種間交雑が可能なタナゴ亜科魚類2種を用いた種分化の遺伝的メカニズムの解明

2016 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 25840145
• 研究機関: 大阪医科大学
• 研究代表者: 橋口 康之 大阪医科大学, 医学部, 講師 (70436517)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: タナゴ亜科 / 魚類 / 種分化 / 適応進化 / RNA-Seq / RAD-Seq / 生物多様性

研究実績の概要

本研究は、同所的に生息する2種の近縁なタナゴ類であるヤリタナゴとアブラボテについて、2種間の生殖隔離に関わる形質の遺伝的基盤を特定すること、および野外集団でそれら2種間に隔離が成立する条件を解明することを目的としている。
今年度は、2015年度に研究室で作出したヤリタナゴ-アブラボテ種間雑種2代目（F2）77個体を固定・写真撮影・形態測定及び標本作製を行った。また各個体の鰭からDNAを抽出した。また、2014年度に作出したF2雑種90個体についてRAD-Seqを実施し、連鎖地図の作製及び種差に関わる形質のQTLマッピングを行うためのSNPマーカーの作成を試みた。RADライブラリ作成後、次世代シーケンサー（Illumina HiSeq 4000）により1個体あたり300,000-800,000リード程度の塩基配列断片を決定した。しかし、得られたデータ量が少なかったためか、すべての個体に共有されるSNPマーカーを十分に得ることができなかった。今後、RAD-Seq解析については、再度次世代シーケンサーによる塩基配列決定を行うことで、遺伝学的解析に使用可能なSNPマーカーの数を増やすとともに、解析に使用するF2雑種の個体数もさらに増やす予定である。2013年度以降実施しているタナゴ類2種のRNA-Seqに基づく多数遺伝子座による系統解析・遺伝子発現解析については、現在各種4地域集団および近縁種5種のデータを取得し、約10,000遺伝子座、300万塩基の配列データに基づく系統解析を実施した。その結果、種内の地域変異の詳細及び種間交雑の実態、種特異的な遺伝子変異などを明らかにすることができた。これらの成果については現在論文を作成中であり、国際学術雑誌に投稿する予定である。

研究成果

• [雑誌論文] Alteration of development and gene expression induced by in ovo-nanoinjection of 3-hydroxybenzo[c]phenanthrene into Japanese medaka (Oryzias latipes) embryos. (2017)
  • 著者名/発表者名: Kun Chen, Yuki Tsutsumi, Shuhei Yoshitake, Xuchun Qiu, Hai Xu, Yasuyuki Hashiguchi, Masato Honda, Kosuke Tashiro, Kei Nakayama, Takeshi Hano, Nobuo Suzuki, Kazuichi Hayakawa, Yohei Shimasaki, Yuji Oshima
  • 雑誌名: Aquatic Toxicology 巻: 182 ページ: 194-204
  • DOI: 10.1016/j.aquatox.2016.11.020
  • 査読あり
• [雑誌論文] Using dense locality sampling resolves the subtle genetic population structure of the dispersive fish species Plecoglossus altivelis. (2016)
  • 著者名/発表者名: Hirohiko Takeshima, Kei'ichiro Iguchi, Yasuyuki Hashiguchi, Mutsumi Nishida
  • 雑誌名: Molecular Ecology 巻: 25 ページ: 3048-3064
  • DOI: 10.1111/mec.13650
  • 査読あり
• [図書] Chapter 4: The origin and evolution of the trace amine-associated receptor family in vertebrates. In "Trace amines and neurological disorders: potential mechanisms and risk factors" (2016)
  • 著者名/発表者名: Yasuyuki Hashiguchi
  • 総ページ数: 401
  • 出版者: Elsevier, Academic Press
• [備考] NGSデータ解析まとめ サカナ研究者の手探りNGS解析（おもに進化生物学）
  • URL: http://hashiyuki.hatenablog.com