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2015 年度 実績報告書

逆包摂法に基づく仮説推論の効率化とシステム生物学への応用

研究課題

研究課題/領域番号 25730133
研究機関山梨大学

研究代表者

山本 泰生  山梨大学, 総合研究部, 助教 (30550793)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード仮説推論 / システム生物学 / 逆包摂法 / 知識発見 / 転写因子 / GPCR / 頻出パターンマイニング
研究実績の概要

当初の計画および昨年度までの研究成果をもとに、以下に示す2つの研究課題に取り組んだ.
1. 逆包摂法に基づく仮説推論のスケーラビリティ向上: 昨年に引き続き、オンライン頻出パターンマイニング法をベースとする逆包摂型の仮説推論法を検討した。また要素技術となるオンラインマイニングについて、近似圧縮の概念を導入し、スケーラビリティを大きく向上させることに成功した (IEEE BigData2015 および EDBT2015 ポスター発表済み).
2. 仮説推論による分子ネットワーク上の知識発見: フランスLRIとの共同研究を実施し、システム生物学におけるMarkup言語であるSBGB-AFによって記述された分子ネットワークモデルの精密化を仮説推論により行う研究課題を行った.ケーススタディとして、LRI共同研究チームが携わっているGPCRの一つであるFSHR調節ネットワークを用いた.FSHRは性腺刺激ホルモン受容体の一つであり,性腺機能低下症などの疾患に関与するGPCRである.FSHRは2つのシグナリングパスウェイが関係していることがわかっているが,これらがどのようにクロストークしているかについてはよくわかっていない.本課題では、現行のネットワークモデルとマイクロアレイデータを観測として利用し、仮説推論法により、モデルに欠落している調整因子を論理的に導出する計算機実験を行った (ILP2015 ショートペーパー発表済み).また出芽酵母の転写抑制因子ネットワーク上の知識発見を誘導する分析可視化システムのプロトタイプ版を作成した (2016年SIGBIO研究会には発表済み).

  • 研究成果

    (11件)

すべて 2016 2015 その他

すべて 国際共同研究 (1件) 雑誌論文 (3件) (うち国際共著 1件、 査読あり 3件、 オープンアクセス 3件、 謝辞記載あり 1件) 学会発表 (5件) (うち招待講演 2件) 備考 (2件)

  • [国際共同研究] LRI/IRCCyN(フランス)

    • 国名
      フランス
    • 外国機関名
      LRI/IRCCyN
  • [雑誌論文] Completing Signaling Networks by Abductive Reasoning with Perturbation Experiments2016

    • 著者名/発表者名
      Adrien Rougny, Yoshitaka Yamamoto, Hidetomo Nabeshima, Gauvain Bourgne, Anne Poupon, Katsumi Inoue, and Christine Froidevaux
    • 雑誌名

      Proceedings of the 25st International Conference on Inductive Logic Programming (CEUR)

      巻: なし ページ: to appear

    • 査読あり / オープンアクセス / 国際共著
  • [雑誌論文] Online Pattern Mining for High-Dimensional Data Streams2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Yamamoto and Koji Iwanuma
    • 雑誌名

      Proceedings of IEEE BigData2015

      巻: なし ページ: 2615-2617

    • DOI

      978-1-4799-9926-2/15

    • 査読あり / オープンアクセス
  • [雑誌論文] An On-Line Approximation Algorithm for Mining Frequent Closed Itemsets Based on Incremental Intersection2015

    • 著者名/発表者名
      Koji Iwanuma, Yoshitaka Yamamoto and Shoshi Fukuda
    • 雑誌名

      Proceedings of 19th Extended Database Technology (EDBT2015)

      巻: なし ページ: 704-705

    • DOI

      ISSN: 2367-2005

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [学会発表] 負相関ルールを抽出する準オンラインアルゴリズム2016

    • 著者名/発表者名
      黒岩 健歩,岩沼 宏治,山本 泰生
    • 学会等名
      人工知能学会第100回人工知能基本問題研究会
    • 発表場所
      市民会館崇城大学ホール (熊本県熊本市)
    • 年月日
      2016-03-28 – 2016-03-28
  • [学会発表] 漸近交差法に基づくオンライン頻出系列パターンマイニング2016

    • 著者名/発表者名
      山本 泰生,山内 夏美,岩沼 宏治
    • 学会等名
      人工知能学会第100回人工知能基本問題研究会
    • 発表場所
      市民会館崇城大学ホール (熊本県熊本市)
    • 年月日
      2016-03-28 – 2016-03-28
  • [学会発表] 分子ネットワーク上の状態推定とその可視化による知識発見支援2016

    • 著者名/発表者名
      平沼 悠人,山本 泰生,守屋 央朗,宋 剛秀,岩沼 宏治
    • 学会等名
      情報処理学会第45回バイオ情報学研究会 (SIG-BIO)
    • 発表場所
      北陸先端科学技術大学院大学 (石川県能美市)
    • 年月日
      2016-03-18 – 2016-03-19
  • [学会発表] トランザクションストリーム上のオンライン型頻出飽和集合マイニング2015

    • 著者名/発表者名
      福田 翔士,岩沼 宏治,山本 泰生
    • 学会等名
      人工知能学会合同研究会2015優秀賞記念講演
    • 発表場所
      慶應義塾大学 日吉キャンパス (神奈川県横浜市)
    • 年月日
      2015-11-14 – 2015-11-14
    • 招待講演
  • [学会発表] Resource-oriented Online Approach for Itemset-Mining and Hypothesis-Finding2015

    • 著者名/発表者名
      Yoshitaka Yamamoto
    • 学会等名
      Presentation at The ILP NII-Satellite Meeting
    • 発表場所
      国立情報学研究所 (東京都千代田区)
    • 年月日
      2015-08-20 – 2015-08-21
    • 招待講演
  • [備考] CF-induction

    • URL

      http://www.iwlab.org/our-lab/our-staff/yy/software

  • [備考] The NII-Yamanashi-LRI Workshop

    • URL

      https://www.lri.fr/~rougny/workshop2014.html

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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