研究課題
去年度に引き続き、PPIのデータベースからこれまでインターラクトームのデータベースにはいっていなかったものについては文献を検索して追加を行った。いくつかのデータが補正によって異常な値を出すことを特定し、修正プログラムを行った。癌の原発巣と転移巣など比較したい検体間のインターラクトームの違いの全体が容易に可視化により把握可能なインターフェースの構築を行った。全体像をよりわかりやすく表示させるための色調の改良を行った他、興味のある検体群、遺伝子を指定して表示させる機能を付け加えた。実際のがんのXengraft組織の解析を行い、インターラクトーム全体の解析に加えて各相互作用をそれが担う機能によってグループ化したモジュールによってインターラクトームのプロファイルを解析し、特定の機能を持つグループが極めて相互依存性が高いなどの特徴を有することが分かった。その他癌細胞同士の、間質細胞同士のautoregulationを主成分とするモジュールも見つかった。個別の相互作用においては膵癌において間質の増殖に重要とされるものがインターラクトーム全体のなかで相対的な寄与が高いことが示されたほか、これまで癌間質相互作用の担体としてあまりよく知られていなかったタンパクや、知られてはいたもののその相対的寄与度が不明であったタンパクが明らかになり、新しい治療標的と考えられた。そのうちいくつかについては免疫組織化学等で検証を加え、癌特異的発現、間質特異的発現を確認することができた。
27年度が最終年度であるため、記入しない。
すべて 2015 その他
すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件) 学会発表 (2件) (うち国際学会 1件) 備考 (1件)
BMC Cancer
巻: 15:82 ページ: 1-12
10.1186/s12885-015-1065-8.
http://www.tmd.ac.jp/gpat/research/index.html
