| 研究課題/領域番号 |
25670363
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| 研究種目 |
挑戦的萌芽研究
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| 研究機関 | 東北大学 |
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研究代表者 |
下瀬川 徹 東北大学, 大学病院, 教授 (90226275)
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| 研究分担者 |
濱田 晋 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (20451560)
粂 潔 東北大学, 大学病院, 助教 (30431563)
正宗 淳 東北大学, 医学(系)研究科(研究院), 准教授 (90312579)
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| 研究期間 (年度) |
2013-04-01 – 2015-03-31
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| キーワード | マイクロRNA / SNP |
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| 研究概要 |
本年度は急性膵炎患者・慢性膵炎患者・膵腫瘍患者および健常人血液よりgenomic DNAを抽出するためのサンプル採取を行った。現時点で各群とも10検体程度のサンプル収集を完了しており、genomic DNA抽出も終了している。各サンプルは連結不可能匿名化を行った状態にある。各サンプルのクオリティはnanodrop分光光度計によりチェックし、一定以上の純度が保たれていることを確認している。
また、次世代シークエンサーによる解析を効率的に行うため、マイクロRNAコーディング領域や各種遺伝子の3’UTR領域における既知のSNPについてデータベース化し、アジレント社のHaloPlex ターゲットエンリッチメントシステムによる関心遺伝子領域の増幅が可能となるよう準備を進めている。具体的には消化酵素や細胞内構造蛋白、小胞体ストレス関連蛋白をコードする遺伝子の3'UTR領域に存在するSNPを標的としたエンリッチメントを予定している。これとは別に、より広い範囲の遺伝子を対象としてまれなアレル頻度をもつ3’UTR領域におけるSNPについても増幅を行い、新規疾患関連遺伝子多型の発見につなげることも検討している。これらのSNPについても対象となるものの特定を進めており、来年度にはカスタムメイドのHaloPlex作成が可能となる予定である。
このようなターゲットエンリッチメントを行うことで今まで知られていなかったマイクロRNAコーディング領域や3’UTR領域におけるSNPと疾患との関連が明らかになることが期待される。
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| 現在までの達成度 (区分) |
現在までの達成度 (区分)
2: おおむね順調に進展している
理由
現時点で各疾患群とも次世代シークエンサーによる解析が可能なクオリティのサンプル集積が終了しており、進捗状況はおおむね順調である。解析対象の絞り込みと効率化のための準備を進めているところであり、来年以降の進展が期待される。
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| 今後の研究の推進方策 |
来年度は集積したサンプルと次世代シークエンサーによる解析を施行し、マイクロRNAコーディング領域や3'UTR領域に存在するSNPと膵炎との関連を明らかにする予定である。疾患群で有意に頻度が変化するSNPについては機能解析やより多くのサンプルを用いたvalidationを行う。
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| 次年度の研究費の使用計画 |
本年度は物品費を使用する実験の準備段階であり、使用額が当初の予想よりも少なくなったため。
次年度は次世代シークエンサーを用いた解析を多数行う予定であり、次年度所要額と合わせて使用する予定である。
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