シークエンス解析による新規の肝炎・肝癌関連微生物の探索

2014 年度 研究成果報告書

• 研究課題/領域番号: 25670375
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 配分区分: 基金
• 研究分野: 消化器内科学
• 研究機関: 独立行政法人理化学研究所
• 研究代表者: 中川 英刀 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, チームリーダー (50361621)
• 連携研究者: 白石 友一 東京大学, 医科学研究所, 助教 (70516880) ; 藤本 明洋 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 副チームリーダー (30525853) ; 古田 繭子 独立行政法人理化学研究所, 統合生命医科学研究センター, 特別研究員 (00647183)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: ゲノム / 肝がん / 病原体

研究成果の概要

240例の肝臓がんおよび肝炎組織のRNAシークエンス解析を行った。ヒトゲノム参照配列やヒトのRNA配列にアライメントされない配列についてde novo assemblingを行った。200塩基以上形成させた8300個のcontigに対して、NCBI　Nucleotide Collectionのデータベースにあてはめ、Psudomonasなどの細菌やHBV、HCVなどのウイルス由来のゲノム配列を複数同定し、PCRにて確認を行った。

自由記述の分野

がんゲノム