研究課題
本年度では抜去歯からのDNA抽出方法では更にDNAの回収率の改善の効率化を行った。象牙質の分析を行うこと考慮し、1)象牙質分析試料作成時の象牙質粉、2)根尖を切断した切断片、3)歯髄腔内の歯髄および象牙質粉を試料として、それぞれの試料をEDTAで溶解したのちQiagenのQIAmp DNA Mini kitを用いてDNAの抽出を行った。象牙質粉試料(500mg)から1.0(0.7)ng/μl、根尖試料(300mg)および、歯髄腔内切削試料からは、それぞれ9.8(1.8)ng/μlおよび5.8(1.7)ng/μlのDNAが得られた。MMP2におけるSNPのrs520640を対象に, HRM分析のためのプライマー設計と増幅領域のSNPの頻度について分析を行った。NCBIのデータベースを元にして138017サンプルのrs520640のアリル比率分析を行った。A/GのアリルでAとGの比率がそれぞれ43.42%と56.58%であった。今回設計したPCRの増幅領域には他にもSNPが存在している。その内の1つがrs646910の比率はAが20.67%,Tは79.33%であるがAAのホモタイプは7.79%であり、ATヘテロを含むT alleleの比率は92.21%であった。その他のいくつかのSNPは確認されているがその割合は1%未満であった。したがって我々の設計したプライマーを用いることによりrs520640のSNPを迅速に識別出来る可能性が示唆された。
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