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2015 年度 実績報告書

日本近縁ヒト集団間で異なる新規分散型繰り返し領域の探索とその集団の推定法の確立

研究課題

研究課題/領域番号 25670342
研究機関名古屋大学

研究代表者

山本 敏充  名古屋大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (50260592)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード法医学 / 人類学 / 遺伝的異質性 / 反復配列 / 分散型 / Alu配列 / 縦列型 / STR
研究実績の概要

本研究では、トランスポゾンディスプレイ法を確立することが第一の目的である。申請時には、銀染色法の後、塩基配列を決定する方法がよいと考えていたが、前年度まで研究により、蛍光ラベルしてPCR増幅を行い、この増幅産物をGenetic Analyzer 310によりキャピラリー電気泳動を行った方がより効率的に個人間・ヒト集団間の差異を検討することができることがわかった。そこで、Alu配列の中で、より新規なファミリーであると考えられているAlu Yファミリーに着目し、そのファミリーの共通配列領域に存在する制限酵素Mse I切断部位を切断後、アダプター付加後、アダプター付加サイトをPCR増幅した。その結果、非常に均等なスメアの電気泳動像が得られたので、最終的に2回目のPCR増幅に蛍光色素(6-FAM)標識したAlu特異的プライマー(GACGGAGTCTCGCTCTG)を用いて増幅した。そのPCR産物を、キャピラリー電気泳動を行ったところ、様々な大きさのフラグメントを得ることができた。そこで、日本人数名のDNA試料に、この方法を応用したところ、共通のフラグメントばかりでなく、個人間で異なる大きさのフラグメントを得ることができたので、ヒトAlu Yに関するトランスポゾンディスプレイ法を確立することができた。
一方、本研究では、遺伝的に非常に近縁なヒト集団間の異質性を突然変異率の非常に高い分散型反復配列着目して、新たな配列を探索することがその目的の一つであった。しかし、縦列反復配列のSTRsでも100以上の座位を用いれば、その可能性があることがカテゴリー分析により示され、これらのデータから統計学的判別法を検討したところ、その判別分析によるベイズ因子から、約92%の日本人が、朝鮮族から容易に区別できることが判明した。その成果を、クラクフで開催された第26回国際法医遺伝学会等で発表し、論文としても掲載された。

  • 研究成果

    (7件)

すべて 2015

すべて 雑誌論文 (2件) (うち査読あり 1件) 学会発表 (5件) (うち国際学会 2件)

  • [雑誌論文] Potential statistical differentiation between Japanese and Korean populations with about 100 STRs2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamotoa, Yuuji Hiroshige, Hisae Ogawa, Takashi Yoshimoto, Shuhei Mano
    • 雑誌名

      Forensic Science International: Genetics Supplement Series

      巻: 5 ページ: e348-e349

    • DOI

      doi:10.1016/j.fsigss.2015.09.138

    • 査読あり
  • [雑誌論文] 日本人と近隣ヒト集団における多座位STRsによる遺伝統計学的判別法の検討(第1報)2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士,間野修平
    • 雑誌名

      DNA多型

      巻: 23 ページ: 128-130

  • [学会発表] インドネシアにおける“Midi-6”のアレル頻度分布及び他のヒト集団との比較2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,廣重優二,小川久恵,吉本高士,石井晃,Tuntas Dhanardhono
    • 学会等名
      日本DNA多型学会第24回学術集会
    • 発表場所
      岡山大学創立五十周年記念館(岡山県・岡山市)
    • 年月日
      2015-11-19 – 2015-11-20
  • [学会発表] 105 座位のSTRs による日本人と近隣ヒト集団間の遺伝的異質性2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,佃康司,間野修平
    • 学会等名
      第69回日本人類学会大会
    • 発表場所
      産業技術総合研究所臨海副都心センター別館(東京都・江東区)
    • 年月日
      2015-10-10 – 2015-10-12
  • [学会発表] Analysis on Y-STRs and Y haplogroups in Indonesia2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Akira Shirakawa, Tuntas Dhanardhono
    • 学会等名
      7th European Association of Forensic Science Conference 2015
    • 発表場所
      Plague, Czech Republic
    • 年月日
      2015-09-06 – 2015-09-11
    • 国際学会
  • [学会発表] Potential statistical differentiation between Japanese and Korean populations with about 100 STRs2015

    • 著者名/発表者名
      Toshimichi Yamamoto, Yuuji Hiroshige, Hisae Ogawa, Takashi Yoshimoto, Shuhei Mano
    • 学会等名
      26th International Congress 2015 of the International Society of Forensic Genetics
    • 発表場所
      Krakow, Poland
    • 年月日
      2015-08-31 – 2015-09-05
    • 国際学会
  • [学会発表] 日本人における257座位の4塩基リピートSTRsのアレル頻度及び統計学的解析2015

    • 著者名/発表者名
      山本敏充,小川久恵,廣重優二,吉本高士,草野麻衣子,財津桂,石井晃
    • 学会等名
      第99次日本法医学会学術全国集会
    • 発表場所
      高知市文化プラザかるぽーと(高知県・高知市)
    • 年月日
      2015-06-11 – 2015-06-12

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公開日: 2017-01-06  

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