研究課題
挑戦的萌芽研究
転座型遺伝子変化の多くは、その由来細胞で転写が促進されている遺伝子とがん遺伝子が転座する。すなわち転写が促進されている遺伝子のプロモーター下にがん遺伝子が位置するようになるため、がん遺伝子の転写も促進され、それが腫瘍増殖に寄与すると考えられる。例えば、肺ではEML4 転写物は通常レベルに検出されるが、ALK 遺伝子変異はほとんど検出されない。しかしながら、EML4-ALK 転座によって、EML4 のN 末蛋白とALK のC 末キナーゼドメインとが転座を起こし、キメラ蛋白が生成される。その蛋白はEML4 のBASIC ドメインを使って恒常的にダイマーを形成し、ALK のキナーゼドメインを活性化させると考えられている。このため、ALK の5’末と3’末の転写物は、転座があればその発現量に乖離が生じるはずである。これを定量的RT-PCRで計測することで、転座のよいスクリーニングになると考えられる。そこで、本年度はこのアッセイ系の確立を試みた。すでにFISH法やIHC法を用いてALK転座の存在がわかっている15症例および正常型の症例40例で両者を明瞭に区別する方法が確立できた。定量的RT-PCRでは一般に増幅産物は非常に短いことが多く、確立できたアッセイ系においても100bp程度のPCRであり、汎用されているFFPEサンプルでも応用可能かどうかについても検討を進めた。しかしながら、非特異的な増幅も観察され、現在至適化カットオフ値などを検討している。
3: やや遅れている
少なくともmRNAを用いたアッセイ系は確立できたが、より汎用性の高いFFPEサンプルでの適応の点で若干の遅れが出ている。それは固定状態によると思われる断片化により非特異的な増幅が観察され、至適化条件を調整する必要があり、追加検討がまだ必要である。
少なくともmRNAを用いたアッセイ系は確立できたため、他の転座遺伝子、ROS1、RET、ETV6、MYBに広げて行く。この検討で得られた転座症例については、mRNAアッセイ系のみならず、C 末、N 末エピトープ認識抗体により同様の発現乖離についても検討を広げていきたい。
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