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240例の肝がんのRNA-Seq解析を行った。これらRNA-Seqのシークエンスデータのうち、ヒトゲノム配列にアライメントされる配列を除き、ヒトゲノム由来でない可能性の配列をABySSにてde novo assmblingを行った。200塩基以上のcontigに関して、NCBI Nucleotide collectionのデータベースに当てはめて、ヒト以外の細菌やウイルス由来のゲノム配列を同定した。
細菌ゲノムとして、Pseudomonas、Lactobacillus、Flavobacterium、Acinetobacter、Staphylococcus epidermidisを同定し、Pseudomonasに関しては、元のRNAおよびDNAにて、PCRにて菌の存在を確認した。また、別に肝がん/肝炎と関連のある可能性のあるウイルス配列も同定し、元のRNAおよびDNAにて、確認ができた。
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