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これまでの結果より、miR-27aはCaco-2細胞においてHIPK2を介してABCB1 mRNAの発現を上昇させることが示唆された。その一方でmiRNAによる遺伝子発現調節にDNAメチル化を介した転写調節因子の結合変化が関与する可能性も考えられる。そこで、miR-27aがABCB1遺伝子転写開始点（TSS）近傍のメチル化に影響を与えるか否かを検討した。その結果、ABCB1遺伝子TSS近傍はK562細胞、Caco-2細胞の両細胞において低メチル化状態であり、miR-27a導入によっても目立ったメチル化頻度の変化は見られなかった。
miR-27aがHIPK2を介してABCB1遺伝子発現を制御する機構を明らかにするために、miR-27a導入時のABCB1遺伝子TSS近傍への転写調節因子の結合状態やヌクレオソームの位置を解析した。検討には、ABCB1遺伝子TSS近傍のDNAメチル化の評価と同様のNOMe-Seqサンプルを用いた。解析の結果、K562細胞ではcontrol miRNA導入サンプルとmiR-27a導入サンプルでGpCメチル化の頻度にほとんど差がなかったのに対し、miR-27aによるHIPK2を介したABCB1発現変動が想定されるCaco-2細胞では、ABCB1遺伝子のTSS近傍付近の複数の配列において、control miRNA導入サンプルと比べてmiR-27a導入サンプルでメチル化の頻度が上昇した。一方、ヌクレオソームについてはmiR-27aの導入による大きな変化を認めなかった。本検討によりmiR-27aによるABCB1遺伝子の転写制御に重要な領域が明らかとなった。
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