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2015 年度 実績報告書

オントロジーを利用した診療情報検索システムの開発に関する研究

研究課題

研究課題/領域番号 25870156
研究機関東京大学

研究代表者

河添 悦昌  東京大学, 医学部附属病院, 助教 (10621477)

研究期間 (年度) 2013-04-01 – 2016-03-31
キーワード電子的診療データ / オントロジー / セマンティックウェブ / RDF / SPARQL / Health Level Seven
研究実績の概要

本年度は、1) これまでに構築したHL7v2.5メッセージをRDFとしたデータベースのより精密な検証と、2) 自然言語で記載されるレポート類をデータソースとしたRDFデータベースの構築を行い、これらを統合したSPARQLクエリによる検索方法を検討した。

1) HL7v2.5メッセージをRDFとしたデータベースの精密な検証:一般に公開され利用可能な5種類の医薬品データベース(ATC, USP, SIDER, KEGG, MEDIS DRUG)をRDF化し対応する概念を相互に関連付けてLinked Dataとするとともに、この医薬品データベースを利用してRDF化したHL7v2.5メッセージを検索する方法を開発した。有害事象の検出を例としたSPARQLクエリを記述し、医薬品データベースを使用した場合としない場合とでのクエリ結果と実行時間の比較を行った。

2) レポート類をデータソースとしたRDFデータベースの構築:主に自然言語で記載される病理レポートと内視鏡レポートをソースとして付随する対象臓器や部位などの情報をメタデータとし、レポート本文をテキストデータとして格納するRDFデータベースを構築し、メタデータとテキスト中のキーワードを検索対象とするSPARQLクエリにより症例を抽出する方法を検討した。この方法により臨床試験の適格基準を表現するためにはより詳細にメタデータを付与する必要があることがわかった。

  • 研究成果

    (4件)

すべて 2016 その他

すべて 雑誌論文 (1件) (うち査読あり 1件、 オープンアクセス 1件、 謝辞記載あり 1件) 備考 (2件) 学会・シンポジウム開催 (1件)

  • [雑誌論文] A Querying Method over RDF-ized Health Level Seven v2.5 Messages Using Life Science Knowledge Resources2016

    • 著者名/発表者名
      Yoshimasa Kawazoe, Takeshi Imai, Kazuhiko Ohe
    • 雑誌名

      JMIR Medical Informatics

      巻: 4(2) ページ: 0-12

    • DOI

      10.2196/medinform.5275

    • 査読あり / オープンアクセス / 謝辞記載あり
  • [備考] 診療情報を検索するための新しい設計に基づくデータベース構築に関する研究

    • URL

      http://www.m.u-tokyo.ac.jp/medinfo/wp-content/uploads/2013/08/ethics-20140729.pdf

  • [備考] Linked Drug Database

    • URL

      https://github.com/linked-drug-data/publish

  • [学会・シンポジウム開催] AMIA 2016 Joint Summits on Translational Science2016

    • 発表場所
      Parc 55 San Francisco - A Hilton Hotel, 55 Cyril Magnin Street, San Francisco, CA 94102, US
    • 年月日
      2016-03-21 – 2016-03-24

URL: 

公開日: 2017-01-06  

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