibuya, T Kodama and J Sakai.
  • 雑誌名: Sci. Rep 巻: 4 ページ: 5412
  • DOI: 10.1038/srep05412.
  • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
• [学会発表] FBXL10によるエピゲノム複合体を介した脂肪細胞分化調節機構 (2014)
  • 著者名/発表者名: 稲垣毅，岩崎聡，松村欣宏，川村猛，阿部陽平，吉田文乃，中村加奈子，馬郡健太，仲木竜，田中十志也，児玉龍彦，油谷浩幸，酒井寿郎
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県、横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] PPARβ/δはCD300aの活性化を介して腸管免疫を制御する (2014)
  • 著者名/発表者名: 田中十志也，田原聡子，Jiang Shuing，内藤眞，渋谷彰，児玉龍彦，酒井寿郎
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県、横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] JMJD1Aのリン酸化スイッチはクロマチンリモデリング因子およびPPARγと複合体を形成し、クロマチンの高次構造を変化させる (2014)
  • 著者名/発表者名: 阿部陽平，Royhan Rozqie，松村欣宏，川村猛，仲木竜，鶴谷悠也，稲垣（谷村）恭子，塩野陽，馬郡健太，田中十志也，児玉龍彦，油谷浩幸，稲垣毅，酒井寿郎
  • 学会等名: 第37回日本分子生物学会年会
  • 発表場所: パシフィコ横浜（神奈川県、横浜市）
  • 年月日: 2014-11-25 – 2014-11-27
• [学会発表] PPARβ/δはCD300aの活性化を介して腸管免疫を制御する (2014)
  • 著者名/発表者名: 田中十志也
  • 学会等名: 第22回ステロイドホルモン学会学術集会
  • 発表場所: 都道府県会館（東京都、千代田区）
  • 年月日: 2014-11-03 – 2014-11-03