大規模ゲノム解析による染色体構造異常解析

2016 年度 実績報告書

• 研究課題/領域番号: 25860258
• 研究機関: 聖マリアンナ医科大学
• 研究代表者: 右田 王介 聖マリアンナ医科大学, 医学部, 講師 (20425721)
• 研究期間 (年度): 2013-04-01 – 2017-03-31
• キーワード: ゲノム / マイクロアレイ / 次世代シーケンサー

研究実績の概要

ヒトのゲノム遺伝情報は構造変化や発現制御、様々な修飾によってダイナミックな制御を受けている。本研究では、染色体構造に着目し大規模ゲノム解析技術を用いた染色体構造解析を行った。得られた知見を比較データとして用い周産期・小児領域での疾患や異常の応用的解析も実施した。解析したコピー数変化（CNV）のデータの標準データとして有用性が示され、成果は日本人集団の構造変異のコントロール・データとして公表した。独自のデータベースとしての公開も準備中であり、このようなCNVの断端の特徴をとらえ疾患の機序の理解に貢献している。
近年の技術発展によりゲノム全体にわたってコピー数変化を詳細に検討することができるようになった。しかし、比較すべき対照とする正常データの蓄積は不十分である。本研究で収集した日本人集団は特記すべき疾患歴がないというだけではなく、妊娠分娩あるいは生産児にあきらかな異常を認めないことを条件としたことに大きなアドバンテージがある。構造変異データとして、これまでに公表されているヒトのBenignなCNVに対して、ヒトの生殖への大きな影響のないCNVという点で、より周産期・小児領域での研究に貢献するデータセットが得られたものと考えている。すでに複数の施設と共同で、不育や流産あるいは早発閉経などを対象とした研究で、本研究成果を利用した詳細の解析を実施し発表した。さらに現在もこのような解析のプロジェクトを継続している。
これまでのCNV解析よりも本研究はより精密な検討を行った。本研究の成果をもとにCNVの断端について解析を行い、染色体の部分トリソミーやモノソミーといった量的異常による疾患の発生機序の理解に役立つことが期待できる。
本研究で得られた日本人集団での大規模ゲノム解析による染色体構造異常の解析データはゲノム医療の臨床応用とゲノム遺伝学の基礎的研究の双方に貢献できた。

研究成果

• [雑誌論文] 胆道閉鎖症の遺伝因子の解析 エクソーム解析による遺伝要因の探索 (2017)
  • 著者名/発表者名: 右田 王介, 松井 陽, 松原 洋一, 秦 健一郎
  • 雑誌名: 日本小児外科学会雑誌 巻: 53 ページ: 155
• [雑誌論文] Cytogenetic analysis of spontaneously discharged products of conception by array-based comparative genomic hybridization. (2016)
  • 著者名/発表者名: Ozawa N, Sago H, Matsuoka K, Maruyama T, Migita O, Aizu Y, Inazawa J.
  • 雑誌名: Springerplus 巻: 51 ページ: 874
  • DOI: doi: 10.1186/s40064-016-2594-6
  • 査読あり / オープンアクセス
• [雑誌論文] Human genetic variation database, a reference database of genetic variations in the Japanese population. (2016)
  • 著者名/発表者名: Higasa K, Miyake N, Yoshimura J, Okamura K, Niihori T, Saitsu H, Doi K, Shimizu M, Nakabayashi K, Aoki Y, Tsurusaki Y, Morishita S, Kawaguchi T, Migita O, Nakayama K, Nakashima M, Mitsui J, Narahara M, Hayashi K, Funayama R, Yamaguchi D, Ishiura H, Ko WY, Hata K, Nagashima T, Yamada R, Matsubara Y, Umezawa A, et al.
  • 雑誌名: J Hum Genet 巻: 61 ページ: 547-553
  • DOI: doi: 10.1038/jhg.2016.
  • 査読あり / オープンアクセス
• [学会発表] Investigation of Novel Genetic Candidates Causing Recurrent Abortions i n Japanese Women Using Whole ! Genome Single Nucleotide Polymorphism Arrays (2017)
  • 著者名/発表者名: Sato T, Migita O, Hata H, Okamoto A, Hata K.
  • 学会等名: 69th Annual Congress of the Japan Society of Obstetrics and Gynecology
  • 発表場所: リーガロイヤルホテル広島 （広島県・広島市）
  • 年月日: 2017-04-13 – 2017-04-16
• [学会発表] 早発卵巣不全症例における 染色体異常例の頻度と不妊治療成績に 関する後方視的検討 (2016)
  • 著者名/発表者名: 高橋 由妃,右田 王介,西島 千絵,吉岡 伸人,高江 正道,河村 和弘,鈴木 直
  • 学会等名: 第2回日本産科婦人科 遺伝診療学会学術講演会
  • 発表場所: メルパルク京都（京都府・京都市）
  • 年月日: 2016-12-16 – 2016-12-17
• [学会発表] X-chromosome mutations and deletions in a female with premature ovarian insufficiency (2016)
  • 著者名/発表者名: Migita O, Shimabashi N, Igarashi S, Suzuki N, Hata K.
  • 学会等名: ASHG 2016 [American Society of Human Genetics]
  • 発表場所: Vancouver, Canada
  • 年月日: 2016-10-18 – 2016-10-22
  • 国際学会
• [学会発表] Whole exome sequencing of twins for Biliary Atresia (2016)
  • 著者名/発表者名: Migita O, Matsui A, Yamamoto H, Matsubara Y, Hata K.
  • 学会等名: ICHG 2016 [the 13th International Congress of Human Genetics]
  • 発表場所: 国立京都国際会館（京都府・京都市）
  • 年月日: 2016-04-03 – 2016-04-07
  • 国際学会