先端ゲノムによる家族性神経疾患遺伝子の発見と新しい家系解析方法論の開発

2013 年度 実施状況報告書

• 研究課題/領域番号: 25670420
• 研究種目: 挑戦的萌芽研究
• 研究機関: 神戸大学
• 研究代表者: 佐竹 渉 神戸大学, 医学(系)研究科(研究院), 助教 (50467594)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2015-03-31
• キーワード: 神経遺伝 / エクソーム / 遺伝性神経疾患 / 神経内科学 / 人類遺伝学 / ゲノム医科学

研究概要

本研究では、臨床情報（疾患共在情報・特異な症状など）を活用し、連鎖領域や疾患遺伝子の推測に役立てる、先端ゲノム解析による家系遺伝解析の新たな方法論を開発する。家族性に疾患をもつ家系に対し、次世代シークエンサー等の先端ゲノムと、連鎖解析やCNV解析を用いて、効果的に疾患遺伝子を同定する。新たな家系発掘と、家族性疾患遺伝子の発見を目指す。
本年度は、他の遺伝性疾患が共在する、パーキンソニズムと統合失調症の2家系について、全エクソン塩基配列決定（エクソーム解読）をおこなった。平均coverageは>x100であり、全エクソン配列の96%の塩基が解読できた。

現在までの達成度 (区分)

2: おおむね順調に進展している

理由

おおむね予定通り進捗しているため。

今後の研究の推進方策

今後は、本年度得られたゲノムデータをもとに連鎖解析を行う。他疾患の共在情報を活用し、疾患遺伝子同定をめざす。

次年度の研究費の使用計画

アレイ実験せずに、エクソーム実験のみで、疾患遺伝子を発見できる可能性があり、まずはエクソーム実験のみで研究をすすめたため。
今後、アレイ実験が必要になった際に、アレイ実験を追加する。もしアレイ実験不要であった際には、他の家系検体についての実験解析に使用する。

研究成果

• [雑誌論文] A case of Bardet-Biedl syndrome complicated with intracranial hypertension in a Japanese child (2014)
  • 著者名/発表者名: Saida K, Inaba Y, Hirano M, Satake W, Toda T, Suzuki Y, Sudo A, Noda S, Hidaka Y, Hirabayashi K, Imai H, Kurokawa T, Koike K.
  • 雑誌名: Brain Dev 巻: 36 ページ: 721-724
  • DOI: 10.1016/j.braindev.2013.10.013
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] YY1 binds to α-synuclein 3'-flanking region SNP and stimulates antisense noncoding RNA expression (2013)
  • 著者名/発表者名: Mizuta I et al
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 58 ページ: 711-719
  • DOI: 10.1038/jhg.2013.90
  • 査読あり
• [雑誌論文] Mutations in COQ2 in familial and sporadic multiple-system atrophy (2013)
  • 著者名/発表者名: Mitsui J et al
  • 雑誌名: N Engl J Med 巻: 369 ページ: 233-244
  • DOI: 10.1056/NEJMoa1212115
  • 査読あり
• [雑誌論文] 神経・精神疾患の動向 神経疾患と遺伝子 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐竹 渉ら
  • 雑誌名: 日本医師会雑誌神経・精神疾患診療マニュアル 巻: 142 ページ: S38-39
• [雑誌論文] 遺伝性疾患の遺伝子検査 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐竹 渉
  • 雑誌名: Modern Physician 巻: 33 ページ: 625-628
• [雑誌論文] ゲノム多様性と神経変性疾患 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐竹 渉ら
  • 雑誌名: 細胞 巻: 45 ページ: 120-123
• [雑誌論文] ゲノムワイド関連解析からの知見とさらなる孤発性パーキンソン病遺伝子の発見へ向けて PARK16、BST1、α-synuclein、LRRK2、Tau (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐竹 渉ら
  • 雑誌名: 医学のあゆみ 巻: 247 ページ: 1075-1078
• [学会発表] Exome sequencing of Parkinson's disease in order to identify genetic variants with high disease-risk (2014)
  • 著者名/発表者名: Satake W et al
  • 学会等名: New Frontier of Molecular Neuropathology
  • 発表場所: Tokyo, Japan
  • 年月日: 20140316-20140317
• [学会発表] Exome sequencing of Parkinson's disease in order to identify genetic variants with high disease-risk (2013)
  • 著者名/発表者名: Satake W et al
  • 学会等名: American Society of Human Genetics Annual meeting
  • 発表場所: Boston, USA
  • 年月日: 20131022-20131026
• [学会発表] エクソーム解読・一塩基多型解析によるパーキンソン病の遺伝背景の解明 (2013)
  • 著者名/発表者名: 佐竹渉ら
  • 学会等名: 2013年度包括脳ネットワーク夏のワークショップ
  • 発表場所: 名古屋
  • 年月日: 20130829-20130901
• [学会発表] Search for rare-variant risks of Parkinson’s disease by sequencing of candidate genes and exome sequencing (2013)
  • 著者名/発表者名: Satake W et al
  • 学会等名: The MDS 17th International Congress of Parkinson's Disease and Movement Disorders
  • 発表場所: Sydney, Australia
  • 年月日: 20130616-20130620
• [学会発表] 剖検脳を用いた孤発性パーキンソン病感受性遺伝子の解析 (2013)
  • 著者名/発表者名: 上田健博ら
  • 学会等名: 第54回日本神経学会学術大会
  • 発表場所: 東京
  • 年月日: 20130529-20130601
• [備考] 神戸大学神経内科
  • URL: http://www.med.kobe-u.ac.jp/im3/rinsyo/shinkei/index.html
• [備考] 神戸大学分子脳科学
  • URL: http://www.med.kobe-u.ac.jp/clgene/
• [備考] 神戸大学遺伝子診療部
  • URL: http://www.hosp.kobe-u.ac.jp/consultation/guide/department/idenshi.html